یکی از مشکلات وزارت بهداشت در اجرای طرح تحول سلامت کمبود محسوس پرستار است. فارس در این باره نوشت: محمدآقاجانی، معاون درمان وزیربهداشت در اجلاس رؤسای دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور بیان داشت: موضوع وجود افاغنه در کشور یک واقعیت است و نمی‌توانیم آن را انکار کنیم، چه افاغنه‌ای که به صورت قانونی در کشور هستند و چه آنها که غیرقانونی اقامت دارند، اگر بیمار شدند ما نمی‌توانیم آنها را رها کنیم اما منابعی برای حمایت مالی از این بیماران تعریف نشده است. وی افزود: هیچ یک از این افراد بیمه پایه درمانی ندارند و کمتر از 15 درصد آنها بیمه تکمیلی دارند، وزارت بهداشت برای حل این مشکل از وزارت کشور خواسته است که با تجمیع منابع برای افاغنه امکان بیمه پایه آنها را فراهم کند. به گفته معاون درمان وزیر بهداشت، مشکل مهم دیگر طرح تحول سلامت نبود بهیار، کمک‌بهیار یا کمک‌پرستار در بیمارستان‌هاست که متأسفانه در سال‌های گذشته حذف شده است و ردیف‌های استخدامی آنها نیز وجود ندارد، در حالی که وجود این افراد در مراکز درمانی ضروری است و باید هر چه سریع‌تر دستورالعمل آموزش و به‌کارگیری نیروهای کمک‌پرستاری ابلاغ و اجرا شود. آقاجانی خاطرنشان کرد: کمبود پرستار نیز یکی از مشکلات اصلی در اجرای طرح تحول سلامت و یکی از نقاط آسیب وزارت بهداشت است که باید با افزایش ظرفیت پذیرش دانشگاه‌ها و تربیت نیرو در زمان مناسب این مشکل را حل کنیم. وی تصریح کرد: قرار بود طی آزمون استخدامی حدود 16 هزار پرستار  شرکتی در بیمارستان‌های دولتی جذب شوند اما متأسفانه تعداد بسیار کمتری از این طریق جذب شده‌اند. معاون وزیر بهدشت اظهار داشت: یکی از الزامات بیمارستان‌ها در طرح تحول سلامت، کاهش تعداد سزارین‌هاست که باید تا آخر سال 10 درصد موارد سزارین در تمام بیمارستان‌ها اعم از خصوصی و دولتی کاهش پیدا کند.