آیت‌الله سیداحمد خاتمی، عضو هیأت رئیسه مجلس خبرگان رهبری در گفت‌وگو با فارس با اشاره با اعلام رسانه‌های عربستان مبنی بر اعدام شیخ نمر در 24 اردیبهشت اظهار داشت: برخی رسانه‌های عربستان اعلام کردند تا 24 اردیبهشت مطابق با 25 رجب بنای اعدام شیخ نمر را دارند بنابراین دولت عربستان باید بداند با این کار در حقیقت مهر پایانی به حکومت ننگین آنها زده خواهد شد. آیت‌الله خاتمی تأکید کرد: دولت عربستان باید بداند به زمین ریختن خون‌های پاک در یمن و خون عالمی که دغدغه دین دارد، قدم گذاشتن در راه فرعون و کفار قریش است. عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم با بیان اینکه گویا دولت عربستان دولتی خونخوار شده است، از حوزه‌های علمیه و همه اندیشمندان جهان اسلام دعوت کرد به صحنه ورود کنند و نگذارند این جنایت صورت پذیرد. وی در پایان خاطرنشان کرد: باید با ورود شجاعانه و محکومیت این جنایت جلوی جنایات دولت جبار سعودی گرفته شود. آیت‌الله شیخ نمر باقرالنمر مخالف عربستانی نخستین بار در سال 2006 میلادی در هنگام بازگشت از بحرین و به دلیل مشارکت در همایشی بین‌المللی درباره قرآن کریم از سوی نیروهای امنیتی سعودی بازداشت شد. آیت‌الله نمر در بیستم تیر 1392 شمسی با حمله مسلحانه نیروهای امنیتی سعودی دستگیر و به مکان نامعلومی انتقال داده شد و یک سال بعد
15 اکتبر 2014/ 23 مهر 1393، از سوی دادگاه ویژه جزایی عربستان  محکوم به اعدام شد.