زمانی که حضرت علی(ع) به حکومت رسید، درست 25 سال از رحلت رسول خدا(ص) می‌گذشت. 25 سالی که به نوعی تاریخ اسلام را تحت تاثیر قرار داد. اتفاقات خرد و کلان بسیاری در جامعه، نوع مناسبات مردم با یکدیگر و مهم‌تر از همه حکومت‌داری حاکمان رخ داد که بسیاری از آنها نمودهایی از بازگشت کامل به دوران جاهلیت بود.
به همین دلیل حتی زمانی که مردم خود پس از خلیفه سوم به حضرت روی آوردند تا آنجا که به روایت خود امام علی(ع)، از شدت فشار مردم پهلوهای حضرت آسیب دید، اما باز هم تا آخر پای بیعت خود با امام نماندند و ایشان را تنها گذاشتند.
بیعت تاریخی مردم که بدون اجبار و با حضور خودشان شکل گرفت اگرچه نقطه بازگشتی به دوران حضرت رسول(ص) بود، اما مردمی که در دوران بی‌امام زیسته بودند، با تغییری که در سبک زندگی‌شان به وجود آمده بود، تاب رفتارهای نبوی و عدل امیرالمومنین(ع) را نداشتند.
اما چرا حضرت پس از 25 سال حکومت را پذیرفت؟ آن حضرت در خطبه شقشقیه، درباره نحوه بیعت مردم می‌فرماید: «ناگهان دیدم، مردم از هر سو روی به من نهادند و چون یال کفتار پیش هم ایستادند، چندان که حسنان فشرده گشت و دو پهلویم آزرده، به گرد هم فراهم و چون گله گوسفند بر نهاده به هم و به کار برخاستم».
امام علی(ع) در ادامه این خطبه درباره علت پذیرش خلافت می‌فرماید: « لو لا حضور الحاضر و قیام الحجه بوجود الناصر و ما أخذ الله علی العلماء الاّ یقاروا علی کظّه ظالم و لا سغب مظلوم...: اگر این بیعت‌کنندگان نبودند و خدا علما را نفرموده بود تا ستمکار شکمباره را برنتابند و به یاری گرسنگان بشتابند رشته این کار از دست می‌گذاشتم».
آن حضرت در این خطبه علت پذیرفتن خلافت را 3 عامل می‌داند: حضور حاضران، تمام شدن حجت به سبب وجود یاری‌کنندگان و عهد خداوندی در گرفتن حق مظلوم از ظالم.
امیر مؤمنان در خطبه‌ای دیگر درباره چگونگی هجوم و اصرار مردم می‌فرماید: «چنان بر من فشار آوردند که شتران به آبشخور روی آرند و چراننده پای‌بند آنها را بردارد و یکدیگر را بفشارند، چندان که پنداشتم، خیال کشتن مرا در سر می‌پرورانند یا در محضر من بعضی خیال کشتن بعضی دیگر دارند». زمانی که امیرالمومنین(علیه‌السلام) به حکومت رسیدند در شرایط عجیبی بودند چون چهره اهل بیت را خیلی مخدوش کرده بودند و در واقع رسول خدا و سیره‌اش در جامعه از بین رفته بود. یک زمانی کار را به جایی کشاندند که یک نفر در جامعه اسلامی اگر می‌خواستند بگویند باتقواست می‌گفتند از پیامبر حدیث و روایت نقل نمی‌کند. جریان استکبار دنبال تقدس‌زدایی بود. به همین دلیل پس از پیامبر (ص)، آنها که ناحق به جای پیامبر تکیه زده بودند دنبال تقدس‌زدایی از ایشان رفتند تا کسانی را که به منبر رسول خدا تکیه می‌زنند هم‌تراز با ایشان نشان دهند. واقعیت تلخ دوران آغاز حکومت امیرالمومنین(ع) این بود که ایشان در شرایطی به حکومت رسید که عمده مردم پیامبر(ص) را معصوم نمی‌دانستند. وقتی امیرالمومنین به حکومت رسید یک سری عادات به وجود آمده بود که حاکم تقدس شخصی ندارد و این صندلی حکومت است که به شخص حاکم قداست می‌دهد.زمانی که امیرالمومنین(ع) به حکومت می‌رسد، شخصی مانند ابن‌عباس که از نزدیکان حضرت علی(ع) هم بوده است 6 بار به ایشان تذکر می‌دهد که «معاویه را عزل نکند». خب! این چه معنایی دارد که یار نزدیک حضرت که اتفاقا پسرعموی امیرالمومنین هم هست 6 بار این حرف را می‌زند؟ آیا قصد مشورت دادن بود؟ خیر! این نشان می‌دهد حتی
ابن عباس هم مدل حکومت علوی را درک نکرده بود. در واقع کاری که خلفا کردند فقط این نبود که خلیفه بعد از پیامبر(ص) را برکنار کنند و کسی دیگر به جای امیرالمومنین بنشانند، بلکه یک تفکر آوردند. تفکری که تا به امروز جریان دارد.
روند ایجاد شده در دوران 25سال پس از پیامبر موجب شده بود تا مردم وقتی با حضرت علی(ع) بیعت می‌کردند، می‌گفتند: بایعتک علی کتاب‌الله و سنه الرسول و سیره الشیخین! که حضرت علی(ع) با اینگونه بیعت مخالفت می‌کردند و استدلالشان این بود: «اگر سیره شیخین براساس کتاب و سنت پیامبر است،پس چرا تکرار می‌کنید و اگر نیست و چیزی جدید است که من اصلا قبول ندارم».
این خطوط قرمز آن قدر برای حضرت(ع) مهم است که حاضرند 13 سال عثمان حکومت کند اما طریقت 2 نفر قبلی را تایید نکنند.
نوع سیاست‌ورزی و اداره جامعه بر مشی خلاف مشی پیامبر(ص) آن قدر عادی جلوه داده شده بود که وقتی حضرت به حکومت رسید، حتی عده‌ای از نزدیکان ایشان، با توصیه‌های سیاسی و حکومتی قصد داشتند مسیر عدالت حضرت را تغییر دهند. به حضرت علی(ع) می‌گفتند شما تازه‌کار هستی و اینها 25 سال حکومت کردند. از حضرت می‌خواستند که در عزل و نصب‌ها حتی به اینکه اگر حاکمی اهل زنا و شراب بود هم حساسیت نشان ندهد. گویی مردم بر اینکه جماعت اهل زنا و شرابخوار (چون ولید، حاکم کوفه) و عیاش و سلطنت‌طلب(چون معاویه در شام) بر ایشان حکومت کنند را می‌پسندیدند و از اینکه حضرت امیر(ع) با مشی عدالتخواهانه حکومت‌داری کند، ناراضی هستند! به همین دلیل وقتی حضرت عزل و نصب‌ها را انجام داد بعضی‌ها می‌گفتند که امیرالمومنین(ع) سواد سیاسی ندارد چون مثلا با معاویه کنار نمی‌آید.
امام علی(ع) اعتقاد داشتند اگر تعهد نباشد حرام است کسی کاری را در حکومت برعهده بگیرد و ایشان بین متعهدان خیرالموجودین را انتخاب می‌کردند.
بعد از عزل و نصب‌ها، عده‌ای که براساس معیار تعهد، مناسب شناخته نشده بودند و سرشان بی‌کلاه مانده بود، با بیعت‌شکنی به حضرت خیانت کردند. چندان از حکومت امیرالمومنین(علیه‌السلام) نگذشته بود که بلوای جمل اتفاق افتاد.
در جریان جمل باید محلی را برای کودتا انتخاب می‌کردند. مکه جای خوبی نبود، چرا که نزدیک مدینه بود، امیرالمومنین(ع) قریشی بود و با اینکه قریش بعدا از حضرت علی(ع) حمایت نکرد اما برای قریش افت داشت که در خانه‌شان علیه‌شان کودتا شود و نکته بعدی این بود که مکه جای مقدسی بود و هیچ‌کس دوست نداشت در آنجا خونریزی شود. سال‌ها بعد عبدالله بن زبیر که در مکه حکومت تشکیل داد و 2 بار منجنیق به خانه کعبه به خاطر جنگ با یزید خورد، سال‌ها شعرا علیه عبدالله بن‌زبیر شعر گفتند. کوفه جای خوبی نبود چون چند نفر بودند که در کوفه اجازه نمی‌دادند و این نقش خواص بود. یکی مثل حجر بن‌عدی یکی از این خواص بود که اجازه فتنه‌گری نمی‌داد.
هنگامی که طلحه و زبیر و همراهانشان تصمیم به شورش گرفتند مدینه در اختیار بنیهاشم بود و شورشیان نمیتوانستند بازگردند. شام نیز در اختیار معاویه بود و آشکار بود که رفتن آنها به شام هیچ به سودشان نیست، زیرا معاویه در آنجا مطاع است و آنان تنها آلت دست او خواهند شد. از سوی دیگر هدف مشترک آنها با معاویه جلوگیری از خلافت امام بود. اکنون که شام در اختیار معاویه است باید عراق را از سلطه خلافت امام بیرون کرد. در این باره کسانی چون عبدالله بن‌عامر که حکومت بصره را میخواست اصرار بیشتری داشت. گفته‌اند که ولید بن عقبه نیز آنها را از رفتن به شام نهی کرد؛ چرا که معاویه حاضر نشده بود عثمان را کمک کند، چگونه کار را به شما واگذار خواهد کرد؟
بنی‌امیه اموال زیادی را که از یمن رسیده بود، در اختیار شورشیان قرار داد. آنان با تبلیغات خود گروهی را فراهم آورده، سوار اسبان بنی‌امیه کرده و به سوی بصره به راه افتادند.
زبیر فامیل امیرالمومنین(ع) بود و طلحه فامیل خلیفه اول! زبیر شیعه بود و طلحه از طرفداران سرسخت شیخین بود. هر دو اینها رشوه‌های زیادی گرفتند تا در برابر حق‌کشی‌ها و ناحق شدن‌ها در زمان عثمان سکوت کنند.
مشی حضرت علی(ع) اما طوری بود که نه‌تنها معاویه، که حتی طلحه و زبیر را برای دقایقی به حکومت نگماشت. حضرت تا زمانی که دستش می‌رسید اجازه
ویژه‌خواری به هیچیک از نزدیکان نمی‌داد. جز در مواردی که دست حضرت بسته بود. گاهی پیش می‌آید دست حضرت علی(ع) بسته است لذا برای اینکه اصل نظام اسلامی با زوال مواجه نشود، حضرت علی(ع) سکوت می‌کند و نمی‌تواند زمانی که استقلال جامعه در خطر است و امپراتوری بیزانس دنبال براندازی حکومت اسلامی است کاری بکنند.
در موضوع ویژه‌خواری حضرت علی
(علیه‌السلام) به عثمان بن‌حنیف که از عباد و زاهدان است نامه‌ای محکم می‌نویسد. چرا؟ چون عثمان بن حنیف دعوت میهمانى سرمایهدارى از مردم بصره را پذیرفت. در این میهمانی هیچ گناهی اتفاق نیفتاد ولی امیرالمومنین انتظار ندارد حاکمش اینگونه باشد و در این نامه می‌آورد:«الا و ان امامکم قد اکتفی من دنیاکم بطمریه و من طعمه بقرصیه...؛ آگاه باشید که امام شما از دنیای شما به 2 جامه کهنه و از طعام خود، به 2 قرص نان اکتفا کرد. آگاه باشید که هر مأمومی را امامی است که به او اقتدا می‌کند و به نور علمش روشنی می‌گیرد، آگاه باشید که شما بر این کار توانایی ندارید، ولی مرا به «ورع»، «کوشش»، «پاکدامنی» و «استواری» یاری کنید».
یکی از مشکلات امیرالمومنین(ع) عدالتش بود. امیرالمومنین(ع) میخواست غنیمت یا بیت‌المال تقسیم کند؛ حضرت به سهل و غلامش که تازه آزاد شده بود به یک اندازه سهم داد و این باعث شد تا سهل بن حنیف واکنش نشان دهد. این تفکر قبل از امیرالمومنین(ع) در جامعه ایجاد شده بود که حتی سهل با این عظمت هم چنین رفتاری نشان می‌دهد. حضرت پاسخی به سهل دادند که اینگونه بود: من در دستورات اسلام گشتم و در میان فرزندان اسماعیل(ع) و دیگران تفاوتی وجود ندارد الا در تقوا!
نمونه دیگر این مواجهه حضرت، خواهر حضرت علی، ام هانی بود که بشدت مورد احترام قرار می‌گرفت از سوی پیامبر چون فرزند ابوطالب بود و هرکس را شفاعت می‌کرد نزد پیامبر محال بود که ایشان نپذیرد. این ام هانی در هنگام سهم عطا ـ پولی که به مردم کوفه می‌دادند ـ 20 درهم به او دادند و 20 درهم به کنیزش دادند و ام هانی با این مقام واکنش نشان داد.
یکی از اشکال‌هایی که طلحه و زبیر قبل از جمل به امیرالمومنین(ع) گرفتند و به ایشان گفتند: آنجور که خلیفه دوم اموال و بیت‌المال را تقسیم می‌کرد تقسیم نمی‌کنی! که سرانجام یک روز حضرت فرمودند آیا سنت عمر بر سنت رسول خدا اولی‌تر است؟ ابن عباس نامه نوشت به امام حسن(علیه‌السلام) که پدر تو به عدالت رفتار می‌کرد و مردم نمیتوانستند تحمل کنند لذا سراغ معاویه رفتند چون بشدت آداب دان بود!
به تعبیر ابن ابی الحدید: مهم‌ترین سبب در اعراض عرب از امیرالمؤمنین، مساله مالی بود زیرا علی شخصی نبود که کسی را بی‌جهت بر دیگری برتری دهد و عرب را بر عجم تفضیل بخشد. او کسی بود که هرگز اجازه نمی‌داد تا شخصی به جهات خاص به او متمایل شود.
بسیاری از مردم تحمل عدالت و عدالت‌خواهی امام علی(ع) را نداشتند زیرا آنان رشد یافته جامعه تبعیضی بودند و می‌دانستند با حاکم شدن علی(ع) راه منافع نامشروع آنها بسته خواهد شد. در احتجاح آمده است: ... امام علی(ع) فرمود حالا که اقرار کردید و گفتار پیامبر اکرم(ص) برای شما آشکار شد، از خدای یکتا بپرهیزید... حق را به اهل آن رد کنید و پیرو سنت پیامبر(ص) شوید... پس خلافت را به کسی که شایسته است بسپارید که حق اوست... به وسیله چشم و ابرو با یکدیگر رمزهایی رد و بدل کردند و به مشورت پرداختند و بالاخره گفتند: ما مقام و موقعیت او را منکر نیستیم. او از همه شایسته‌تر به خلافت است، ولی مردی است که هیچ کس را بر دیگری برتری نمی‌دهد. اگر او به خلافت برسد، خواسته شما برآورده است. او آنچه شما تمایل دارید، انجام می‌دهد و خلافت را به عثمان واگذار کردند. این مواجهه حضرت برای بسیاری اتفاقی محیرالعقول بود. چرا عجم‌ها به امیرالمومنین(ع) ارادت داشتند؟ ایرانی‌ها توسط خلیفه دوم اسلام آوردند و از مشکلات جدی این بود که عرب‌ها آنها را تحقیر می‌کردند. ایرانی‌ها یکی از دلایلی که جذب امیرالمومنین(ع) شدند این بود که شخصی که از بهترین تیره عرب است و از قریش و بنیهاشم و فرزندان عبدالمطلب است که مادرش هم هاشمی است و اگر قرار بود کسی به عرب بودنش فخر کند امیرالمومنین(ع) بود ولی ایشان توجهی نداشتند به دعوای عرب و عجم، لذا ایرانی‌ها جذب این روحیه حضرت شدند. امیرالمومنین(ع) با قریش فاصله گرفت به خاطر بر هم زدن این نظام تبعیض.
قاضی القضات زمان حضرت(ع) ناصبی بود، امیرالمومنین(ع) او را عزل کرد. مردم تظاهرات کردند علیه حضرت! این قاضی‌القضات کوفه همان قاضی شریح است.
در چنین شرایطی که حتی نزدیکان حضرت عدالت وی را برنمی‌تابیدند، ایشان از اصولگرایی خود بازنایستاد. رهبر معظم انقلاب درباره پایبندی حضرت امیر به اصول در گفتار و کردار می‌گویند: «از اول، امیرالمؤمنین پایبندی خود به اصول را در گفتارها و کلمات مشخص کرد؛ چه در زمینه مسائل مالی، چه در زمینه مسؤولیت‌های مربوط به حکومت و ولایت و سپردن مشاغل حساس به افراد صالح. به حضرت امیرالمؤمنین(ع) گفتند: شما امروز اول کارتان هست، افراد صاحب نفوذ را از راس کارها برمی‌دارید، و این به صلاح حکومت و خلافت شما نیست، ایشان در جواب فرمودند: شما از علی توقع دارید که پیروزی را به وسیله ظلم به آن مردمی که مسؤولیت آنها به عهده اوست، به دست بیاورد! تا دنیا دنیاست و تا نقشه عالم بر این منوال است، علی ابن ابی طالب این کار را نخواهدکرد. می‌گویید: علی شکست می‌خورد، پس برای اینکه شکست نخورد، برخلاف اصول و ارزش‌های اسلامی کاری را انجام دهد؟ این کار را من نخواهم کرد. به مردم و خودم ظلم نمی‌کنم تا به این وسیله پیروزی را به دست بیاورم».
به عبارت دیگر حضرت امیر(ع) به استمرار دوران حکومت به قیمت مسامحه و تساهل تن نداد. شهید مطهری تحت عنوان «آغاز کناره‌گیری‌ها و بهانه‌گیری‌ها» می‌نویسد: «روز دیگر آنها که می‌دانستند مشمول حکم علی علیه‌السلام [یعنی بازپس‌گیری بیت‌المال و عدل‌گستری او] خواهند شد، آمدند و به کناری نشستند و مدتی با هم مشورت کردند. نماینده‌ای از طرف خود فرستادند... آمد و اظهار داشت یا اباالحسن! خودت می‌دانی که همه ما که اینجا نشسته‌ایم، به واسطه سوابقی که با تو در جنگ‌های اسلام داریم، دل خوشی از تو نداریم و غالباً هر کدام از ما یک‌نفر داریم که در آن وقت‌ها به دست تو کشته شده، ولی ما از این جهت صرف نظر می‌کنیم و با 2 شرط حاضریم با تو بیعت کنیم: یکی اینکه عطف به‌ما سبق نکنی و به گذشته هر چه شده کاری نداشته باشی. بعد از این هر طور می‌خواهی، عمل کن. دوم آنکه قاتلان عثمان را که الان آزاد هستند، به ما تسلیم کن که قصاص کنیم و اگر هیچ کدام را قبول نمی‌کنی، ما ناچاریم برویم شام و به معاویه ملحق شویم. حضرت فرمود: اما موضوع خون‌هایی که در سابق ریخته شده، خونی نبوده که به واسطه کینه شخصی ریخته شده باشد، اختلاف عقیده و مسلک بود؛ ما برای حق می‌جنگیدیم و شما برای باطل.... اگر اعتراض دارید و خونبهایی می‌خواهید، بروید از حق بگیرید که چرا باطل را در هم شکست و نابود کرد. اما موضوع اینکه من به گذشته کاری نداشته باشم و عطف به ما سبق نکنم، در اختیار من نیست. وظیفه‌ای است که خدا به عهده من گذاشته. اما موضوع قاتلان عثمان، اگر من وظیفه خود می‌دانستم که آنها را قصاص کنم، خودم همان دیروز قصاص می‌کردم....
آنها هم حرکت کردند و رفتند و تصمیم خود را بر مخالفت و دشمنی، یک‌طرفی و علنی کردند». عدالت بی‌مثال حضرت علی(ع) در دوره‌ای که عقل مردم رشد چندانی نیافته بود و افرادی عوامفریب آنان را با تطمیع و وعده و وعید و وابسته کردن به آرزوهای دنیایی می‌خریدند و در مسیر پیشبرد اهدافشان از آنها استفاده می‌کردند، موجب تنهایی حضرت شد. این وضع تا جایی پیش رفت که حضرت چشم در چشم مردم بی‌تحلیل و دنیاطلب کوفه به آنان می‌گفت: یا اشباح الرجال و لارجال...».