وزارت علوم دولت یازدهم پرونده جنجالی دانشجویان بورسیه را در حالی یکطرفه مختومه کرد که سرنوشت دانشجویانی که در این ماجرای دروغین متضرر شده‌اند، نامعلوم ماند. خبر بسته شدن پرونده بورسیه‌ها را محمد فرهادی، وزیر علوم دولت روحانی داده است. او در گفت‌وگو با تسنیم، در پاسخ به سوالی درباره پرونده بورسیه‌ها اظهار داشت: پرونده بورسیه‌ دانشجویان بسته شد.
به گزارش «وطن امروز» ماجرای جنجالی دانشجویان بورسیه اوایل خرداد سال 93 و درست همزمان با استیضاح رضا فرجی‌دانا وزیر وقت علوم کلید زده شد. در آن زمان مجتبی صدیقی، رئیس سازمان امور دانشجویان کشور با هدف افزایش فشار افکار عمومی بر استیضاح‌کنندگان، در یک نشست خبری مدعی شد «شماری از دانشجویانی که از سال ۸۵ تا ۹۲ به خارج اعزام شده‌اند، شرایط اعلام‌شده در فراخوان را نداشتند». او تعداد این دانشجویان را بیش از 3 هزار نفر اعلام کرد و گفت نهادهای مرتبط، در حال بررسی پرونده‌ها هستند. پس از این خبرسازی، رسانه‌های حامی دولت و اصلاح‌طلبان تلاش کردند استیضاح فرجی‌دانا را به موضوع افشای دانشجویان بورسیه ربط دهند و از این طریق مانع استیضاح وزیر شوند اما این اتفاق نیفتاد و مجلس صلاحیت وزیر علوم را تایید نکرد.  اما انتشار اسامی تعدادی از دانشجویان بورسیه به عنوان بخشی از لیست بلندبالای ادعایی بورسیه‌های غیرقانونی، مسیر این جنجال‌سازی را عوض کرد. هر چند تنها پس از گذشت 4 روز از اظهارات صدیقی، وزارت علوم با انتشار بیانیه‌ای با مضمون عذرخواهی، سخنان رئیس سازمان امور دانشجویان کشور را رد کرد اما پیگیری دانشجویانی که انتشار اسامی‌شان به عنوان بورسیه‌های غیرقانونی آینده شغلی و تحصیلی‌شان را با ابهامات فراوانی مواجه کرده بود، باعث شد وزارت علوم در 2 اطلاعیه به اصلاح آمار خود بپردازد. اصلاح آمار دروغین تعداد دانشجویان بورسیه هم نتوانست جلوی اعتراض دانشجویان بورسیه به این جنجال‌سازی را بگیرد. در نهایت اعتراض دانشجویان باعث تشکیل جلسات مختلف بین نمایندگان مجلس، دیوان محاسبات و وزارت علوم درباره پرونده بورسیه‌ها شد که این جلسات هم هیچ یک راه به جایی نبرد و مشکل دانشجویان بورسیه همچنان پابرجا بود. اما به نتیجه نرسیدن وضعیت دانشجویان بورسیه و تبعات این اقدام سیاسی بر پیکره دانشگاه باعث شد رهبر معظم انقلاب در دیدار اساتید، به این مساله واکنش نشان دهند و با گلایه از ظلم به دانشجویان بورسیه، خواستار پیگیری این پرونده شوند. پس از آن بود که کمیته‌ای با محوریت شورایعالی انقلاب فرهنگی برای حل مشکل دانشجویان بورسیه تشکیل شد. اما جلسات این کمیته نیز چندان راه به جایی نبرد و اخبار حاکی از عدم همکاری و عدم حضور نمایندگان وزارت علوم در جلسات این کمیته بود. پیگیری‌های کمیسیون‌های آموزش و تحقیقات و اصل 90 مجلس با توجه به پایان کار مجلس نهم با صدور بیانیه‌ای و ابلاغ به برخی دستگاه‌های نظارتی پایان یافت. به گزارش تسنیم، در حالی که مشکل مصوبه 630 شورایعالی انقلاب فرهنگی با نظر رهبر انقلاب برطرف شد، منتظری رئیس وقت دیوان عدالت اداری فروردین‌‌ماه سال جاری از ارسال حدود 13 پرونده برای آیت‌الله آملی‌لاریجانی، ریاست قوه قضائیه از سوی وزارت علوم خبر داد. براساس این گزارش، پیگیری‌های مستمر دانشجویان بورسیه برای کشف حقیقت و رفع اتهام از ادعای دولت روحانی، کذب بودن ادعای دولت را مشخص کرد و اواخر خردادماه سال جاری، فیاض شجاعی، دادستان دیوان محاسبات پس از بررسی تخلفات صورت‌گرفته و گزارش‌شده از سوی وزارت علوم، تخلف موجود در این پرونده را با محوریت ابطال بورسیه‌ها و اشتغال همزمان کمتر از 200 تخلف اعلام کرد؛ آماری که با ادعای 3 هزار و 700 بورسیه وزارت علوم، فاصله بسیار زیادی دارد.
اعلام تخلف کمتر از 200 بورسیه نیز باعث نشد وزارت علوم در رویه خود با دانشجویانی که در وضعیت تحصیل‌شان مشکل قانونی وجود نداشته، تجدیدنظر کند. براساس آمارهای منتشرشده، در حال حاضر 1241 دانشجوی بورسیه، فاقد جایابی در دانشگاه‌های داخل کشور هستند. علاوه بر این دانشجویان، وزارت علوم شهریه بسیاری از دانشجویان را نیز قطع کرده است. در چنین شرایطی که سرنوشت این دانشجویان در هاله‌ای از ابهام است، وزارت علوم پرونده بورسیه‌ها را مختومه اعلام کرده است.