وخیم شدن اوضاع نظامی موجب شد نیروی هوایی ایالات متحده از تئوری ضربات جراحی دست برداشته و از سلاح‌های کشتار جمعی استفاده کند، یعنی بمب‌های ب ال یو 82 (BLU-82) (که به کاترهای زنجیری معروفند) تا آخرین جنگجویان پراکنده در کوه‌ها را متلاشی و خنثی کند. جنگ با قطعنامه 1378 شورای امنیت سازمان ملل پایان یافت. قطعنامه چارچوب گفت‌وگوهای بن (آلمان) که در آنجا گروه‌های افغانی بر سر دولت جدید موافقت کردند را مشخص کرد. در طول مذاکرات قرار شد یک دولت موقت به ریاست پادشاه سابق - ظاهر شاه - تشکیل شود. نفر دوم همان‌طور که پیش‌بینی می‌شد حامد کرزی بود که به نخست‌وزیری انتخاب شد. در زمان جنگ علیه روس‌ها، او شخصا با رئیس سیا در آن زمان، ویلیام کیسی، ارتباط داشت. بعدا او به آمریکا مهاجرت کرده و یکی از دوستان خانواده بوش شد و به استخدام یکی از شرکت‌های وابسته به UNOCAL درآمد.
ژنرال عبدالرشید دوستم که به دلیل خشونت‌ها و بی‌رحمی‌های 20 ساله‌اش به چنگیزخان ملقب شده بود، موفق شد ائتلاف جهانی را بموقع دور هم جمع کند و خیلی خوب از عهده آن کار برآمد و نه‌تنها به خاطر جنایات جنگی تحت تعقیب قرار نگرفت، بلکه به کابینه جدید نیز راه یافت. قطعنامه 1383 شورای امنیت در تاریخ 6 دسامبر 2001 این تصمیم را معتبر کرد. صدها هزار افغانی که به دلیل بمباران‌ کشورشان را ترک کرده بودند به خانه بازگشتند. عملیات موسوم به آزادی دائمی اساسا از داخل شورای امنیت ملی ایالات متحده توسط زلمی خلیل‌زاد هدایت شد. زلمی خلیل‌زاد فرزند یکی از مشاوران پادشاه سابق، ظاهرشاه بود که در دانشگاه شیکاگو در آمریکا تحصیل کرد. در داخل کشورش در کنار سیا در زمان جنگ با روسیه جنگید، قبل از اینکه به ملیت آمریکا درآید، با شغلی به‌عنوان مشاور در وزارت کشور در زمان رونالد ریگان. در زمان ریاست جمهوری بوش پدر به معاونت وزارت دفاع منصوب شد و در عملیات توفان صحرا علیه عراق نقشی کلیدی برعهده داشت. در دوره زمامداری کلینتون برای شرکت‌های رند (Rand) و یونوکال (UNOCAL) کار می‌کرد. هنگامی که مذاکرات با طالبان ادامه داشت، او با بیان این نکته در واشنگتن پست که طالبان احساسات ضد آمریکایی بنیادگرایان ایرانی را ندارد از آنان دفاع کرد. هنگامی که مذاکرات خط لوله نفت متوقف شد، او کارشناس اصلی در مسائل افغانی در حکومت بوش شد. در پایان جنگ، او نماینده ویژه در افغانستان شد. در آینده او باید ناظر ساخت خط لوله نفت که مورد حسادت همگان است، باشد. مطبوعات بین‌المللی برای بازدید از بقایای تاسیسات طالبان و القاعده وارد افغانستان شدند. آنها شاهد مخروبه‌هایی شدند که انبوه سلاح‌های به میراث رسیده از روس‌ها بود، اما هیچ روزنامه‌نگاری کارخانه‌های تولید سلاح‌های شیمیایی و باکتریولوژی را مشاهده نکرد یا مراکز تولید سلاح‌های اتمی و کمتر از آن پایگاه‌های پرتاب ماهواره که دونالد رامسفلد ما را از آنها ترسانده بود.
بزرگ‌ترین ارتش دنیا قادر به یافتن دشمن شماره یک جامعه که برای دستگیری‌اش فرستاده بودند نبود، در حالی که ملاعمر روی یک موتور به پاکستان گریخت. طبق معمول کارها از سر گرفته می‌شود، محصول تریاک آزادانه در بازار آمریکای شمالی توزیع خواهد شد و در 9 فوریه 2002 حامد کرزی و همتای پاکستانی‌اش، ژنرال مشرف، قرارداد ساخت خط لوله آسیای مرکزی را امضا کردند.