در نقل و انتقالات نیم‌فصل دوم نام فرشید باقری در فهرست بازیکنان مازاد استقلال قرار داشت. او در نیم‌فصل اول نمایش‌های ضعیفی داشت و بتدریج از ترکیب اصلی تیم منصوریان خارج شده بود اما محرومیت استقلال از نقل‌وانتقالات نیم‌فصل باعث شد بر خلاف میل هر دو طرف، باقری در جمع آبی‌ها ماندنی شود. این اتفاق اما سرنوشت او را تغییر داد.
باقری در هفته‌های اخیر تبدیل به یکی از تاثیرگذارترین بازیکنان استقلال شد. او در برابر سپاهان با گل زیبایی که زد نایب‌قهرمانی را به استقلال هدیه داد و در بازی آخر لیگ قهرمانان آسیا دقایقی پس از ورود به زمین، پاس گل دوم را مقابل التعاون به کاوه رضایی داد. همین باعث شد محبوبیت او به شکل قابل ملاحظه‌ای میان هواداران افزایش یابد.
این درخشش اما از چشم دیگر تیم‌های لیگ برتری پنهان نماند. پرسپولیس مثل اول فصل او را می‌خواهد و گفته می‌شود زلاتکو کرانچار هم خواهان جذب باقری شده است. این پیشنهادها اما درست در زمانی مطرح شده که استقلال هم نیاز بیشتری به او پیدا کرده است. امید ابراهیمی هنوز قراردادش را تمدید نکرده، امید نورافکن مدتی در خدمت تیم‌ملی جوانان خواهد بود و احتمال جدا شدن سرور جباروف از استقلال هم زیاد شده است. همه این اتفاقات باعث شده منصوریان بر خلاف نیم‌فصل اول، این بار خواهان ماندن باقری در استقلال باشد اما این بازیکن برای ماندن شروطی دارد که مهم‌ترین آنها فرصت بیشتر برای بازی کردن است. تضمینی که منصوریان تا مشخص نشدن وضعیت ابراهیمی، نورافکن و جباروف نمی‌تواند به باقری بدهد. در روزهای آینده اما مشخص خواهد شد باقری ریسک ماندن در استقلال را خواهد پذیرفت یا اینکه به تیمی مثل سپاهان خواهد رفت که قطعا فرصت بیشتری برای بازی به او خواهد داد.