اتحادیه صنف مشاوران املاک در شهریورماه 1389 تفاهمنامه‌ای با معاونت مالیات بر ارزش افزوده سازمان امور مالیاتی به امضا رساند که طبق آن مشاوران املاک ملزم به پرداخت مالیات بر ارزش افزوده شدند. این تفاهمنامه برای اجرای قانونی به امضا رسید که می‌گوید صنف مشاوران املاک نباید این نوع مالیات را بدهد. اینکه چه شد مسؤولان صنف مشاوران املاک از حقوق اعضای خود دفاع نکردند و مجرایی را فراهم کردند تا برخلاف قانون، واحدهای این صنف ملزم به پرداخت مالیات ارزش افزوده شوند، خود جای تأمل دارد. در همین‌باره جواد خلیلی، عضو اتحادیه صنف مشاوران املاک تهران در گفت‌وگو با «وطن امروز» اظهار داشت: بر اساس بند 8 ماده 12 از فصل دوم بخش معافیت‌‌های قانون مالیات بر ارزش افزوده، صنف مشاوران املاک از پرداخت این نوع مالیات معاف هستند. خلیلی افزود: از آنجا که عمل مشاوران املاک در حوزه خدمات است نباید چنین مالیاتی را پرداخت کنند. به‌گفته این عضو اتحادیه مشاوران املاک تهران، طبق قانون، کالاها و خدماتی که در قانون مالیات بر ارزش افزوده از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده معاف شدند مانند اموال غیرمنقول، خارج از شمول نظام مالیاتی خواهند بود. وی تصریح کرد: از آنجا که در زمان عرضه و فروش کالا یا خدمت از جمله معاملات زمین و مسکن، این اموال غیرمنقول هستند بنابراین به‌دلیل معافیت مالیاتی اینگونه اموال، مشاوران املاک طبق قانون مصوب سازمان امور مالیاتی کشور، نباید مبلغی را به‌عنوان مالیات بر ارزش افزوده از مشتریان یا خریداران دریافت و درنهایت آن را به سازمان امور مالیاتی پرداخت کنند. عضو اتحادیه صنف مشاوران املاک تهران از سازمان امور مالیاتی خواست با عمل به قانون مصوب مجلس که مجری بلافصل آن است، به آن تمکین کرده و معافیت مالیات بر ارزش افزوده مشاوران املاک را به اجرا درآورد.  خلیلی در ادامه پرداخت مالیات بر ارزش افزوده را یکی از بزرگ‌ترین مشکلات همکاران خود در صنف املاک برشمرد و خاطرنشان کرد: در حالی‌که واحدهای صنف مشاوران املاک در مناطق جنوب و حتی در دیگر نقاط تهران به سختی می‌توانند حداقل مبلغ کمیسیون قرارداد را از متعاملان دریافت کنند چگونه می‌توان از آنها خواست برای دریافت مالیات بر ارزش افزوده نیز اقدام کنند. به‌ تأکید خلیلی، ضروری است تا تجدیدنظر جدی در این نوع مالیات صنف مشاوران املاک از سوی سازمان امور مالیاتی صورت گرفته و حق قانونی ایشان به آنها بازگردد. گفتنی است، دیوان عدالت اداری در حکمی به تاریخ ۱۸ تیرماه ۱۳۹۲ به کلاسه پرونده ۱۴/۹۲۰۶۳۱ در شعبه ۱۴ دیوان عدالت اداری، دستور توقف دریافت مالیات بر ارزش افزوده از مشاوران املاک سراسر کشور را صادر کرده است.