رابطه علم و دین بستگی به تعریف علم دارد، چرا که تعریف دین نزد مکاتب جامعه‌شناسی، متفاوت است و نوع تعریف از دین باعث تغییر در نوع رابطه دین و علم می‌شود. برای مثال، تعریف پست‌مدرن‌ها از علم، انباشته‌ای از یکسری بنیان‌های ارزشی در دین است و علم سرشار از این هویت‌هاست و اگر این هویت، دینی باشد، علم هم دینی می‌شود و از نگاه پوزیتیویستی علم هویت مستقلی دارد و ابزار علم در این مکتب، حس و آزمون‌پذیری است و رابطه علم و دین، رابطه‌ای بیرونی است. از دیدگاه فیلسوفان مسلمان، اعم از مشایی، اشراقی یا صدرایی، برخلاف تفسیری که پوزیتیویست‌ها از علم تجربی دارند، علم تجربی علمی خودبسنده از طریق حس و آزمون نیست، بلکه علم تجربی همواره به لحاظ ساختار درونی خود نیازمند گزاره‌هایی غیرتجربی است. فیلسوفان مسلمان در شناخت نیاز دانش و علم تجربی به معرفت‌های غیرتجربی، با فیلسوفان پست‌مدرن مشترکند، در صورتی که از نگاه بنده، علم مطلقا نه دینی و نه غیردینی است و البته علم می‌تواند موضوعش دین باشد اما علم برحسب ذاتی، نه دینی و نه غیردینی است. دین «در معنای عام، شیوه زندگی انسان است اما دین حق، شیوه زندگی مطابق اراده تشریعی خداست». باید توجه داشت علم به خدا علم به دین نیست، بلکه علم به اینکه چه‌کاری انجام دهیم، علم به دین است. برای دیندار بودن، برخی امور لازم است و بدون معرفت خدا نمی‌توان دیندار شد. در واقع دین را با علم می‌شناسیم اما علم به دین، به تنهایی دیانت نیست، دیانت رفتار مطابق اراده خداست.  ظرف تحقق دین، عمل و اراده انسان است و به طور کلی «دین علم نیست و علم دین نیست» زیرا دین حوزه عمل انسان است. علم ما برخی مواقع به سمت دین و برخی مواقع به سمت غیردینی است و همین سمت غیردینی گاهی مقدمات دیندار شدن است و گاهی مخالف با دیندار شدن، لذا وقتی دین می‌گوید اموری را فرانگیریم و ما فرامی‌گیریم، اینجا داریم شرک می‌ورزیم. علم برحسب ذات خود به دینی و غیردینی تقسیم نمی‌شود، به لحاظ تجویزی می‌توانیم علم را دینی تفسیر کنیم، یعنی فراگیری برخی امور برای انسان واجب، مکروه، حرام، مستحب و… می‌شود و ما فراگیری امر حرام را غیردینی و فراگیری امور واجب را دینی می‌دانیم.  علم چیزی است که ما با آن دین را می‌شناسیم؛ بدون علم نمی‌توانیم دیندار باشیم. علم با ابزارهایی از قبیل «وحی، نقل، حس و…» دین را می‌شناسد، برای مثال پیامبر(ص) با وحی، دین را شناخت و ما دین را با نقل می‌شناسیم.برای تفکیک علم دینی از علم غیردینی ملاک‌هایی وجود دارد؛ ملاک اول به لحاظ موضوع است، یعنی اگر موضوع یک علم دین باشد، علم دینی خوانده می‌شود. مثلاً اگر موضوع یک علم، شناخت خدا و افعال و اقوال او باشد، آن علم به لحاظ موضوع، دینی است یا اگر موضوع علوم انسانی، حوزه تجویزهای خداوند مانند فقه باشد، این علم دینی است.  به لحاظ تاریخی«آگوست کُنت» این موضوع را بیان کرد و معتقد بود بشر در دوران اولیه، علمش دینی است، چون همه عالم را خدایان و افعال خداوند می‌داند ولی بشر مدرن علمش غیردینی است، چون موضوعش خدایان نیست و موضوع آن عالمی است که خالی از اعتقادات الهی است.دومین ملاک از حیث «روش‌شناسی» است. روش متأثر از ابزارهایی است که برای کسب علم و معرفت معتبر می‌دانیم. مثلاً پوزیتیویست‌ها، فقط ابزار حس را می‌پذیرند حال آنکه ما معتقدیم دانش علمی، به دانش تجربی محدود نیست و معرفت عقلی و وحی نیز معرفت علمی است. در روش پوزیتیویستی، حتی خیلی از معارف ارزشی نیز از دایره علم خارج می‌شوند، چون روش و ابزار پوزیتیویسم فقط حس است. ملاک سوم، بررسی علم از حیث «تجویزی بودن» است. یعنی علمی که دین، فراگرفتن آن را واجب، جایز یا مستحب می‌داند، می‌تواند علم دینی خوانده شود و در مقابل، علمی که خداوند آموختن آن را حرام می‌داند، غیردینی است. ملاک آخر برای دینی یا غیردینی بودن علم، متافیزیک آن علم است. پوزیتیویست‌ها در نیمه اول قرن بیستم معتقد بودند علم، متافیزیک ندارد. پست‌مدرن‌ها به این رسیدند که علم، محصول پارادایم‌هاست و در عین‌حال، پارادایم غیرعلمی است اما متافیزیک،‌ شناختی است که دین متوقف بر آن است.در عقلانیت مدرن بحث‌های صرفاً عقلی را فلسفه می‌گویند؛ به همین سبب با فلسفه متافیزیکی اسلامی فرق دارد. در نگاه ما اصول موضوعه از گزاره‌های علم تجربی نیست و در فلسفه الهی ریشه دارد. البته خود فلسفه، علم است و نسبت آن با علوم تجربی بسیار حیاتی است، طوری که دینی یا غیردینی بودن علم بر اساس تعریف آن علم از متافیزیک مشخص می‌شود.  مثلاً تعریف ما از علیت که یک مسأله متافیزیکی است، در تحلیل‌های بعدی ما از علوم انسانی کاملاً اثرگذار است؛ یعنی اگر یک مقدمه تجربی را در دست 2 فرد قرار بدهیم که یکی معتقد به متافیزیک الهی باشد و دیگری معتقد به متافیزیک الهی نباشد، 2 نتیجه متفاوت می‌گیرند. علم دینی، علمی است که عالم را می‌شناسد و اگر از متافیزیک الهی برخوردار باشد آنگاه علم دینی است. باید توجه داشته باشیم صرف اینکه دانشمندی بی‌دین بود دلیل بر این نیست که علمش هم غیردینی است و صرف اینکه دانشمند مسلمان بود دلیل بر این نیست که علمش نیز دینی باشد.