پرسپولیس و استقلال با ۱۳ و ۱۲ امتیاز به عنوان صدرنشینان گروه‌های C و D لیگ قهرمانان آسیا به جمع ۱۶ تیم برتر قاره کهن راه یافتند. مرحله گروهی لیگ قهرمانان آسیا در گروه‌های C و D که استقلال و پرسپولیس در آن حضور داشتند به پایان رسید. نماینده‌های کشورمان در این 2 گروه توانستند به عنوان تیم نخست راهی مرحله بعدی مسابقات شوند. پرسپولیس با ۱۳ امتیاز صدرنشین گروه سوم شد و السد به عنوان تیم دوم از این گروه راهی مرحله بعدی رقابت‌ها شد. همچنین بعد از استقلال که با ۱۲ امتیاز به عنوان تیم اول گروه راهی مرحله بعدی شد، العین امارات با ۱۰ امتیاز به عنوان تیم دوم به مرحله بعد صعود کرد.
شاگردان شفر در حالی به عنوان تیم نخست به مرحله بعدی رقابت‌ها راه یافتند که در هر ۶ بازی مرحله گروهی موفق به گلزنی شدند. آنها در نخستین بازی به الریان ۲ گل زدند، سپس به الهلال یک گل زدند و در سومین بازی نیز ۲ بار دروازه العین را باز کردند. آبی‌پوشان در مرحله برگشت نیز به ترتیب یک گل به العین، ۲ گل به الریان و یک گل به الهلال زدند تا شمار گل‌های زده آنها در این مسابقات به عدد ۹ برسد. پرسپولیس در هفته پنجم موفق به گلزنی به نسف‌قارشی نشد تا این تیم در همه بازی‌های مرحله گروهی گل نزده باشد و نسف‌قارشی تنها تیمی باشد که دروازه‌اش مقابل سرخپوشان بسته ماند. آبی‌پوشان تهران تنها تیم ایرانی هستند که مرحله گروهی این مسابقات را بدون شکست به پایان رساندند. پرسپولیس در نخستین دیدار خود مقابل السد شکست خورد و این تنها شکست شاگردان برانکو در مرحله گروهی مسابقات بود. السد قطر تنها تیمی بود که توانست در مرحله گروهی مسابقات دروازه سرخپوشان را باز کند. پرسپولیس بعد از آنکه مقابل این تیم تن به شکست ۳ بر یک داد در ۵ بازی بعدی هرگز تسلیم نشد و دروازه‌اش ۳۶۰ دقیقه بسته ماند. سرخپوشان تهران با کسب ۱۳ امتیاز در مرحله گروهی بیشترین امتیاز ممکن را بین تیم‌های ایرانی گرفتند تا عنوان بهترین تیم ایرانی در مرحله گروهی مسابقات را از آن خود کرده باشند. بعد از این تیم نیز استقلال با ۱۲ امتیاز دومین تیم قوی ایرانی در مرحله گروهی لیگ قهرمانان آسیا به حساب می‌آید. پرسپولیس با ۴ پیروزی، یک مساوی و یک شکست کارش را در این مسابقات به پایان رساند و استقلال با ۳ پیروزی و ۳ مساوی ۱۲ امتیازی شد. هر کدام از دو تیم استقلال و پرسپولیس در مرحله گروهی مسابقات تنها مقابل یک تیم موفق به دبل شدند. الوصل تنها تیمی بود که در هر دو مسابقه رفت و برگشت مغلوب پرسپولیس شد. این تیم اماراتی البته ضعیف‌ترین تیم آسیا شد و تنها تیمی شد که بازی‌ها را بدون کسب حتی یک امتیاز ترک کرد. الوصل در هر ۶ بازی مرحله گروهی خود شکست خورد و طبیعتا در هر دو بازی رفت و برگشت مقابل پرسپولیس نیز تن به شکست داد. الهلال تیم قعرنشین گروه D مسابقات نیز تیمی بود که در هر دو بازی رفت و برگشت مقابل استقلال تن به شکست داد. الهلال که دو بار در دو زمین بی‌طرف مقابل آبی‌پوشان تهران قرار گرفت با نتایج مشابه یک بر صفر مغلوب این تیم شد. البته شرایط الهلال به وخامت شرایط الوصل نبود و این تیم لااقل از مجموع بازی‌های انجام داده‌اش در این مسابقات ۲ امتیاز به دست آورد.
رکوردشکنی در آسیا
پرسپولیس در این دوره به لحاظ آمار دفاعی عملکرد بسیار خوبی داشت و در 5 بازی اجازه گلزنی به حریفانش نداد. سرخپوشان که تنها در دیدار رفت برابر السد قطر ۳ گل دریافت کردند، در سایر دیدارها دروازه خود را بسته نگه داشتند تا با 5 کلین‌شیت راهی مرحله بعدی شوند. با این عملکرد فوق‌العاده پرسپولیس، آنها بهترین آمار کلین‌شیت در فصل جاری لیگ قهرمانان آسیا را به دست آوردند و نتایج دیدارهای باقیمانده در گروه‌های مختلف تأثیری بر این آمار سرخپوشان نخواهد داشت. همچنین پرسپولیس با ۳ گل خورده در ۶ بازی بهترین خط دفاعی در مرحله گروهی را به خود اختصاص داده؛ البته الاهلی عربستان هم تا پیش از بازی آخر مرحله گروهی، ۳ گل خورده داشت ولی در بازی هفته ششم برابر الجزیره دروازه اش باز شد تا  پرسپولیس به تنهایی بهترین خط دفاعی مرحله گروهی فصل ۲۰۱۸ را در اختیار داشته باشد.
درخشش رحمتی؛ فیکس تا پایان فصل؟
مهدی رحمتی در بازی مقابل الهلال درخشید و چند بار با واکنش‌های خوبش دروازه استقلال را نجات داد. او در بازی رفت با الهلال هم دروازه‌بان استقلال بود و جالب اینکه تنها کلین‎شیت‌های استقلال در لیگ قهرمانان آسیا در همین دو بازی رفت و برگشت مقابل الهلال ثبت شده و در 4 بازی دیگر که حسین حسینی دروازه‌بان بوده، فقط یک کلین‎شیت مقابل الریان در تهران ثبت شده است! رحمتی در لیگ برتر هم در هفته‌های اخیر خوب کار کرده و مقابل تیم‌هایی مثل پرسپولیس، سپیدرود و پدیده در مشهد دروازه استقلال را بسته نگه داشته اما حسینی برخلاف رحمتی در هفته‌های اخیر از روزهای اوج خود فاصله گرفته و تقریبا در تمام بازی‌ها حتی بازی مقابل سیاه‌جامگان در تهران گل خورده است. با این وضعیت، به نظر می‌رسد در بازی‌های باقیمانده استقلال تا پایان فصل، مهدی رحمتی دروازه‌بان اول این تیم باشد. او در بازی فینال جام حذفی مقابل خونه‌به‌خونه قطعا در ترکیب اصلی قرار خواهد گرفت و شفر برای اینکه رحمتی در شرایط مسابقه قرار داشته باشد در 2 بازی باقیمانده لیگ برتر مقابل پیکان و سپاهان هم به او بازی خواهد داد. با این شرایط، احتمالا بازی با گسترش فولاد تبریز که با تساوی یک - یک به پایان رسید، آخرین بازی حسینی در این فصل برای استقلال بوده است.