از همان آغاز دستگیری تعدادی از افراد فعال در حوزه محیط‌زیست به اتهام جاسوسی و طرح برخی شنیده‌ها درباره اعترافات دستگیرشدگان مبنی بر دست داشتن برخی سیاسیون در فرآیند جاسوسی این افراد، برخی مقامات دولتی و یک جریان سیاسی تلاش کرده‌‌اند اتهام جاسوسی این افراد را زیر سوال ببرند.
به گزارش «وطن‌امروز»، فرار کاوه مدنی، معاون رئیس سازمان حفاظت محیط‌زیست از کشور نیز به این شائبه‌ها دامن زد. اما اظهارات اخیر عیسی کلانتری، رئیس سازمان حفاظت محیط‌زیست در حمایت از متهمان به جاسوسی و انتشار این اظهارات به عنوان تیتر یک در روزنامه دولت، با واکنش دادستان تهران مواجه شد.  بر این اساس دادستان تهران به اظهارات اخیر رئیس سازمان حفاظت محیط‌زیست پاسخ داد و گفت: آقای کلانتری و دیگر مقامات اجرایی حق دخالت در پرونده‌های جاری را ندارند و آقای کلانتری به جای طرح چنین ادعاهای بی‌مبنایی، درباره کاوه مدنی و خروج وی از کشور توضیح دهد. به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دادسرای عمومی و انقلاب تهران، عباس جعفری‌دولت‌آبادی با اشاره به اینکه معاون رئیس‌جمهور و رئیس سازمان حفاظت محیط‌زیست طی اظهاراتی که به تاریخ دوم خرداد 97 در صفحه‌ نخست روزنامه‌ ایران منتشر شده و در دیگر رسانه‌های عمومی نیز بازتاب داشته است، با ادعای اینکه اتهامات برخی متهمان پرونده محیط‌زیست در دادسرای تهران، متضمن جاسوسی نیست و بالالتزام اقدامات قوه‌قضائیه در این پرونده را زیر سوال برده است، اظهار داشت: نظر به اینکه مطابق اصل یکصد و پنجاه و ششم قانون اساسی، تعقیب افراد، رسیدگی به اتهامات و محاکمات مرتکبان جرم از وظایف و اختیارات قوه‌قضائیه است و همچنین با عنایت به اینکه مطابق ماده‌ 91 قانون آیین دادرسی کیفری مصوب 1392 «تحقیقات مقدماتی به صورت محرمانه صورت می‌گیرد» لذا از رئیس سازمان حفاظت محیط‌زیست باید سوال کرد که اولاً، ایشان به چه مجوزی در پرونده‌های قضایی دخالت می‌کند؟ و ثانیاً، مبنای اظهارات ایشان که هیچ دسترسی و اطلاعی از پرونده قضایی نداشته است، چیست؟ وی افزود: با توجه به وجود قرائن و دلایل کافی برای بازپرس، صدور قرار تأمین کیفری نسبت به متهمان این پرونده، ضروری بوده و مبنای صدور آن ماده 217 قانون آیین دادرسی کیفری بوده است. دادستان تهران خاطرنشان کرد: مبنای اظهارات آقای کلانتری گزارش هیأت تشکیل شده از برخی وزرای دولت و معاون حقوقی ریاست‌جمهوری برشمرده است، در حالی که این هیأت هیچگونه دسترسی به پرونده و محتویات آن نداشته بنابراین نه این گروه حق اظهارنظر و مداخله در پرونده جاری دارند و نه آقای کلانتری به عنوان رئیس سازمان محیط‌زیست و معاون رئیس‌جمهور. جعفری‌دولت‌آبادی افزود: تحقیقات پرونده جاسوسی در پوشش فعالیت‌های محیط‌زیست در دادسرای تهران بزودی به پایان می‌رسد و دادستانی تهران نتیجه تحقیقات را با رعایت مقررات به استحضار عموم خواهد رساند. دادستان تهران تاکید کرد: از دستگاه‌های دولتی و بویژه آقای کلانتری به عنوان رئیس سازمان حفاظت محیط‌زیست انتظار می‌رفت به جای طرح چنین ادعاهای بی‌مبنایی، درباره کاوه مدنی و خروج وی از کشور توضیح دهد. وی افزود: اساساً به لحاظ تفکیک قوا و واگذاری امر رسیدگی‌های قضایی به قوه‌قضائیه، تشخیص جاسوس بودن اقدامات متهمان از اختیارات مراجع قضایی است و هرگونه اظهارنظر در این‌باره از سوی مسؤولان اجرایی و دیگر اشخاصی که اختیاری در این زمینه ندارند و در قانون دسترسی آنها به پرونده قضایی تعریف نشده است، مغایر مقررات موجود بوده و به لحاظ غیر مستند بودن، ارزش استنادی ندارد. دادستان تهران اعلام کرد: در شرایطی که کشور نیازمند همگرایی و اتحاد بیشتر مسؤولان و مردم است، از آقای کلانتری به عنوان عضوی از قوه مجریه انتظار می‌رفت از بیان اظهارات بی‌مبنایی که نتیجه‌ای جز تفرقه‌افکنی و قانون‌گریزی ندارد، بپرهیزد و در مقابل به انجام وظایف قانونی خویش در خدمت‌رسانی به مردم و محیط‌زیست اهتمام ورزد. جعفری‌دولت‌آبادی خاطرنشان کرد: آقای کلانتری و دیگر مقامات اجرایی حق دخالت در پرونده‌های جاری را ندارند و تعبیراتی امثال «متهمان باید بزودی آزاد شوند» در حد آنان نیست.