سیستم سیاسی کشور در دوران شاهان پیش از ناصرالدین میرزا بشدت با مشکل مواجه شده است. روی کارآمدن افراد نالایق موجب اعتراض و شورش‌‌های محلی پی‌درپی شده است. گروه‌ها و جنبش‌های جدیدی نیز شکل گرفته‌‌اند که تا جایی که بتوانند مستقل از دولت و برخی مواقع بر ضد قدرت مرکزی دولت عمل می‌کنند. «پیتر آوری» در کتاب «تاریخ معاصر ایران؛ از تأسیس تا انقراض سلسله قاجاریه»، اشرافیت را یکی از این طبقات معرفی می‌کند و می‌نویسد: «اشرافیت تنبل در واقع ثمره زن‌پرستی و بوالهوسی فتحعلی‌شاه به‌ شمار رفته و تعدادشان بر اثر بروز جنگ‌های داخلی بیشتر شده بود». این مشکل در دوران آغاز سلطنت ناصرالدین‌شاه گسترش پیدا می‌کند به طوری که یکی نخستین آشوب‌هایی که از سوی مخالفان امیرکبیر در تهران بر پا می‌شود، شورش سربازان پاسدار ارگ در تهران تنها 4 ماه و نیم پس از صدارت وی بود که به تحریک برخی درباریان انجام شد. در این آشوب 2500 سرباز آشوبگر خانه امیرکبیر را محاصره کرده و خواستار عزل وی شدند. روز بعد بین محافظان خانه امیر و سربازان درگیری ایجاد شد که موجب کشته شدن 2 تن از محافظان شد. در این آشوب مردم تهران به حمایت از امیر برخاستند و دکان‌ها را بسته و به مقابله با یاغیان پرداختند. مواجهه امیرکبیر اما با درباریان ادامه دارد؛ مواجهه‌ای که شخص‌محور نیست و به دنبال اصلاح سیستم است. اقدامات او در تحدید مستمری درباریان و امتیازات بی‌حد و حصر و دور از قانون آنان، خود به خود امیر را مقابل آنها قرار می‌داد. اینکه مهدعلیا پس از مرگ امیر به شاه می‌نویسد «امیر شاهزادگان بیچاره را کمتر از سگ کرده بود» (مهدعلیا به روایت اسناد) اوج خشم درباریان از امیر بود که بی‌اختیار از زبان مهدعلیا صادر شده بود. در مقاله‌ای پیرامون واکاوی تقابل میرزا تقی خان فراهانی و مخالفانش آمده است: «مبارزه امیرکبیر بیش از آنکه با رجال سنتی و درباریان و با نام اشخاص باشد، با سیستمی بود که عامل این رقابت‌ها محسوب می‌شد؛ سیستم کهنه و پوسیده‌ای که نظم و قانون و نوسازی را برنمی‌تابید و ناخواسته همه آنها را در مقابل امیرنظام قرار می‌داد، اگرنه جز درباره برخورد با فرقه‌سازی‌ها و نیز جدایی‌طلبی‌ها، مانند فتنه‌‌ سالار در خراسان که امیر محکم مقابل آنها ایستاد و تا نابودی آنها پیش رفت، در برخورد با دیوانیان سنتی و بعدها مهدعلیا مادر ناصرالدین‌شاه، در عین تأیید و پافشاری بر اقدامات اصلاحی خود، روش مدارا را در پیش می‌گرفت و در نامه‌های خود به شاه توصیه می‌کرد که رعایت جانب مادرش را نگه دارد. چنانکه از وی می‌خواهد برای دلجویی مادرش به دیدن او برود: «نواب هم ان‌شاءالله به محض تشریف بردن قبله عالم روحنا فداه از یمن قدم مبارک خوب می‌شود». (نامه‌‌های امیرکبیر) با این وجود بعید به نظر می‌رسد امیرکبیر از ورای دلگرمی‌های شاه و نامه‌های تأییدکننده‌اش، سست بودن پایه‌های قدرت خود را در مقابل سیل بنیان‌کن مخالفانش احساس نکرده باشد. وی با شناخت لایه‌های قدرتمند قاجار، از شاهزاده گرفته تا حرمسرا و نیز دیوانیان سنتی، می‌کوشید در عین تأکید بر خواسته‌های اصلاح‌طلبانه‌اش، اقداماتش را به دور از اغراض شخصی جلوه دهد».
دیگر اقدامات اصلاحی امیرکبیر از جمله دستور به خودداری از استفاده و به کار بردن القاب اضافی
- تا جایی که دستور داد خطاب به وی و دیگر وزیران به همان لقب جناب بسنده کنند-، ممنوعیت دریافت رشوه برای درباریان و مشخص کردن مواجبی برای آنان، جلوگیری از دریافت‌ها و مستمری‌های بی‌دلیل شاهزادگان،  رسیدگی به املاک وابستگان قاجار و... موجب شده بود ناملایمات فراوانی در این مسیر ببیند. او در یکی از نامه‌‌های خود به شاه می‌نویسد: «دشمن از برای این غلام، از زن و مرد زیاد است، خداوند وجود پادشاه را از بلا محافظت کند».
تعداد زیاد شاهزادگان دربار و ائتلافی که حالا دامنه بیشتری از مخالفان امیر را تشکیل می‌داد، موجب شده بود، شاه توان ایستادن پای تصمیمات امیرکبیر را از دست بدهد. از طرفی زنان حرمسرا و شاهزادگان چالش‌‌های همیشگی قاجار بودند و برخوردار از امتیازات سنتی. این موضوع در دربار ایران به اندازه‌ای قوی بود که روابط دولت‌‌های استعمارگری چون انگلستان بر پایه این شناخت از دربار شکل می‌گرفت. وزیر مختار وقت انگلیس درباره ویژگی‌‌های شخصیتی دربار و مخالفان امیرکبیر می‌نویسد: «سودپرستی و طمع‌ورزی حاکم بر همه چیز است و انگیزه‌های آنی و هوس و نیرنگ و افسون بر این جامعه مستولی است». و همه این اصلاحات از سوی امیرکبیر در شرایطی بود که درباریان از او به‌خاطر نسبت خانوادگی‌‌‌‌اش کینه داشتند. آنها امیرکبیر را به‌خاطر نداشتن طبقه اجتماعی اشراف مورد تهمت و توهین قرار می‌دادند. رابرت گرنت واتسون در «تاریخ ایران» می‌نویسد: فشار تهمت گدازادگی بر امیر به حدی بود که شاه را بر آن داشت تا برای آنکه اقتدار امیر تنها به سود سلطنت باشد، بر خلاف میل مهدعلیا تنها خواهر خود و تنها دختر او (مهدعلیا) را به عقد امیر درآورد. ایستادگی امیرکبیر در مقابل خاندان شاهی، اگر چه ضامن منافع عمومی بود اما تبلیغات منفی دربار در میان نظامیان هم اثر کرده بود. اصلاحات امیرکبیر دامن آنها را نیز گرفته بود، چرا که رشوه گرفتن ممنوع شده بود. همه اینها در کنار برخی اشتباهاتش از جمله به کار گماردن دشمنان اصلی خود از جمله آقاخان نوری، حاج علی‌خان فراش‌باشی و تنی دیگر از مخالفانش در مناصب مختلف، شرایط را برای از میان برداشتن و ترور او مهیا کرد. امیرکبیر معاونت خود را برای مدتی به نوری تفویض کرد و فراش‌باشی را صاحب منزلت می‌کند. کسی که در صحنه قتل امیرکبیر حاضر می‌شود و پس از قتل، چندباری با لگد به او می‌کوبد! و اینگونه بود که ائتلافی از مخالفان، شاهزادگان و نظامیان همه بر عزل و قتل امیر متحد می‌شوند و او را از میان برمی‌دارند.