مسعود نیلی اخیرا در برابر موج انتقاداتی که درباره دوره عملکردش در جایگاه دستیار ویژه رئیس‌جمهور داشته، اقدام به دفاع از خود کرده است؛ دفاعی که خود هم مستحق انتقاداتی است. نیلی در بخشی از دفاعیه خود آورده است: «به فاصله کمی از شروع کار دولت دوازدهم از اوایل مهر سال گذشته، تصمیم خود را برای کناره‌‌گیری از دولت از طریق نزدیکان جناب آقای رئیس‌جمهور با ایشان مطرح کرده و به دنبال آن در تاریخ ۱۴/ ۸/ 96 استعفای کتبی خود را در شرایطی تقدیم رئیس‌جمهور محترم کرده‌‌ام که هنوز نرخ تورم ماهانه کمتر از 4/0 درصد (یعنی یکی از کمترین تورم‌‌های ماهانه تاریخ کشور) و نرخ ارز در حدود ۴۰۰۰ تومان و رشد اقتصادی گزارش شده برای فصل بهار سال ۱۳۹۶ نیز ۶ درصد (مرکز آمار ایران) بوده است. متعاقب عدم پذیرش این استعفا از طرف رئیس‌جمهور محترم و اصرارم بر این امر از تاریخ ۵ اردیبهشت سال جاری در هیچ‌یک از جلسات هیات دولت و ستاد اقتصادی دولت و دیگر جلسات مهم تصمیم‌گیری شرکت نکرده و در نهایت با نوشتن نامه مجدد مبنی بر تاکید بر استعفا در تاریخ16/7/97 و پیگیری زیاد، رئیس‌جمهور محترم در تاریخ22/8/97 با استعفا موافقت کردند». موضوع اینجاست که اگر آقای نیلی نمی‌خواسته‌ در هیات دولت حضور پیدا کند یا اگر مریض احوال بوده‌ چرا یک کرسی تصمیم‌گیری را در شورای پول و اعتبار و یک کرسی را در هیات دولت اشغال کرده بود؟ چرا زمانی که رئیس‌جمهور اصرار به حضور ایشان داشته است‌ آقای نیلی از طریق رسانه‌‎های همسو سعی نکرد استعفای خود را مطرح کند تا از این طریق هرچه زودتر هیات دولت را ترک کند؟ چرا نیلی از همان زمان که تورم تک‌رقمی اعلام می‌شد و دلار در کانال 4 هزار تومان بود، استعفای خود را علنی نکرد؟ مسعود نیلی به اعتراف خود از آبان سال گذشته استعفا داده اما تا آبان امسال با استعفای او موافقت نشد و همچنان دستیار ویژه روحانی در امور اقتصادی بوده است. شایسته نیلی نیست حالا که تورم به بالای 30 درصد رسیده و نرخ دلار فراتر از 10 هزار تومان رفته خود را کنار بکشد و نقشش را در اقتصاد ایران انکار کند. مسعود نیلی نقش انکارناپذیری در اقتصاد دوران روحانی داشته و دارد و نمی‌تواند بعد از شکست‌های متعدد اقتصادی، خود را کنار بکشد و مدعی شود که از پارسال استعفا کرده و هیچ کاره بوده‌ است. اینگونه اظهار نظرها در شأن اقتصاددانی با  جایگاه نیلی نیست و بهتر است وی به جای بهانه‌گیری، موانع اصلی بر سر راه اقتصاد ایران را تشریح و تحلیل کند.