با گذشت چند سال از مطرح شدن وجود واحدهای فاقد متقاضی مسکن‌مهر هنوز ابهاماتی درباره دلایل خالی ماندن این واحدها وجود دارد و به نظر می‌رسد دلایلی غیر از فاقد متقاضی بودن این واحدها در این باره مطرح بوده است. یکی از گفته‌های دائمی و همیشگی عباس آخوندی، وزیر سابق راه و شهرسازی در اغلب سخنرانی‌ها و اظهارنظرها درباره مسکن‌مهر تاکید بر وجود هزاران واحد فاقد متقاضی در پروژه‌های مختلف این طرح ملی بود. وجود واحدهای فاقد متقاضی همواره به عنوان یکی از مهم‌ترین ایرادات آخوندی و تیم وی در بخش مسکن به پروژه مسکن‌مهر بوده است. با این وجود، خبرنگار فارس بتازگی سندی را مشاهده کرده است که بر اساس آن در دی‌ماه سال ۹۴ علی‌اصغر مهرآبادی، قائم‌مقام آخوندی طی نامه‌ای پیشنهاد انتشار آگهی ثبت‌نام متقاضیان برای واحدهای خالی را می‌دهد و آخوندی در کمال ناباوری دستور می‌دهد: مخالفم! نکته جالب اینجاست که وزیر سابق راه و شهرسازی درباره این مخالفت صریح هیچ دلیل مشخصی هم اقامه نکرده است. به عبارت دقیق‌تر در هیچ زمانی فرصت ثبت‌نام در سامانه مسکن‌مهر برای متقاضیان واحدهای خالی فراهم نشده است تا اعتبار ادعای غیرکارشناسی وزیر وقت برای حمله به مسکن‌مهر زیر سوال نرود. بر اساس بررسی‌های فارس، آخوندی بعد از این دستور هم بارها عامدانه و با آگاهی کامل از بسته‌بودن سایت ثبت‌نام متقاضیان، برای ناکارآمد نشان دادن طرح مسکن‌مهر از فاقد متقاضی بودن ۱۰۰هزار واحد مسکن‌مهر خبر داده است. البته به دلیل به‌روز نبودن سامانه مسکن‌مهر همواره آمارهای متفاوتی درباره میزان دقیق واحدهای فاقد متقاضی ارائه می‌شد. نکته جالب توجه اینکه قائم‌مقام آخوندی که بتازگی توسط اسلامی ابقا شده، برخلاف نامه‌نگاری خود با آخوندی درباره فراهم نبودن امکان ثبت‌نام متقاضیان، با آدرس غلط دادن به وزیر جدید باز هم وجود ۷۰ تا ۸۰ هزار واحد فاقد متقاضی را برای اسلامی مطرح کرده است، بدون آنکه به وزیر جدید بگوید سایت ثبت‌نام بسته است.