یکی از اقدامات اصلی سازمان مجاهدین خلق پیش از اعلام رسمی فاز نظامی، بحران‌سازی و تلاش برای ایجاد شورش اجتماعی با استفاده از اتفاقات متفاوتی بود که در آغاز انقلاب رخ می‌داد. یکی از معروف‌ترین تحرکات آنان ادعایی بود که پیرامون مرگ آیت‌الله طالقانی مطرح شد. دیوارنوشت‌ها و شعارهای «بهشتی، بهشتی، طالقانی رو تو کشتی»، که در جهت «ترور شخصیت» آیت‌الله بهشتی، پیش از ترور شخص او از سوی سازمان برنامه‌ریزی و انجام شد، نشان می‌دهد که نوع مواجهه سوءاستفاده‌گرایانه سازمان مجاهدین خلق و شخص مسعود رجوی از این اتفاقات چگونه بوده است. ماجرای دستگیری فرزندان آیت‌الله محمود طالقانی در فروردین‌ماه 1358 در عین حال که یکی از نخستین چالش‌های درون خانواده انقلاب بود، فرصتی کم‌نظیر برای مجاهدین نیز بود تا با دامن زدن به اختلافات، از آب گل‌آلود ماهی بگیرند.
ابوالحسن و مجتبی 2 نفر از فرزندان آیت‌الله طالقانی نیمه‌شب 23 فروردین بعد از خروج از سفارت فلسطین، توسط نیروهای شبه‌نظامی ناشناس بازداشت شدند. در پی این حادثه، آیت‌الله طالقانی به حالت قهر دفاتر خود را تعطیل کرد و به مسافرتی اعلام نشده رفت. قهر آیت‌الله طالقانی چند روزی بیشتر ادامه نیافت اما مجاهدین خلق( منافقین) از هیچ تلاشی برای سوءاستفاده فروگذار نکردند. اگرچه تقریبا شخصیت و گروهی نبود که در این رابطه به صدور اطلاعیه یا برگزاری میتینگ اقدام نکند( به عنوان مثال شورای انقلاب، با اشاره به نقش مهم آیت‌الله طالقانی در انقلاب اسلامی در بیانیه‌ای خواستار بازگشت ایشان از سفر شد: «شکی نیست آیت‌الله با امکان بهره‌گیری فرصت‌طلبان از این پیشامد توجه فرموده‌اند و با عنایتی که به حساسیت و موقعیت کشور دارند غیبت بیش از این را جایز نخواهند شمرد و با حضور ایشان واقعیت رخدادها بر همگان مکشوف و تدابیر قاطع برای از بین بردن زمینه توطئه و تحریک اتخاذ خواهد شد»- اعلامیه شورای انقلاب، روزنامه اطلاعات، 29 فروردین 1358، ص یک)، اما موضع سازمان مجاهدین در راستای راهبرد ادامه بحران و ایجاد شورش اجتماعی بود.
سازمان مجاهدین خلق هم که کم‌کم زاویه علنی خود با حاکمیت جدید را نشان می‌داد، در راهبردی رادیکال طی اعلامیه‌ای اعلام کرد نیروهای نظامی خود را در اختیار آیت‌الله طالقانی می‌گذارد! پیامی که از سوی آیت‌الله بی‌پاسخ ماند: «اعلام می‌داریم از همین امروز یکشنبه ۲۶ فروردین نیروها و افراد نظامی خود در سراسر کشور، و همچنین تمام تجارب نظامی- انقلابی 14 ساله سازمان مجاهدین خلق ایران را تماما و بدون هیچ‌گونه چشمداشت و انتظار متقابل تحت نظارت و فرماندهی عالیه حضرت آیت‌الله العظمی طالقانی قرار می‌دهیم. این حکم برای تمام نیروهای سازمان قطعی و لازم‌الاتباع است. بنابراین صرف‌نظر از قیودات مشخصی که در ارتباط با کنترل دولت، ضمن تماس‌های آینده خواهیم پذیرفت، به حضرت آیت‌الله طالقانی به‌مثابه قاضی و حکم نهایی خود در تمام عملیات نظامی احتمالی که از این پس چه در ارتباط با دولت و چه در ارتباط با سایر نیروها پیش خواهد آمد، می‌نگریم». در بخشی از کتاب «صخره سخت» بررسی پرونده‌های امنیتی در جمهوری اسلامی (1359-1357) پیرامون این موضوع آمده است: مجاهدین خلق همچنین راهپیمایی را در حمایت از آیت‌الله طالقانی را در دستور قرار داد که این مسأله با واکنش امام خمینی روبه‌رو شد. روز ۲۹ فروردین راهپیمایی دانش‌آموزان حامی سازمان مجاهدین که از محل ستاد این سازمان در خیابان ولی‌عصر آغاز شد پس از عبور از خیابان فلسطین و مقابل سفارت فلسطین در میدان انقلاب با درگیری‌های پراکنده‌ای پایان یافت. امام خمینی همان زمان در جمع مسؤولان روحانی کمیته‌های انقلاب اسلامی تهران به این راهپیمایی واکنش نشان دادند و از سوءاستفاده سازمان مجاهدین خلق از دانش‌آموزان مدرسه‌ای ابراز نگرانی کردند: «خود آنها با آقای طالقانی مخالفند. هر روزی که دست‌شان برسد سر او را می‌برند و سر امثال او را! لکن حالا بهانه دست‌شان افتاده است که مثلا آقای طالقانی رفته‌اند بیرون! این بهانه دست‌شان افتاده و آن بساط را در مدرسه‌های ما و در خیابان‌های ما اینها درست کردند و برای کمیته‌ها شروع کردند تبلیغات سوء کردن. اینها یک دسته‌ای هستند که فردا هم یک چیز دیگر پیش می‌آورند».
در واقع سازمان مجاهدین خلق به ماجرای قهر آیت‌الله طالقانی به‌مثابه فرصتی برای شکاف در حاکمیت تازه‌تأسیس و حتی ممانعت از تأسیس سپاه پاسداران که در شرف تشکیلات واحد قرار داشت، می‌نگریست اما دوراندیشی و برخورد پیچیده امام خمینی با این بحران که در واقع نخستین بحران خانوادگی بود، مانع فرصت‌طلبی سازمان مجاهدین خلق و دیگر گروه‌های معارض با محوریت رهبری انقلاب شد.
با گذشت 2 روز از سفر اعتراض‌آمیز آیت‌الله طالقانی، امام خمینی دستور داد با آیت‌الله طالقانی تماس گرفته شود و حجت‌الاسلام سیداحمد خمینی، فرزند خود را مامور این تماس کرد. همزمان گروه‌هایی از مردم در تهران و شهرستان‌ها در حمایت از آیت‌الله طالقانی به خیابان‌ها آمدند. مذاکرات سیداحمد خمینی با آیت‌الله طالقانی به بازگشت ایشان منجر شد و آیت‌الله طالقانی بعد از مراجعت مستقیما در سفری به قم با امام خمینی ملاقات کرد. آیت‌الله طالقانی در جریان این سفر طی سخنانی که در مدرسه فیضیه ایراد کرد کمیته‌ها را از تهمت‌ها بری دانست، حمله‌ها را مغرضانه خواند و با بیان اینکه در جریان انقلاب همین کمیته‌ها بودند که از جان و مال مردم حفاظت کردند، در عین حال بر لزوم تصفیه کمیته‌ها از افراد خودسر تأکید کرد:... من نگران شدم که مبادا همین غیبت من با اینکه نظر اصلاحی داشتم موجب مسائل و پس‌آمدهایی بشود که در این شرایط حساس ملت ایران؛ مردمی که انتظاراتی دارند، امیدهایی دارند، دچار مسائلی بشویم که مشکلات بیشتر و تحریکات زیادتر بشوند و انقلاب ما که انقلاب اصیل اسلامی است به وضعی از راهی و در مسیری پیش برود که هم خدای ناخواسته در یک مدت دیر یا زود تبدیل به ضدانقلابی، استبداد و دیکتاتوری بشود. با آنکه من بیرون بودم دائما بچه‌هایی که با من بودند، فرزندانم با دوستان و کسانی که در تهران بودند تماس داشتند و قضایا را آنطور که بود بررسی می‌کردند و به من می‌رساندند. در این ضمن به من خبر دادند که از طرف حضرت آیت‌الله خمینی، فرزند آزاده‌شان حضرت حجت‌الاسلام حاج احمد آقا به تهران تشریف آوردند و مطالبی دارند. تصورم این بود که آمدن ایشان به تهران فقط یک فرم دلجویی برای من بوده از طرف آقام، بعد که ایشان گفتند مساله‌ای است که باید مطرح کنند، محلی که آنجا بودم تشریف آوردند و نگرانی حضرت آیت‌الله خمینی را به من گفتند و خودشان هم اظهار کردند که ممکن است نبودن شما منشأ نگرانی‌ها و مسائلی بشود. از این جهت من با اشتیاقی که داشتم بعد از مدت‌ها ملاقات با حضرت آیت‌الله خمینی با ایشان، حرکت کردم و علاوه بر این، سال‌ها بود که به قم نیامده بودم. دیشب آمدیم. از جهت دیگر احساس کردم برای حضرت آیت‌الله امام خمینی نگرانی‌هایی پیش آمده که مبادا تفرقه‌افکن‌ها، فرصت‌جوها، عوامل مستقیم و غیرمستقیم داخلی و خارجی استعمار می‌خواهد از این مسائل بهره‌برداری کند و چنین بنمایاند که بین نظریات مراجع دینی و رهبری‌های دینی اختلافاتی هست و همیشه هم ما می‌دانیم که عوامل ضدانقلاب و دشمن و ارتجاع داخلی و خارجی و استعمار، تجربه تاریخی ماست که از همین احساس اختلاف‌نظرها سوءاستفاده کرده و از انقلاب‌ها همیشه و بیشتر از مواردی که ما در تاریخ می‌دانیم در داخل و خارج از کشورمان سوءاستفاده کرده‌اند. با اینکه بارها این مطلب را ما تذکر دادیم، همان وقتی که حضرت آیت‌الله خمینی در تهران بودند باز هم انتشاراتی در گوشه و کنار جراید و اعلامیه‌ها منتشر کردند که من هم در جواب گفتم رهبری حضرت آیت‌الله امام خمینی را نه ما بلکه دنیا پذیرفته است(روزنامه اطلاعات، اول اردیبهشت 1358)».
محمدمهدی جعفری از نزدیک‌ترین شخصیت‌ها به آیت‌الله طالقانی ماجرای سفر آیت‌الله طالقانی و زمینه‌های آن را این گونه روایت می‌کند: وقتی شنیدم مجتبی را دستگیر کرده‌اند، رفتم به ستاد آقای طالقانی در خیابان هدایت، دیدم در بسته است. در زدم و نگهبانی آمد. گفتم: «آقا اینجاست؟» گفت: «نه»، گفتم: «کجاست؟» گفت: «نمی‌دانم.» به منزل‌شان رفتم، ولی آنجا هم نبودند. من جریان را این طور شنیدم که وقتی به آقا خبر می‌دهند، معلوم می‌شود که مجتبی با ابوالحسن رفته بودند به سفارت فلسطین، که ماشین آنها را تعقیب می‌کنند و بعد می‌ربایند. کسی نمی‌دانست آنها را کجا برده‌اند، دی سرنخی پیدا کرده بودند و ظاهرا ماشین آنها را جلوی سپاه عباس‌آباد (بهشتی کنونی) دیده بودند. آن سپاه هم دست محمد منتظری، محمد غرضی و علی دانش‌منفرد بود. آقای علی بابایی تیمسار امیر رحیمی را می‌خواهد و ایشان هم به آنجا می‌رود. در واقع دنبال راه‌حل کرده‌اند. آقای دانش‌منفرد را هم می‌آورند. ایشان اول اظهار بی‌اطلاعی می‌کند و می‌گوید من خبر ندارم و ارتباطی هم به من ندارد. سرتیپ امیر رحیمی تهدید می‌کند و می‌گوید: «به هر حال تا وقتی مجتبی بیاید، تو اینجا هستی». آقای دانش‌منفرد با آقای غرضی تلفنی صحبت می‌کند و می‌گوید من در چنین موقعیتی هستم و اگر شما می‌دانید مجتبی کجاست، آزادش کنید. ظاهرا این کشمکش تا صبح ادامه داشته و صبح اینها را آزاد می‌کنند. من بعد فهمیدم که آیت‌الله طالقانی از تهران بیرون رفته‌اند و معلوم شد آقای غرضی که در خاورمیانه یعنی در بیروت و دمشق فعالیت می‌کرده‌اند، احتمالا درگیری‌هایی با مجتبی داشته‌اند. مجتبی به گروه جداشده از مجاهدین پیوسته بود و خودش گفته بود عضو پیکار نیستم، ولی به هر حال از مسلمانان هم جدا شده بود. قبل از این گرفت‌وگیر، یک روز من خدمت آیت‌الله طالقانی رفتم و گفتم: «مجتبی چطور است؟» گفت: «مجتبی باد درددل‌هایی کرده و گفته چه جریانی شد که با اینها رفتم و الان هم مارکسیست نیستم». آیت‌الله طالقانی به من گفت: «اگر می‌توانی تو با او صحبت کن، به نظر می‌رسد که نرم شود و راه بیاید». البته من دیگر مجتبی را ندیدم و صحبتی هم با او نکردم، ولی آقا امید داشت که شاید ایشان از آن راه برگردد... وقتی آیت‌الله طالقانی آمدند، من گفتم: «مجاهدین چنین کاری کرده‌اند». ایشان نزدیک به این مضمون گفتند: «غلط کردند. من به لشکری احتیاج ندارم». بعد خودشان هم اعلامیه‌ای آرام و مسالمت‌آمیز دادند و اعلام کردند: «کاری که من کردم برای این بود که درگیری‌ها پیش نیاید، نه اینکه لشکرکشی بشود و دو گروه بخواهند مقابل هم قرار بگیرند». به نظر من اقدام مجاهدین در اینجا حرکتی نسنجیده و قدرت‌نمایی بیجایی بود» (30 خرداد ۹۰، زمینه‌ها و ریشه‌ها، گفت‌وگو با محمدمهدی جعفری، نشریه چشم‌انداز ایران، بهمن و اسفند1382).