درباره همکاری سازمان منافقین با اتحادیه‌های کمونیست‌ها، از سوی برخی اعضا در دادگاه محاکمه اعضای این اتحادیه نکاتی مطرح شده است. از جمله کامران صمیمی در بخشی از صحبت‌های خود در دادگاه می‌گوید: «من خودم را مجرم می‌دانم، در بخشی از این جنایات، نه‌تنها این جنایات، بلکه آنچه کسان دیگر کرده‌اند، شریک هستم. مثلاً منافقین موقعی که جنایات ۷ تیر را انجام دادند، من اول فکر کردم کار سازمان سیاست، بعداً منافقین با افتخار اعلام کردند که کار آنها بوده. تشکیلات اتحادیه هم افتخارش این است که چند منافق در جنگل به آنان پیوسته‌اند، مسلمانان به‌اصطلاح راستین و کمونیست‌های راستین سر از یک آبخور در آوردند و به هم پیوستند». محمدرضا سپرغمی از دیگر اعضای اتحادیه کمونیست‌ها در جلسه دادگاه می‌گوید: «یکی از گروهک‌هایی که در اطراف پراکنده بودند، گروهی به اسم «مرزن‌کلا» بود، اینها حدود ۶ تا ۸ نفر بودند که بین اینها عده‌ای منافق بودند و عده دیگری هم از اقلیت با جناح چپ اکثریت بودند که به این جریان ملحق شدند. 3-2 نفر هم به صورت پراکنده آمده بودند، از جمله یک پیکاری و یک نفر از طوفان. از آنجا که [ریاحی] مسؤول بود، قاعدتاً هر ارتباطی که کسان دیگر می‌گرفتند، ایشان باید در جریان قرار می‌گرفت، چون که یکی از مسؤولان سیاسی بوده است. مسؤول کل سیاسی «سید سیامک زعیم» بود که دستگیر شده و در اوین زندانی است. یک مسؤول دیگر هم داشتیم با نام احمد که اهل مازندران بود و چند بار با سران منافقین ارتباط گرفته بود و قاعدتاً آقای ریاحی و آقای زعیم در جریان این تماس‌ها قرار می‌گرفتند». پس از حوادث آمل مجاهدین خلق در نشریه خود از اقدام اتحادیه کمونیست‌ها ابراز رضایت می‌کنند. گروهک تروریستی منافقین از ترور 600 نفر از مردم آمل به‌دست «اتحادیه کمونیست‌های ایران» در سال 1360، ابراز رضایت کرد. گروهک تروریستی منافقین در شماره 139 از «نشریه مجاهد»، ارگان مطبوعاتی اصلی منافقین در سال‌های آغازین دهه 1360، این موضع را اتخاذ کرده است. بر اساس بیانیه اتحادیه کمونیست‌های ایران که گروهک منافقین بخش زیادی از آن را به نشانه دستاوردی بزرگ برای گروه‌های موسوم به مقاومت، در نشریه خود منعکس کرده است، تروریست‌های این اتحادیه طی 3 عملیات که در تاریخ 18 و 22 آبان و 5 بهمن 1360 در جنگل‌های آمل ترتیب دادند، 600 نفر از مردم آمل را ترور کردند.