ماجرای مباحثه شهید چمران و حجت‌الاسلام روحانی پس از ایام کودتای نوژه را می‌توان از مهم‌ترین و جنجالی‌‌‌‌‌ترین فعالیت‌‌های سیاسی این شهید دانست. نطقی کوتاه در جریان جلسه مجلس شورای اسلامی که خیلی‌ها آن را باعث نجات یافتن ارتش از ایده حذفی مورد نظر روحانی می‌دانند. ماجرا زمانی آغاز شد که در جریان جلسه 23 تیر 59 و تنها 2 ماه قبل از آغاز جنگ 8 ساله تحمیلی حسن روحانی با اعلام خیانت ارتش در جریان کودتای نوژه گفت: «راجع به نیروهای مخصوص ارتش (نوهد) بارها به مسؤولان پیشنهاد شده که این نیرو را منحل اعلام کنند و اینها خطرناک هستند و متاسفانه توجه نشد و در این کودتا هم نقش عظیمی را آنها داشتند». درخواست روحانی اما با واکنش وزیر دفاع ملی، مصطفی چمران مواجه شد. متن زیر بخشی از نطق چمران در پاسخ به درخواست حسن روحانی است:
مساله مهمی که از نظر نظامی باید به‌عرض دوستان برسانم، این است که دشمن همیشه و همه جا قادر است کودتایی به راه بیندازد. خریدن 5 افسر یا 20 افسر برای دشمن با قدرت پول کار ساده‌ای ‌است. شما اگر ارتش صدر اسلام را هم در نظر بگیرید، دوست عزیز من جز عده انگشت‌شماری افراد دیگر بودند، آنچنان که باید و شاید رسالت مقدس نبی‌اکرم را درک نکرده بودند. مساله مهم زمینه‌ای است که در آن زمینه ما داریم زندگی می‌کنیم؛ مساله‌ای که می‌خواهم به ‌شما بگویم در تمام دنیا حتی در خود آمریکا حتی در روسیه شوروی، آمریکا و در آنجا جاسوس دارد. در حال حاضر در ارتش ما زمینه برای کودتا وجود ندارد. این ارتشیان ما اطاعت نخواهند کرد و زیر بار نخواهند رفت. نه ‌فقط ملت ما علیه آنها خواهد جنگید، بلکه ارتشیان هم خواهند جنگید. مساله‌ای را که می‌خواهم به‌عرض شما برسانم، این است که این ارتش با تمام هجوم و حمله‌ای که به آن می‌شود، ارتشی نبود که با ملت ما بجنگد. پیروزی انقلاب ما در سایه این حقیقت بود که ارتش به ملت ما پیوست و نجنگید. یک ارتش 500 هزار نفری اگر می‌خواست با ملت بجنگد، میلیون‌ها کشته می‌دادند نه 60 هزار نفر، نه 70 هزار نفر. ارتش به ملت پیوست و طاغوت احساس کرد که این وفادار به منفعت طاغوت نیست، پس گریخت. مساله‌ای را که می‌خواهم اینجا مطرح کنم این است که با یک بازی سیاسی و با یک مساله و با یک کودتای ساختگی که نظیرش را در چند روز پیش دیدیم، سبب نشوند که رابطه ملت با ارتش قطع شود. سبب نشوند که آن پرستیژ و شخصیتی را که قلمداد می‌کرد، از بین برود. این وحدت و یکپارچگی بین ارتش و مردم بزرگ‌ترین تجربه است. مساله خوزستان را شما بهتر از من آگاه هستید، بنابراین شما مقابل قدرت‌های نظامی بزرگ و سازماندهی دشمن مقاومت بکنید. احتیاج به ارتش هست و به‌همین علت است که دشمن سعی می‌کند ارتش را با قدرت بکوبد، از نظر مردم بیندازد، پرستیژ ارتش را از بین ببرد و ما نباید تسلیم این امر بشویم. از این کودتاها و نظیر این توطئه‌ها چه‌بسا که زیاد اتفاق بیفتد ولی همین‌طور که گفتم، زمینه‌ای برای کودتا در داخل ارتش و در خارج از ارتش وجود ندارد. در این ارتش است که من با کمال جرات و جسارت در پشت آنها نماز خوانده‌ام و نماز می‌خوانم. بد نیست از یکی از افسران پاک در اینجا اسم ببرم به‌نام سرگرد صیادشیرازی که هم‌اکنون به‌ فرماندهی عملیات غرب منصوب شده است و یک سرگرد است و رئیس‌جمهور هم دستور فرمودند به او 2 درجه بدهند که سرهنگ بشود. بنابراین به صرف شعارهای تند و احساسات کور افرادی را کوبیده‌اند، درحالی که گفتم چنین فرماندهان فکوری، همچون سرهنگ فکوری که فرمانده نیروی هوایی شما است، کسی است که بیشتر مومنین پشت او نماز می‌خوانند.