دفاع پاشنه آشیل
مهم‌ترین اشکال شاید در خط دفاعی است و به نظر می‌رسد تا زمانی که همه مصدومان نرسند این تیم در این زمینه کارش درست نشود. استقلال همان اول فصل در این نقطه و در یارگیری اشتباه داشت چرا که هر دو مصدوم استقلال (صادقی و عمران‌زاده) پیش از پایان
نقل و انتقالات مصدومیتشان معلوم شد، چه حنیف که در اردو مصدوم شد و چه صادقی که نتوانست در تمرینات شرکت کند و به این ترتیب از همان روزهای اول معلوم بود که استقلال هر دو دفاع وسط قدرتمند و احتمالا فیکس خود را مدت‌ها نخواهد داشت اما با این حال تا توانست هافبک خرید و به این بخش توجه نکرد تا این شود که امروز شده است! گل خوردن به‌سادگی و بدون آزار روی مهاجمانی که خود را به هجده قدم می‌رسانند. در واقع کافی است حریف با توپ به هجده قدم برسد و وقتی رسید شما تقریبا کار را تمام شده بدانید، چون عملا کسی جلوی او را نمی‌گیرد و هر کاری که دلش بخواهد انجام می‌دهد!
دروازه‌بان نامطمئن
بخش بعدی که استقلال باید به آن فکر کند درون دروازه است، یعنی جایی که یک برزیلی هم خرید اما فروزان دروازه‌بان اولش بود. جوانی سریع و آینده‌دار که جانشین رحمتی در استقلال شد و کارش بسیار سخت هم بود. فروزان شاید اشتباه مستقیمی روی دریافت گل‌ها تاکنون از خود نشان نداده باشد اما از دیدگاه فنی کار بزرگی هم نکرده و عملا تمام موقعیت‌هایی را که احتمال گل شدن‌شان بالاست دریافت کرده است! در واقع استقلال در قفس توری کاملا متوسط عمل کرده که این نگران‌کننده است. برای قهرمانی یک تیم باید حتما دروازه‌بان خوبی داشته باشد و البته که فروزان بد نیست اما به هر حال از کلین شیت‌های استقلال در زمان رحمتی هم خبری نیست! کلین‌شیت‌هایی که 2 فصل پیش به 21 رسید تا استقلال با رحمتی قهرمان شود، در واقع اینجا هم به ابتدای فصل و زمان خرید مهره‌ها بازمی‌گردد.
بدنسازی
چه امیر قلعه‌نویی بداند یا نداند یا چه بپذیرد یا نپذیرد فرقی نمی‌کند، به هر حال وقتی تیمی بدنساز نداشته باشد از نظر بدنی در کوران لیگ با فرسایش مواجه می‌شود و هر چه زمان جلوتر می‌رود نتیجه بدتر می‌شود. استقلال به استقلال صنعتی و سایپا در ابتدای لیگ دقیقه 90 گل زد و کارشان را ساخت اما حالا چند دیدار است که در آن دقایق تضعیف شده است. بدنسازی هم به ابتدای لیگ برمی‌گردد، آنجا که حاج قاسم به توافق مالی نرسید و رفت اما باشگاه جانشینی برای او پیدا نکرد و این قصه را بی‌اهمیت دانست! قلعه‌نویی می‌پرسد و خودش پاسخ می‌دهد و البته حرف هیچکس را هم قبول نمی‌کند بویژه آنها که می‌گویند اشکال از بدنسازی است اما مساله این است که اشکال کاملا از بدنسازی نیست بلکه اشکال تاکتیکی هم در این تیم دیده می‌شود؛ اشکالی که آمار آن را نشان می‌دهد.