همپیمان شدن حضرات آیات بهبهانی و طباطبایی به منظور نیل به مشروطه (1284 ش)
انتشار عکس موسیونوژ بلژیکی، مدیرکل گمرک ایران با لباس روحانیت شیعه در مجلس لهو و لعب، خشم مردم متدین و علما را برانگیخت. در این میان، کوبندهترین و مؤثرترین اعتراض از جانب سیدعبدالله بهبهانی، عالم بزرگ تهران مشاهده شد. مظفرالدین‌شاه در پی اعتراضات سهمناک آیت‌الله بهبهانی، نامهای به او نوشت و به برآوردن خواستههای وی تعهد سپرد اما با آرام شدن مردم و فروکش کردن هیجانهای نخستین، اقدامی از سوی شاه قاجار در این باره صورت نگرفت و این بار، بهبهانی مصمم شد به همراهی دیگر علما، نهضت را شوری تازه ببخشد. براین اساس، مقصود خود را با علمای نامدار و بزرگ تهران در میان گذاشت که در این میان تنها سیدمحمد طباطبایی اظهار داشت که به خاطر مشروطه، حاضر است بهبهانی را همراهی کند. آیت‌الله بهبهانی نیز همکاری طباطبایی را مغتنم شمرد و دوم آذر 1284ش به منزل طباطبایی رفت و پس از مذاکره، همپیمان و متفق شدند که در مبارزه علیه استبداد و ظلم حکومت تا رسیدن به هدف اصلی یعنی مشروطه، از یاری یکدیگر باز نایستند. آیت‌الله بهبهانی شخصیتی بیباک، شجاع و سرسخت بود و آیت‌الله طباطبایی، عالمی متقی، پاکدامن، آگاه به علوم زمان و اوضاع سیاسی جهان. در واقع دو ویژگی ممتازی که هر رهبر برای پیروزی نهضت بدان نیازمند است، یعنی سازش‌ناپذیری و درایت، به‌وسیله اتحاد بهبهانی و طباطبایی حاصل شد و پیروزیهای بعدی را ممکن کرد تا به مشروطه دست یافت.
تشکیل «کمیته دفاع ملی» در قم در جریان جنگ اول جهانی (1294 ش)
پس از تجاوز ارتش روس به ایران در جریان جنگ اول جهانی و پیشروی تا نواحی اطراف تهران و انحلال مجلس شورای ملی، طبق هماهنگی به عمل آمده با احمدشاه قاجار، قرار بر این شد که شاه به طرف اصفهان حرکت کند و پایتخت به آن شهر منتقل شود اما پس از مذاکرات بسیار با نمایندگان روس و انگلیس نظر احمدشاه تغییر کرد و به اطلاع دربار رسید که قوای روس به پایتخت حمله نخواهند کرد. در این حال، عدهای از نمایندگان مجلس، روحانیان بلندپایه و تجار تهران، پایتخت را به قصد قم ترک کردند و در قم، کمیته دفاع ملی را تاسیس کردند. در این حال فرمان جهاد علیه روس از طرف علما صادر شد و هیاتی مامور تدارک اسلحه شد. در همین ایام، قوای جنگی روسیه، شهر ساوه را تصرف کرده، به سمت قم پیشروی کردند. اعضای کمیته دفاع ملی که قوای مهاجم را در پیش روی خود دیدند، به سرعت رهسپار اصفهان شدند و پس از چند روز توقف، به سمت کرمانشاه حرکت کردند. قوای روسیه نیز پس از تصرف ساوه، شهرهای قم و کاشان را اشغال کردند و برای مقابله با کمیته راهی کرمانشاه شدند. این کمیته در کرمانشاه، دولت موقتی تشکیل داد و به جنگ روسها رفت. پس از چندین درگیری بین قوای روس و انگلیس با کمیته دفاع ملی، این کمیته مجبور شد جای خود را تغییر دهد و مدتی در قصرشیرین و موصل در عراق اقامت کرده، سرانجام به استانبول رفتند. این کمیته و دولت موقت در اردیبهشت سال بعد با نامی دیگر اعلام موجودیت کرد اما سرانجام پس از پایان جنگ منحل شد.
هجوم وحشیانه ایادی رژیم پهلوی به حرم مطهر امام رضا(ع) (1357 ش)
روز دوم آذر 1357 در مشهد تظاهرات آرامی از طرف مردم به‌وقوع پیوست و تظاهرکنندگان وارد صحن حرم امام رضا(ع) شدند. ناگهان نظامیان رژیم، مردم را به گلوله بستند و عدهای از مردم مبارز جان خود را از دست دادند. گلوله‌باران بارگاه مقدس حضرت ثامن‌الحجج(ع) خشم مردم را چندین برابر کرد و عکس‌العمل علما را به بار آورد. حضرت امام خمینی(ره) طی پیامی یادآور شدند: دولت یاغی نظامی، به امر شاه، تر و خشک را به آتش کشیده و یکی از بزرگ‌ترین ضربههای این جنایتکار به اسلام، به مسلسل بستن بارگاه قدسی علی بن موسی‌الرضا(ع) است. پس از آن، امام، روز 5 آذر را عزای عمومی اعلام کردند. متعاقب پیام امام، سایر آیات عظام و مراجع تقلید نیز پیامهایی در محکوم کردن عملیات نظامیان در مشهد فرستادند و روز
عزای ملی را تایید و بر آن تأکید کردند.