عیسی سحرخیز از عناصر باسابقه جریان دوم خرداد در گفت‌وگویی اعتراف کرد بسیاری از اصلاح‌طلبان برخلاف اول انقلاب دیگر علاقه‌ای به امام خمینی ندارند. وی در گفت‌وگو با یک سایت ضدانقلاب ضمن بیان این مطلب با یادآوری نحوه آشنایی‌اش با محمد خاتمی و همکاری‌هایش با وی، گریزی هم به ماجرای «خروج از حاکمیت» که توسط تعدادی از اصلاح‌طلبان در دوران دولت دوم ‌خرداد مطرح شد، زده و یادآور شده است: بحث‌هایی مانند خروج از حاکمیت مباحث داخلی اصلاح‌طلبان بود. از لحاظ تئوریک هم روی آنها کار می‌شد. دیدگاه‌ها هم بسیار متفاوت بود. اصلا تعبیر «جبهه» اصلاحات به همین دلیل بود. به گزارش تسنیم، این بازداشتی فتنه ۸۸ در بخش دیگری از این مصاحبه با تصریح بر «نگاه منتقدانه» خود به امام خمینی می‌گوید: من نگاه منتقدانه‌ای به ایشان دارم و فکر می‌کنم خیلی از کار‌ها خطا بود. مدیرکل مطبوعات داخلی وزارت ارشاد دولت خاتمی همچنین «تغییر قانون اساسی»، «تغییر ساختاری قوه قضائیه» و «حذف نهاد ولایت فقیه» را جزئی از اصلاحات می‌داند و اضافه می‌کند: ما در اول انقلاب اشتباه کردیم که با خوش‌بینی بسیار و اولیه به آیت‌الله خمینی، به ولایت فقیه هم باور داشتیم. گفتنی است اذعان سحرخیز به عدم اعتقاد اصلاح‌طلبان به اندیشه‌های امام خمینی (ره) درحالی است که پیش از این نیز این جریان سیاسی بارها در رفتارهای سیاسی خود این موضوع را نشان داده است. از حمله و توهین به افکار و آرای بنیانگذار انقلاب در دوره اصلاحات که یک نمونه آن اظهارات اکبر گنجی مبنی بر به موزه سپردن افکار امام خمینی بود؛ گرفته تا فتنه 88 که عملا تلاش برای براندازی میراث امام خمینی بود، نشان داده است این جریان سیاسی در عمل نه تنها اعتقادی به اندیشه‌های امام ندارند بلکه در مقابل آن نیز فتنه می‌کنند. به گزارش «وطن امروز»، با این حال اما متاسفانه همین عناصر فتنه‌گر در سال 88 از غفلت برخی متولیان استفاده کرده و زیر لوای «خط امام» تحرکات فتنه‌گرانه خود را پوشش می‌دادند. یکی از رئوس فتنه یعنی میرحسین موسوی را تحت عنوان «نخست‌وزیر امام» تبلیغ می‌کردند اما در عمل آنچه اتفاق افتاد وحدت و اجماع همین نخست‌وزیر  جریان مدعی خط امام با همه عناصر ضدانقلاب و اپوزیسیون جمهوری اسلامی زیر پرچم فتنه 88 بود. سکوت و بعضا برخی همراهی‌های متولیان باعث شد دلسوزان و علاقه‌مندان به امام خمینی‌(ره) به این صحنه‌آرایی‌ها واکنش نشان دهند به‌گونه‌ای که رهبر حکیم انقلاب، حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای در مراسم سالگرد ارتحال امام خمینی‌(ره) به بیان و تشریح مختصات فکری و عملی امام خمینی پرداختند و خط روشنی از خط امام را تبیین کردند.