شاید بزرگ‌ترین پس‌لرزه باخت شوکه‌کننده بایرن‌مونیخ به پورتو استعفای دکتر تیم باواریایی، هانس ویلهلم مولر ولفارت باشد که تقریبا 40 سال در تیم مونیخی فعالیت کرده بود.
مولر ولفارت مدعی است تیم پزشکی قهرمان آلمان به خاطر این باخت 3 بر یک که تیم را برای بازی برگشت و صعود به نیمه‌نهایی لیگ قهرمانان روی لبه تیغ قرار داد، مقصر شناخته شده است. این دکتر 72 ساله که در حرفه خودش از بهترین‌ها و شاید بهترین در جهان باشد، گفت «رشته اعتماد گسسته شده و از بین رفته» و این اتهام به او و همکارانش «غیرقابل توضیح» است. پسرش، کیلیان به همراه پیتر اوبلاکر و لوتز هانسل نیز که در این تیم فعالیت دارند، به طور همزمان استعفا کرده‌اند.
پپ گوآردیولا برای بازی در استادیوم دراگائو تنها 14 بازیکن آماده در خدمت داشت. مربی بایرن در کنفرانس خبری بعد از بازی تلویحا گفت این شکست به‌خاطر نداشتن بازیکنان آماده در دسترس بود:«ما بازیکنانی داریم که مدت زیادی است به خاطر مصدومیت بازی نمی‌کنند. پاهای آنها به اندازه کافی قوت ندارد. ما برای جبران این نتیجه در بازی برگشت کار سختی داریم اما تلاش خود را می‌کنیم».
گزارش شده پیش از این هم گوآردیولا با مولر ولفارت اختلاف نظرهایی داشته از جمله درباره آمادگی تیاگو آلکانتارا قبل از جام جهانی تابستان گذشته. مهدی بن‌عطیه، فرانک ریبری، آرین روبن، خاوی مارتینس و داوید آلابا از جمله بازیکنانی بودند که نتوانستند بایرن را در این دیدار همراهی کنند. هولگر بداشتوبر و باستین شوآین‌اشتایگر هم آمادگی کامل نداشتند. فیلم‌هایی که در اینترنت منتشر شده نشان می‌دهد گوآردیولا در بازی با لورکوزن که بن‌عطیه، مدافع میانی تیمش به دلیل مصدومیت مجبور به ترک زمین شد،با تمسخر برای نیمکت بایرن دست زده است.
مارکوس هورویک، مدیر رسانه‌ای بایرن درباره این اتفاق گفت: «اما انتظار چنین تصمیمی را نداشتیم و از چند و چون آن بی‌خبریم بنابراین در این باره اظهارنظر نمی‌کنیم». مولر ولفارت با تیم‌ملی آلمان هم کار کرده همچنین با ورزشکاران بزرگی مانند یوسین بولت و بوریس بکر و جدایی‌اش از بایرن ربطی به همکاری‌اش با تیم‌ملی آلمان ندارد و او همچنان در خدمت یوآخیم لوو خواهد بود. بولت بعد از آنکه در المپیک لندن مورد درمان قرار گرفت، گفت: «او بهترین دکتر جهان و آدم فوق‌العاده‌ای است. متشکرم دکتر.»او در فصل 2009-2008 که یورگن کلینزمن مربی بایرن بود به دلیل اختلاف نظر با او از سمتش کناره‌گیری کرد اما با جدایی کلینزمن به کارش بازگشت.