انتخاب و انتصاب رؤسای دانشگاه‌ها در قالب کمیته‌ای 5نفره در شورایعالی انقلاب فرهنگی، روشی است که برای اولین‌بار در کشور به اجرا درآمده است و تعیین رؤسای 21دانشگاه کشور توسط این کمیته نقاط مبهم و تاریکی به همراه دارد که حتی اظهار نظر درباره این شیوه انتخاب را تا مرز غیرقانونی بودن به پیش برده است. ابوالقاسم خسروی، عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس با نگارش یادداشتی که در اختیار «وطن‌امروز» قرارداده است شبهه تازه‌ای را درباره غیرقانونی بودن این ماجرا تبیین کرده است. براساس ضوابط موجود پروسه تعیین رؤسای دانشگاه‌ها از وزیر علوم آغاز شده و در شورایعالی انقلاب فرهنگی ختم می‌شود. بدین معنی که ابتدا وزیر علوم فرد پیشنهادی را برای جلب اعتماد و رای‌گیری به شورایعالی انقلاب فرهنگی معرفی می‌کند و در نهایت آرای همه اعضای شورا، رئیس دانشگاه مورد نظر را تعیین می‌کند اما به تازگی شورایعالی انقلاب فرهنگی در اقدامی بی‌سابقه کمیته فرعی را در شورا تشکیل داده و وظیفه انتخاب رؤسای دانشگاه‌ها را به 5 نفر محول کرده است.  در حالی که بر پایه ضوابط موجود باید نظر نهایی درباره کاندیدای مورد نظر را شورایعالی انقلاب فرهنگی ابلاغ و اعلام کند.  ماهیت شورایعالی انقلاب فرهنگی بر پایه شور و مشورت شکل گرفته و نظر همه افراد عضو باید درباره تایید یا رد افراد پیشنهادی وزیر علوم در انتصابات دخیل باشد.  به نظر می‌رسد روند تازه شکل گرفته در شورا از نظر قانونی جای بحث و تامل دارد، چرا که باید احکام رؤسای جدید از طرف شورایعالی انقلاب فرهنگی ابلاغ شود و همه اعضا هم تایید کنند.  کمیته 5نفره نباید به طور مستقیم درباره انتخاب رؤسای دانشگاه‌ها تصمیم‌گیری کند بلکه باید به منظور چابک‌سازی و روان‌سازی فرآیند انتخاب، کاندیدای مورد نظر را ارزیابی کرده و در نهایت شورایعالی انقلاب فرهنگی باید احکام رؤسای دانشگاه‌ها را صادر کند. موضوع دیگری که وجهه قانونی بودن انتخابات تازه درباره رؤسای دانشگاه‌های مهم کشور را زیر سوال برده است غیبت یکی از اعضای کمیته 5نفره است.  تمدید نشدن حکم عضو ناظر در این جلسه باعث شد کمیته 5نفره با تمام اعضا تشکیل نشود و 4عضو برای انتخاب رؤسای دانشگاه‌ها تصمیم‌گیری کنند که این موضوع خود جای تامل دارد و قانونی بودن انتصاب رؤسای جدید دانشگاه‌ها را خدشه‌دار کرده است.  اما براساس آنچه درباره اجماع اعضای شورایعالی انقلاب فرهنگی برای رای‌گیری و اعلام نظر همه اعضای شورایعالی انقلاب فرهنگی مطرح شد اگر موارد انتخابی کمیته 4نفره هم به صحن شورا منتقل شود و تمام اعضای شورایعالی انقلاب فرهنگی درباره آنها به اجماع برسند این تصمیم وجاهت قانونی پیدا خواهد کرد و این شائبه که در انتخاب رؤسای دانشگاه‌ها بر خلاف قانون عمل شده است خاتمه پیدا خواهد کرد. البته اعضای کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس نیز در این باره خواستار شفاف‌سازی بیشتر از سوی اعضای شورایعالی انقلاب فرهنگی هستند و پیگیری این موضوع را در جلساتی آتی کمیسیون در دستور کار دارند.