حضرت آیت الله العظمی خامنه ای رهبر حکیم  انقلاب اسلامی، در پی رحلت عالم متقی آیت‌الله آقای ابوالقاسم خزعلی پیام تسلیتی صادر کردند.
متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
بسمه تعالی
درگذشت عالمِ عامل و پرهیزکار مرحوم آیت‌الله آقای حاج شیخ ابوالقاسم خزعلی رحمت‌الله علیه را به خاندان محترم و همه بازماندگان و نیز به دوستان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض می‌کنم. عمر با برکت این روحانی بافضیلت، سرشار از نقطه‌های درخشان است، سالیان دراز بهره‌گیری از درس امام خمینی و دیگر فقهای بزرگ در قم و مشهد، همراهی با امام بزرگوار از آغازین روزهای نهضت انقلابی و دفاع شجاعانه از آن بزرگمرد و در دوران دشوار اختناق طاغوتی با بینایی رسا و صریح، حضور در مسؤولیت‌های سنگین پس از پیروزی و عضویت در شورای نگهبان و مجلس خبرگان، صبر جمیل بر شهادت فرزندش در قم و در هنگامه حرکات انقلابی ملت ایران و آنگاه حفظ قرآن و انس با آن و با دریای بی پایان حدیث و نیز فعالیت بلند مدت در تبلیغ و بیان معارف اسلامی، و آنگاه ثبات قدم در خط اصیل و صراط مستقیم انقلاب در همه حال و تا پایان زندگی ...
اینها سرفصل‌های مهم زندگی این عالم متقی و پرکار است که در دیوان الهی مضبوط و مأجور است؛ ان شاءالله.
رحمت و مغفرت الهی برای آن بزرگوار مسألت می‌کنم.
سید علی خامنه ای
25 شهریور 1394