کتاب «نظریه فتنه» نوشته حجت‌الاسلام روح‌الله حسینیان در سال 1389که توسط انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شد  و درباره وقایع انتخابات ریاست‌جمهوری دهم و فتنه ۸۸ است، در این ایام که مصادف با یوم‌الله 9دی است جای بازخوانی دارد. این کتاب در 2 بخش تألیف شده است و حجت‌الاسلام والمسلمین روح‌الله حسینیان در بخش اول به محورهای «فتنه‌های دوران امامت امام علی(ع)» و «بررسی همانندی‌ها در سه فتنه» می‌پردازد. مؤلف در بخش دوم کتاب محورهای «دشمنی آمریکا با ایران انقلابی»، «نقش رسانه‌های بیگانه در فتنه 88»، «منافقان نوظهور و نقش آنها در فتنه سبز» و «نقش هواپرستان قدرت‌طلب» را مورد بررسی قرار می‌دهد. در پیشگفتار کتاب «نظریه فتنه» آمده است: «در تاریخ اسلام بعد از انقلاب الهی پیامبر محمد(ص) حوادثی رخ داد که نام آنها را فتنه گذاشته‌اند: فتنه‌ ناکثین، فتنه‌ قاسطین و فتنه‌ مارقین. بعد از انقلاب اسلامی امام خمینی نیز شورش‌هایی رخ داد که به فتنه مشهور شد: فتنه‌ منافقین و بنی‌صدر، فتنه‌ 18 تیر 1378 و آخرین آنها فتنه‌ 1388 در دهمین انتخابات ریاست‌جمهوری. فتنه چیست؟ چرا بعضی حوادث را در اسلام فتنه خوانده‌اند؟ آیا می‌توان در این فتنه‌ها وجه مشترکی یافت؟ آیا می‌توان در این فتنه‌ها به الگویی مشترک رسید؟ آیا می‌توانیم براساس اندیشه‌های دینی فرضیه‌ای را ترسیم کنیم و با تطبیق آن بر فتنه‌ها آن را به یک نظریه تبدیل کنیم؟ به نظر می‌رسد با مطالعه‌ متون دینی به یک چارچوب نظری برسیم که بر همه‌ فتنه‌ها قابل انطباق باشد. فرضیه‌ ما در این تحقیق این است: منافقان داخلی و دنیاطلبانی که احساس می‌کنند منافع مادی آنها تأمین نشده با تحریک مخالفان ایدئولوژیک خارجی دست به توطئه می‌زنند و با ایجاد شبهه و تردید، با تمسک به دین و تأویل قرآن و تفسیر به رأی، قسمتی از مردم را به طغیان علیه رهبری انقلاب برمی‌انگیزند. آنها با انتخاب یک شعار به ظاهر حق و واقعاً باطل قسمتی از مردم را تحت تأثیر قرار می‌دهند و حکومت اسلامی را دچار بحران می‌کنند. در این نوشته ما چندین فتنه را مورد مطالعه قرار می‌دهیم تا ببینیم آیا این فرضیه قابل اثبات است یا نه؟ قبل از آن لازم است از 2 مفهوم کلیدی «فتنه» و «نفاق» تعریفی ارائه دهیم».