قره‌باغی به‌خاطر اعلام بی‌طرفی ارتش در بحبوحه پیروزی انقلاب اسلامی، به یک چهره سوال‌برانگیز تاریخی مبدل شد و با خائن قلمدادشدن او از سوی سلطنت‌‌طلبان، بر این ابهام افزوده شد اما باید نگاهی دقیق‌تر به جزئیات تاریخ انقلاب اسلامی انداخت تاحقیقت روشن شود. به‌نظر می‌آید حضور ژنرال هایزر (معاون فرمانده نیروهای آمریکایی مستقر در اروپا) در کنار قره‌باغی و نقش او در ارتقای او تا عضویت در شورای سلطنت، می‌تواند مورد تامل قرار گیرد. هرچند هایزر نیز بعد از پیروزی انقلاب او را خیانتکار دانست اما مقاومت قره‌باغی تا روز قبل از بیست‌ودوم بهمن سال 1357 برای حفظ سلطنت، سرکوب مخالفان از سوی او، اختفای بیش از یک‌سال در تهران، فرار و پیوستن به عناصر گریخته از ایران و سرانجام ملاقات با رضا پهلوی و سایر مخالفان انقلاب، احتمالات و چراهای دیگری را درباره او مطرح می‌کند. حتی طول‌کشیدن اختفای او در ایران برای 14 ‌ماه بی‌معنی نیست، چراکه او نیز می‌توانست زودتر از این موعد کشور را ترک کند. شاید حضور او در ایران برای طرح‌های براندازانه آمریکا در ایران ضروری بود.  قره‌‌باغی پس از ورود امام‌خمینی(ره)، بارها حمایت خود از دولت بختیار را اعلام کرد و طی بیانیه‌های مختلف خطاب به فرماندهان، دستورات لازم برای سرکوب انقلابیون را صادر می‌کرد. وی حتی در بیست‌ویکم بهمن 1357 در آخرین اطلاعیه‌اش در سمت ریاست ستاد ارتش، عنوان داشت: «تاسیسات دولتی، کلانتری‌ها، پاسگاه‌ها و تاسیسات نظامی باید به‌طورقاطع در مقابل تک‌ خرابکاران، پدافند و حفاظت ‌شده و متجاوزان شدیدا سرکوب گردند. ضمنا مقررات فرمانداری نظامی را به‌طور کامل در منطقه استحفاظی آن فرمانداری به موقع اجرا گذارند». اما پس از اعلام همبستگی‌ همافران نیروی هوایی با امام‌خمینی و تسلیم اغلب شهرها و عدم کارآیی حکومت نظامی، سران ارتش از ادامه مقاومت مایوس شدند. ازاین‌رو شورایعالی نیروهای مسلح در صبح روز بیست‌ودوم بهمن 1357 در اتاق شورای ستاد بزرگ ارتشتاران تشکیل شد. در این جلسه پس از ارائه گزارش فرماندهان از وضعیت نیروهای خود و اظهارنظر چند تن دیگر، درنهایت مساله بی‌طرفی ارتش به اتفاق آرا تصویب شد. از این‌رو در بیانیه‌ای که برای ‌نخستین‌بار کلمه شاهنشاهی از ارتش حذف شده بود، خاطرنشان شد ارتش از خواست ملت ایران با تمام قدرت پشتیبانی می‌کند. متن اعلامیه ساعت 2 بعدازظهر از رادیو ایران پخش شد و طی آن از همه یگان‌های نظامی خواسته شده بود به پادگان‌های خود بازگردند.
قره‌باغی در خاطرات خود اعلام بی‌طرفی ارتش را یک نتیجه‌گیری منطقی و مناسب‌ترین راه‌حل برای اجرای دستورات شاه و حفظ تمامیت وحدت ارتش و جلوگیری از جنگ‌های داخلی می‌داند. لیکن وی از سوی بختیار و شاه متهم به خیانت در فروپاشی ارتش شد. هایزر نیز او را متهم به خیانت علیه همکارانش می‌کند و می‌نویسد وی به دادگاه‌هایی که همکارانش را محاکمه و محکوم می‌کردند، کمک می‌کرده است.  قره‌باغی در روز بیست‌وسوم بهمن 1357 هنگام اطلاع از تحت ‌تعقیب ‌قرارگرفتن وی از سوی کمیته انقلاب اسلامی، در منزل یکی از دوستان خود به‌نام مستعار اردشیر مخفی شد. وی در مدت 14 ماه اختفا در تهران، به ‌طور مرتب محل اقامت خود را عوض می‌کرد. در این ‌مدت جز همسر وی در پاریس، افراد بسیار معدودی از محل اسکان او اطلاع داشتند.  سرانجام قره‌باغی با همکاری چند تن از دوستانش توانست شناسنامه‌ای به‌نام «احمد کوپاهی، صادره در سال 1320 و متولد تبریز» جعل کرده روادید سفر به خارج از کشور دریافت کند و سپس با تغییر قیافه از طریق فرودگاه مهرآباد عازم پاریس شد.  قره‌باغی پس از خروج از ایران، بعد از مدتی سکوت در دوازدهم خرداد 1359 طی بیانیه‌ای اعلام کرد در سقوط شاه و تغییر رژیم هیچ‌گونه نقشی نداشته است. با وجود اینکه اغلب مهره‌های رژیم پهلوی پس از خروج از ایران اقدام به فعالیت سیاسی علیه جمهوری اسلامی می‌کردند، قره‌باغی تا مدت‌ها ساکت بود و خود را از جریانات سیاسی دور نگه می‌داشت تا اینکه در دوازدهم مهر 1361 طی ملاقاتی با رضا پهلوی در مراکش اعلام کرد حاضر است با هر گروه سیاسی، با هر ایدئولوژی که داشته باشند، ملاقات و گفت‌وگو کند تا بر سر تعیین یک پلتفرم تازه سیاسی به توافق برسند. او در سال 1363 با نگارش مجموعه خاطرات خود در دوران انقلاب (مرداد ــ بهمن 57) به دفاع از عملکرد خویش در این دوران پرداخت. کتاب مزبور تحت عنوان «اعترافات ژنرال» در ایران منتشر شد. از آن ‌گذشته چند هفته قبل از فوت خود هنگامی‌که در بیمارستانی در پاریس به‌ علت ابتلا به بیماری سرطان بستری بود، طی نوشته‌هایی که برای بخش خاطرات و تاریخ یکی از روزنامه‌های فارسی‌زبان چاپ لندن فرستاد، ماجرای اختفای 14 ماهه خود در تهران و چگونگی فرارش را از کشور برای نخستین‌بار بازگو کرد. کتاب مزبور در سال 1380 به‌نام ماجرای فرار قره‌باغی در ایران منتشر شد. قره‌باغی سرانجام در مهرماه 1379 در بیمارستانی در پاریس درگذشت.
منبع: پایگاه جامع تاریخ معاصر ایران