خاندان و نیاکان آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای از دو سو، هم پدر و هم مادر، خاندانی مبارز و موثر در تحولات سیاسی - اجتماعی بوده‌اند.  خاندان پدری آیت‌الله خامنه‌ای در آذربایجان در عرصه سیاسی - اجتماعی حضور موثر داشته‌اند؛ از آن جمله بزرگانی چون آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای (پدر مقام معظم رهبری). جالب آنکه عقدنامه شهید شیخ محمد خیابانی در کتابخانه شخصی آیت‌الله خامنه‌ای موجود است. ضمن آنکه دست‌نوشته‌های آقاسیدمحمد پیغمبر، از فعالان دوره مشروطیت در آذربایجان نزد ایشان است.  آیت‌الله خامنه‌ای از جانب مادر نیز در خاندانی جلیل‌القدر در عرصه علم و فقاهت و مجاهده قرار دارند. مادر معظم‌له فرزند آیت‌الله سیدهاشم میردامادی معروف به نجف‌آبادی یا نجفی است. سلسله اجداد مادری آیت‌الله خامنه‌ای با سی و چند واسطه به امام جعفرصادق(ع) می‌رسد. خاندان جلیل‌القدر نیاکان مادری مقام معظم رهبری بزرگانی چون علامه میرمحمد اشرف، صاحب کتاب «فضایل‌السادات» و میرمحمدباقر داماد سرسلسله خاندان بزرگ میرداماد، دانشمند و فیلسوف معروف عصر صفویند.  آیت‌الله سیدهاشم نجف‌آبادی در سال 1303 هجری قمری در نجف‌اشرف به دنیا آمد و پس از طی مقدمات و تحصیل نزد بزرگان فقه شیعه به مشهد مقدس منتقل و ساکن شدند. همسر دوم آیت‌الله سیدهاشم نیز از خاندان معروف سادات «مقبره» از سادات جلیل‌القدر خوی در آذربایجان بود. آیت‌الله سیدهاشم نجف‌آبادی اهل ذوق و عرفان بود. ایشان محضر عرفایی چون سیداحمد کربلایی و سیدمرتضی کشمیری را درک کرده بود.  به تصریح مقام معظم رهبری بین پدر (آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای) و آیت‌الله سیدهاشم نجف‌آبادی (پدربزرگ) ‌این زهد و عرفان وجهی مشترک بود.  پس از عزیمت آیت‌الله‌العظمی حسین قمی از مشهد به تهران برای مذاکره رو‌ در رو با رضاشاه جهت جلوگیری از کشف حجاب در مشهد و حبس توسط نظمیه،‌ مردم مشهد به اعتراض در مسجد گوهرشاد جمع شدند. پس از سخنرانی‌های شدیداللحن بهلول در حضور مردم در مسجد گوهرشاد، ماموران رضاخان مردم را در حرم رضوی‌(ع) به گلوله بستند. در پی حمله اولیه ماموران و کشتار عده‌ای از مردم، علما و مراجع مشهد طی تلگرافی اعتراض‌آمیز ضمن محکوم کردن کشتار مردم، شرح ماوقع را به شاه گزارش کردند. در این تلگراف قید شده بود که «در اثر کثرت مقتولان در صحن مقدس و ورود گلوله‌ها بر ایوان مقصوره و بقعه منوره، ازدحام ملت زیاد است و ما فعلا در مسجد گوهرشاد هستیم.» اداره تلگراف به دستور والی خراسان از ارسال تلگراف به تهران جلوگیری و تلگراف به جای دربار به نظمیه کل ارسال شد. رضاشاه پس از اطلاع از اقدام علما دستور دستگیری آنها را صادر کرد و پس از قتل عام خونین مردم در مسجد گوهرشاد، نظمیه مشهد به سرعت علمای فوق‌الذکر را دستگیر کرد. بر اساس اسناد، علمای فوق‌الذکر از جمله آیت‌الله سیدیونس اردبیلی و آیت‌الله سیدهاشم نجف‌آبادی دستگیر و به تهران اعزام می‌شوند و مدتی را در زندان به سر می‌برند.   در اواخر شهریور سال 1314 در سندی قید شد که این علما - که تلگراف اعتراض‌آمیز را امضا کرده بودند- با اخذ التزام مراجعت به محل‌های اولیه خود مرخص و شهربانی موظف به مراقبت از اعمال آنهاست. سند دیگری حکایت از دستور تبعید علمای دستگیر شده به اوطان خود و نقاط دیگر می‌دهد. در سندی دیگر اداره آگاهی تهران به دستور رضاشاه ـ حسب‌الامر ـ موظف می‌شود طی 48 ساعت تحت‌الحفظ آیت‌الله سیدیونس اردبیلی را به اردبیل و آیت‌الله سیدهاشم نجف‌آبادی را به جای قزوین به سمنان روانه کند. «به تاریخ 14/9/14 [13]، وزارت داخله، نمره 1009، اداره کل شهربانی، اداره آگاهی: عطف به یادداشت مورخه 9/9/14[13] که ابلاغ فرموده بودند سیدیونس اردبیلی و هاشم در عرض 48 ساعت به اردبیل و سمنان اعزام شوند طبق راپورت شعبه منافیات، سیدیونس با جواز نمره (17871) 11/9/14 به اردبیل و هاشم نجفی با جواز نمره (17860) 11/9/14 به سمنان عزیمت کردند.  کفیل اداره آگاهی، سمیعی[امضا]» پس از سپری شدن مدت محکومیت، تا مدت‌ها آیت‌الله سید هاشم نجف‌آبادی از بازگشت به مشهد ممنوع بود. در صورت اسامی علمای دستگیر شده، در مقابل نام وی نوشته شده است: «اجازه داده شده است جز مشهد هر کجا که مایل است بماند».  آیت‌الله سیدیونس اردبیلی پس از شهریور 1320 اجازه خروج از اردبیل را یافت و پس از سقوط دیکتاتوری رضاخان به مشهد بازگشت. رضاشاه و عمال او در جریان کشف حجاب که رویارویی با هویت ملی و مذهبی مردم ایران بود علاوه بر قتل عام مردم در مسجد گوهرشاد که تعداد دقیق آن هیچ‌گاه روشن نشد علما و روحانیون مبارز مشهد را دستگیر، زندانی و تبعید کردند تا جایی که شهادت آیت‌الله آقازاده به عنوان جنایتی دیگر در پرونده رضاشاه ثبت شد.
منبع: مرکز اسناد انقلاب اسلامی