با ورود انواع فاضلاب‌های خانگی، کشاورزی، صنعتی و. . . گونه‌های جانوری و گیاهی تالاب انزلی با خطر جدی‌تری مواجه می‌شوند. گیلان دهمین استان پرجمعیت و بیست‌وهشتمین استان وسیع ایران است که از نظر تراکم جمعیت با ۱۷۷ نفر در هر کیلومترمربع، جایگاه سوم را در ایران دارد.  طبیعت گیلان، پوشیده از جنگل و دارای آب و هوای معتدل و مرطوب است، این استان شامل مناطق سرسبز شمال غربی رشته‌کوه البرز و بخش غربی کرانه‌های جنوبی دریای خزر است. این همه نعمات خدادادی موجب شده گیلان در همه ایام سال پذیرای گردشگران زیادی از سراسر کشور باشد. حضور این گردشگران برای اقتصاد گیلان می‌تواند بسیار خوب باشد اما معضلی که ورود مسافران برای استان به همراه دارد‌، افزایش تولید زباله است. استانی که خود توانایی دفن پسماند بهداشتی زباله‌هایش را ندارد، مجبور است زباله‌های مسافران را نیز تحمل کند.  محمدپور، مدیرکل حفاظت محیط زیست گیلان در گفت‌وگو با ایسنا با اشاره به اینکه به طور متوسط روزانه بیش از 2هزار تن پسماند در گیلان تولید می‌شود، گفت: با ورود مسافران میزان این زباله افزایش می‌یابد.  وی اضافه کرد: با افزایش میزان زباله‌های رشت میزان شیرابه‌های محل دفن پسماند سراوان نیز افزایش می‌یابد و این همه آلودگی وارد رودخانه‌های گوهر رود و زرجوب می‌شود که در نهایت به تالاب انزلی می‌ریزد و گونه‌های مهم جانوری و گیاهی این اکوسیستم ارزشمند را به خطر می‌اندازد. تالابی که محل تخم‌ریزی آبزیان و پناهگاه و مأمن پرندگان بومی و مهاجر است.  مشکل مهم تالاب انزلی آلودگی روزافزون آب آن است، چرا که تقریباً فاضلاب تمام خانه‌های مسکونی و اغلب کارخانه‌ها و کارگاه‌های صنعتی واقع در اطراف تالاب به درون آن ‌یا داخل رودخانه‌هایی که به تالاب می‌ریزند، سرازیر می‌شود. طبق نظر موسسه ‌استاندارد در صورتی‌که مقدار آمونیاک از ۵ درصد بیشتر و زباله‌ها و زواید این ناحیه به داخل مرداب ریخته شود، تردیدی نیست که با آلوده شدن بیش از پیش آب‌های مرداب که محیط آن در گذشته به منزله بزرگ‌ترین زایشگاه و پرورش انواع ماهی فلس‌دار از جمله ماهی سفید به شمار می‌رفت، باقیمانده منابع آبزی مرداب هم در معرض خطر نابودی قطعی قرار خواهد گرفت. از دیگر دلایلی که موجب تهدید تالاب انزلی شده، افزایش سطح رسوب‌هاست که باعث کاهش عمق این تالاب شده است.  همچنین علی‌نژاد، معاون امور طبیعی اداره حفاظت محیط زیست گیلان در گفت‌وگو با ایسنا با اشاره به اینکه آلودگی زیست محیطی در تالاب انزلی در زندگی آبریان بسیار تاثیرگذار است، گفت: علت هرگونه مرگ مشکوک گونه‌های جانوری به جد مورد بررسی قرار می‌گیرد و در این باره بررسی‌ها در حال انجام است.  نجفی، استاندار گیلان نیز نقش رسانه‌ها در شناساندن تالاب انزلی به عنوان نمادی از استان گیلان را بسیار موثر ارزیابی کرد و گفت: این انتظار از مجاوران، صیادان و مسافرانی که به تالاب انزلی می‌روند، وجود دارد که از باقی گذاشتن هرگونه زباله و پسماند در آن منطقه خودداری کنند.
مشکل ماهیان تالاب انزلی کمتر از دریاچه ارومیه نیست
وی با بیان اینکه تالاب انزلی باید به عنوان اولویت اول احیای تالاب‌ها در کشور باشد، افزود: عمق مشکلات موجود تالاب انزلی در حال حاضر با کارهای کارشناسی درک شده و نیازمند این است که همان عزم ملی که نسبت به احیای دریاچه ارومیه وجود دارد، برای تالاب انزلی نیز لحاظ شود.  نجفی به تخصیص 7/14 میلیارد تومان از اعتبارات استانی برای احیای تالاب انزلی اشاره کرد و افزود: این در حالی است که 8/1 میلیارد تومان اعتبار ملی به آن اختصاص پیدا کرد که نیازمند اهتمام ویژه در بخش اعتباری است. وی با اشاره به اذعان مسؤولان محیط زیست درباره تأثیر آلودگی کارخانجات در تخریب تالاب گفت: در سال 92 گیلان را با رتبه دوم بیکاری در کشور تحویل گرفتیم اما باتوجه به تأکید رئیس‌جمهور، محیط زیست را هیچ وقت فدای صنعت نخواهیم کرد.