پس از برچیدن بخش‌های بزرگی از سازمان فضایی کشور توسط دولت یازدهم، به‌تازگی و در آستانه بیستم فروردین‌ماه، روز فناوری هسته‌ای، انتشار نامه‌ای درباره تعدیل فله‌ای متخصصان هسته‌ای، نگرانی‌هایی را در فضای سیاسی کشور نسبت به آینده برنامه هسته‌ای کشورمان به دنبال داشته است.  به گزارش رجانیوز، براساس نامه‌ای که متخصصان هسته‌ای کشورمان منتشر کرده‌اند، سازمان انرژی اتمی به صدها تن از متخصصان هسته‌ای (بخش‌های گداخت، لیزر و...) نامه اخطار جهت تسویه حساب و اخراج به علت تعطیلی مراکز هسته‌ای پس از اجرای برجام داده است.  روند مذکور در حالی صورت می‌گیرد که ریاست سازمان انرژی اتمی به منظور جلوگیری از تبعات رسانه‌ای این موضوع و پخش رفتار ضدعلمی دولت یازدهم با نخبگان و دانشمندان هسته‌ای کشورمان، از عبارت «اخراج» در نامه اخطار ارسال شده استفاده نکرده است. در بخشی از این نامه با اشاره به اعلام عدم بودجه پژوهشگاه علوم و فنون هسته‌ای در سال 92 و کنار گذاشتن پروژه‌های جدی و کلان، آمده است: اردیبهشت 94 رئیس پژوهشگاه طی یک اطلاع‌رسانی عمومی داخل پژوهشگاه اعلام کرد به دلیل کسری بودجه پژوهشگاه تا اطلاع ثانوی حقوق و مزایای کارکنان قرارداد موقت داده نخواهد شد. بر پایه این نامه، حدود یکصد تن از کارشناسان ارشد پژوهشگاه در شهریور 94 از ادامه همکاری با مجموعه بازماندند. اما مقاومت دکتر قنادی ریاست وقت پژوهشگاه در برابر اخراج کارشناسان، باعث می‌شود با فشار سازمان انرژی اتمی وی استعفا کند. فاز دوم تعدیل نیرو پس از کنار گذاشتن ریاست پژوهشگاه رقم خورد و در اولین گام، 80 نیروی پروژه‌ای پژوهشگاه در آبان‌ماه 94 بدون پرداخت حقوق و مزایای 3 ماه آخر کار، اخراج شدند. در تاریخ 18 بهمن‌ماه 94 تحت حکمی اتمام همکاری  نیروهای متخصص قرارداد موقت پژوهشگاه تا پایان سال 94 به تعدادی از این افراد ابلاغ شد. بنا به این حکم، افراد ظرف مدت یک هفته تا 20 روز می‌توانستند در سایر بخش‌های سازمان کاریابی انجام دهند و سپس از اول اسفند باید اقدام به تسویه حساب با سازمان بدون پرداخت هیچ‌گونه حقوق و مزایا و سنواتی می‌کردند. در فاز سوم تعدیل نیرو 200 نفر از افراد متخصص و علمی پژوهشگاه نامه پایان همکاری را دریافت کرده‌اند. به گفته برخی از مدیران، این تعداد تا حدود 600  یا 1000 نفر خواهد رسید.  براساس نوشته متخصصان صنعت هسته‌ای، به دلیل اینکه مساله اخراج نیروها به عنوان نکات منفی پسابرجام مطرح و رسانه‌ای نشود، سازمان تصمیم دارد این فرآیند را در چند مرحله انجام دهد، همانطور که تاکنون برخورد کرده است.  در پایان این نامه با طرح این سوال که آیا کسی نیست بپرسد چقدر بودجه تاکنون صرف شده و این تعداد افراد متخصص تربیت شده‌اند و مدتی در سازمان تجربه هم کسب کرده‌اند و به‌عنوان سرمایه‌های مجموعه محسوب می‌شوند که باید اخراج شوند؟! آمده است: این اقدامات در حالی صورت گرفته که رهبر معظم انقلاب در سخنرانی‌های خود راجع به برجام همواره تأکید داشتند که در زمینه فناوری هسته‌ای آنچه نباید متوقف شود، تحقیق و پژوهش است و از موارد مشروط برجام بوده است. اما اقدامی که در سازمان انرژی اتمی و تعدادی دیگر از مراکز تحقیقاتی صورت گرفته، دقیقاً تعطیلی و تعدیل نیرو در بخش‌های پژوهشی است.