حاج ملاعلی کنی به مخالفت با شاه قاجار معروف است به گونه‌ای که ناصرالدین شاه از ترس ملا جرأت خارج شدن از شهر نداشت. یکی از اقدامات، مخالفت وی با سپهسالار بود، چون سپهسالار طرفدار ارتباط با غربی‌ها و انگلیسی‌ها بوده و در جریان قرارداد رویتر نقش فراوانی داشته است. می‌گویند از جمله کسانی که در جریان امضای این قرارداد رشوه گرفته بود، سپهسالار بوده است. آیت‌الله مهدوی‌کنی می‌فرماید: پدرم نقل می‌کرد - من اینها را در کتاب‌های تاریخ ندیده‌ام - که سپهسالار وقتی رفت خارج و برگشت قیافه‌اش را عوض کرد و ریشش را تراشید؛ با اینکه رجال ایران محاسن داشتند. این مساله به علاوه‌ ارتباطاتی که با خارجی‌ها داشت و قراردادهایی که با خارجی‌ها بسته بود، باعث شد حاجی دستور دهد در شهر راهش ندهند که در پی آن ایشان برای اینکه خودش را تطهیر کند قول می‌دهد همین مدرسه‌ سپهسالار را بسازد؛ زمین مدرسه‌ سپهسالار و مجلس شورای ملی سابق جزو باغ و خانه‌ خود سپهسالار بوده است. بالاخره این مدرسه و مسجد را می‌سازد که خودش را تطهیر کند.
پدرم از زبان یکی از درباریان قاجار درباره شخصیت مرحوم کنی نقل کرده است که آن درباری در نجف به دیدن شیخ انصاری که مرجع تقلید شیعیان بوده است؛ شرفیاب و میهمان شیخ می‌شود، شیخ غذای ساده‌طلبگی؛ یعنی آبگوشت بی‌رمقی با یک نان خشکی برای او می‌آورد. او که می‌خواسته به حاجی طعنه بزند، می‌گوید: نمی‌دانم زندگی شما درست است یا زندگی حاجی با آن خدم و حشم و با آن وضعی که در تهران دارد. شیخ در جواب می‌گوید: آنچه من اینجا انجام می‌دهم کاملا درست است چون با این طلبه‌ها در ارتباطم. من باید زندگی‌ام همین‌طور باشد و آنچه که حاجی در کنار شما انجام می‌دهد آن هم درست است، او باید آن جور زندگی کند، من هم این‌جور. این نکته باید برای ما درسی باشد که علما در عین حال که با هم اختلاف سلیقه و اختلاف زندگی داشتند ولی حریم یکدیگر را حفظ می‌کردند.
پدرم باز نقل می‌کرد که در زمان حاج ملاعلی، ملای محترمی در تهران به نام حاج ملاصادق چاله میدانی در خیابان مولوی زندگی می‌کرده است که دارای نفوذ روحانی بوده است. در آن محله یکی از درباری‌ها شراب خورده و بدمستی کرده بود. مرحوم حاج ملاصادق دستور می‌دهد حد شرعی را بر او جاری کنند. ناصرالدین شاه با شنیدن این خبر عصبانی شده و دستور می‌دهد حاج ملاصادق را به عراق تبعید کنند. مسافران عراق معمولا از راه حضرت عبدالعظیم‌(ع) به قم و بعد از این راه به عراق می‌رفتند. به حاجی خبر می‌دهند حاج ملاصادق را تبعید کردند و هم‌اکنون در شهرری هستند. با اینکه میان حاجی و ایشان شکراب بود ولی همین که حاج ملاعلی کنی می‌شنود که ایشان را تبعید کرده‌اند، به اطرافیانش می‌گوید: کالسکه را آماده کنید. اگر بناست حاج ملاصادق تبعید بشود باید ما هم تبعید بشویم، باید ما هم برویم. می‌گویند منزل ایشان در بازار تهران بوده، همین که حاج ملاعلی حرکت می‌کند بلافاصله مردم، بازار را می‌بندند و به دنبال حاجی حرکت می‌کنند و می‌روند. خبر حرکت ایشان به سراسر شهر تهران می‌رسد. می‌گویند درباری‌ها و مأموران دولت هم حرکت کردند. پس از آنکه ناصرالدین‌‌شاه از این وضعیت مطلع می‌شود صدراعظم احتمالا اتابک اعظم را احضار می‌کند و به او می‌گوید: دریاب ما را که اگر این جوری بشود مملکت از دست می‌رود. شاه دستور می‌دهد، برو دست حاجی را از طرف من ببوس و ایشان را برگردان. صدراعظم با عجله حرکت می‌کند و در وسط راه، به حاجی کنی می‌رسد و با عذرخواهی تقاضای بازگشت می‌کند. حاجی می‌گوید تا حاج ملاصادق برنگردد من بر نمی‌گردم. اول بروید از ایشان عذرخواهی کنید و او را برگردانید تا من برگردم. از ایشان عذرخواهی می‌کنند و بر می‌گردانند. پدرم همیشه این جهت اتفاق و اتحاد علما را برای ما نقل می‌کرد. پدرم می‌‌گفت: علما با اینکه گاهی با هم اختلافی داشتند ولی در مواقع حساس هیچگاه اصول را فراموش نمی‌کردند و بر سر اصول اختلافات را کنار می‌گذاشتند.
مجموعه خاطرات آیت‌الله مهدوی‌کنی