در مورد اختلاف بین روزنامه وطن امروز و سازمان اوقاف مواردی در رسانه‌ها مطرح شد. روزنامه وطن امروز ذکر نکات زیر را جهت روشن شدن افکار عمومی ضروری می داند.
جوابیه اداره کل اوقاف و امور خیریه استان تهران بخش عمده ای از اکاذیب مطرح شده توسط خبرگزاری دولت و رسانه‌های ضد انقلاب من جمله بی بی سی فارسی مبنی بر استقرار رایگان وطن امروز در ساختمان اوقاف را پاسخ داد، لکن همچنان ایراداتی در جوابیه وجود دارد که به این شرح است.
یک - روزنامه وطن امروز از سال 90 تا کنون مستاجر اوقاف بوده و بر اساس نظر کارشناس دادگستری مبلغ اجاره را تا پایان سال 93 پرداخت و تسویه نموده است. در جوابیه اوقاف به گونه ای بیان شده که گویی در سال‌های 91 و 92 و 93 اجاره پرداخت نشده  و این خلاف واقع است و سند تسویه حساب در پایان سال 93توسط روزنامه منتشر شده است.
دو-  در ابتدای سال 94 مبلغ اجاره در اقدامی غیر منتظره بیش از 60درصد افزایش یافت که مبلغی غیر کارشناسی و محل اشکال بود. روزنامه وطن امروز تلاش زیادی جهت مذاکره و حل موضوع انجام داد و بارها جهت مذاکره و پرداخت بدهی یک ساله بر اساس نظر کارشناس دادگستری که در قرارداد اولیه لحاظ شده بود به این اداره کل مراجعه کرد. لکن مسئولین، حاضر به گفت‌وگو و حل مسئله  با نمایندگان روزنامه نشدند.
سه - نکته کلیدی اما این است که ما کلیت بیانیه اوقاف و اکاذیب خبرگزاری دولت را تلاشی برای تحریف صورت مسئله اصلی می دانیم؛ صورت مسئله اصلی این نیست که اختلافی میان وطن امروز و اوقاف بر سر اجاره بها وجود داشته است، مسئله اصلی اهانت ماموران اوقاف به یک نهاد فرهنگی، قشون کشی و ارعاب و بیرون ریختن وسایل کار روزنامه نگاران
وطن امروز به خیابان و برخوردهای توهین آمیز است که آشکارا در بیانیه اوقاف تلاش شده هیچ اشاره ای به آن نشود. مسئله اجاره شاید حل شود - و حتما قابل حل است- اما این بی‌حرمتی حل نشده و فراموش نخواهد شد.
چهار- با گذاشتن نکات فوق کنار هم مع الاسف این ظن تقویت می شود که تمام اتفاقات عجیب چند روز اخیر، با انگیزه‌های سیاسی صورت گرفته و از قرار، روزنامه وطن امروز مشغول پرداخت هزینه انتقاد از دولت به‌خصوص پرداختن به موضوع فیش‌های نجومی است.
پنج - در پایان پیشنهاد می‌کنیم دولت محترم به جای مانع‌تراشی بر سر راه رسانه‌های منتقد، مساله حقوق‌های نجومی و فساد کلان اقتصادی وابستگان خود از جمله پرونده ۸۰۰ میلیارد تومانی بانک ملت را تا حصول نتیجه و مجازات متخلفان و نزدیکان پیگیری کند و الا منحرف کردن اذهان با طرح اکاذیب، حاصلی جز نابودی اعتماد مردم نخواهد داشت.