شخصی به نام «مدیر نظام» خاطره‌ای را از 3-2 روز قبل از اعدام شیخ فضل‌الله به این شرح تعریف می‌کند: نزدیکی‌های نیمه‌شب بود. «میرزاتقی‌خان نامی» آمد و از طرف امام جمعه و «امیر بهادر» پیغامی برای شیخ آورد که «ما در سفارت روس هستیم و در اینجا اتاقی مناسب طبع شما آماده کرده‌ایم. خواهش می‌کنیم برای حفظ جان شریفتان، قدم رنجه کنید و بیایید اینجا». شیخ ناراحت شد و گفت: «از قول من به امام جمعه بگو: تو حفظ جان خودت را کردی، کافی است؛ لازم نیست حفظ جان مرا بکنید، وای! بر اسلام دیگر چه باقی مانده است که اجانب بگویند علمای اسلام که سنگ دیانت را بر سینه می‌زنند و از خودگذشتگی نشان می‌دهند، پای جان که در میان می‌آید، به کفر پناهنده می‌شوند!» مدیر نظام ادامه می‌دهد که شیخ در جواب فرد دیگری که از طرف دولت عثمانی پیام آورد که «آقا! به سفارت کفر نروید؛ به کشور عثمانی تشریف بیاورید که مسلمان است»،گفت: «من از علی ابن ابیطالب(ع) بدی ندیده‌ام که به.... پناهنده شوم؛ بر فرض مرا نکشند و بمانم در دنیا، 3-2 خروار گندم هم خوردم، آخرش که چه؟ وقتی که انسان قرار است بمیرد، چه بهتر که شرافتمندانه بمیرد». شخص دیگری به نام «میرزاجواد سعد‌الدوله» به شیخ پیشنهاد کرد «بیرق [هلند] را بالای خانه‌تان بزنید؛ دیگر حتی لازم نیست به سفارت هلند تشریف بیاورید. زمانی هم که مشروطه‌خواهان تهران را گرفته بودند، این‌طور نبود که جرأت داشته باشند به سفارت خارجی تعرض کنند و می‌ترسیدند و سفارت خارجی یک حرمتی داشت و توی فرهنگ سیاسی آن زمان، جزو منطقه قرق شده بود». شیخ در پاسخ به این پیشنهاد خندید و به استهزا گفت: «آقای سعد‌الدوله باید بیرق ما را بر روی سفارت اجنبی بزنند. چطور ممکن است که صاحب شریعت که من یکی از مبلغان احکام آن هستم، اجازه فرماید به خارج از شریعت آن پناهنده شوم؟» آنگاه آیه شریفه «... و لن یجعل‌الله للکافرین علی‌المؤمنین سبیلا» و چند آیه دیگر را خواند و سپس ادامه داد: «من حاضرم صد مرتبه زنده شوم و ایرانیان و مسلمین مرا مثله کنند و بسوزانند ولی به اجنبی پناهنده نشوم». جالب اینجاست که در قسمتی از اعلامیه‌ای که قبل از اعدام شیخ خواندند و بعد آن را در سطح شهر پخش کردند، چنین درج شده بود: «اینها طرح و نقشه ریختند که بلاد اسلامی را به دست خارجه بدهند و دیگران را بر ایرانیان حکمروا سازند. همه سعی آنها تهدید ملت و فروش مملکت بود و اینکه در باطن اجانب را به مملکت دعوت کنند.» و چنین تبلیغ می‌کردند که دست خارجی پشت سر شیخ است؛ کسی که حاضر نیست حتی پرچم کشور هلند را بر خانه خود نصب کند! البته عده‌ای هم فریب این جوسازی‌ها را خوردند و پای جنازه شیخ کف زدند و هورا کشیدند. شیخ 11 مرداد 1288 شمسی که مصادف بود با 13 رجب، روز تولد مولا علی(ع) به دار آویخته شد. قبل از اعدام، رو به مردم تهران، گفت: «هذه کوفه الصغیره»؛ یعنی مردم تهران را به مردم کوفه تشبیه کرد و ساعاتی قبل از اعدام در حالی که چوبه دار آماده بود و شیخ را محاکمه می‌کردند، فردی از طرف مشروطه‌خواهان به ایشان گفت: «جنابعالی حرمت مشروطه را لغو کنید و بفرمایید منزل». شیخ پاسخ داد: «شب قبل پیامبر(ص) را در خواب دیدم که امروز میهمان او هستم؛ حاضر نیستم این فرصت را از دست بدهم و این مشروطه ابدالدهر حرام است».
یعنی حتی لحظه آخر هم از اعتقاد خود دست نکشید. در تاریخ هست که بعد از پایین آوردن جنازه شیخ از چوبه دار، عده‌ای از مجاهدان بی‌دین مشروطه، روی جنازه شیخ ادرار کردند و سپس جنازه را در منزل شیخ دفن کردند. یک یا 2 ماه بعد از این ماجرا مردم متوجه شدند که عجب کلاهی سرشان رفت! نه‌تنها از آزادی خبری نشد، بلکه استبدادی حاکم شد (استبداد مشروطه) که از استبداد شاهی بدتر بود. تازه مردم فهمیدند که همه آن حرف‌ها شعار بود. قرار بود این سد محکم را بشکنند، باقی اشخاص مهم نبودند. همیشه وقتی اختلافاتی به‌وجود می‌آید، یک نفر محور می‌شود که اگر آن فرد بشکند، همه چیز حل می‌شود و باقی مطالب خیلی مهم نیست. هنگامی که شکافی ایجاد می‌شود، دیگر هیچ سدی نمی‌تواند مقاومت بکند، بویژه سدی که به تهاجم فرهنگی حساس است. مردم که اینک همه مطالب برای‌شان روشن شده بود، کنار خانه شیخ می‌آمدند، دست می‌گذاشتند روی دیوار خانه و فاتحه می‌خواندند. مشروطه‌چیان دستور دادند جنازه را به جای دیگر منتقل کنند. بعد از چند ماه نبش قبر کردند و جنازه ایشان را که کاملاً سالم بود، به قم بردند و در آنجا دفن کردند.
به نقل از: موسی نجفی، مقدمه تحلیلی بر تحولات اجتماعی- سیاسی ایران