این مساله نشان می‌دهد که امام از یک سال قبل از دستگیری مهدی هاشمی تلاش می‌فرمودند که شما را از این چاهی که برایتان کنده بودند نجات دهند ولی متأسفانه شما به دفاع از مهدی هاشمی آن قدر اصرار ورزیدید که حضرت امام برای شما نامه‌ای بسیار خوب و محترمانه و در عین حال هشداردهنده از خطری که از ناحیه مهدی هاشمی شما را تهدید می‌کرد، نوشتند که متن دستخط مبارک حضرت امام ضمیمه است. 

سند شماره 3: 

«بسم الله الرحمن الرحیم 

حضرت حجت‌الاسلام والمسلمین فقیه عالیقدر آقای منتظری دامت ایام برکاته . پس از اهدای سلام و تحیت، علاقه اینجانب به جنابعالی بر خود شما روشن‌تر از دیگران است. به حسب قاعده طول آشنایی صمیمانه و معاشرت از نزدیک مقام ارجمند علمی و عملی شما، مجاهدت با ستمگران و قلدران و رنج‌های فراموش‌نشدنی جنابعالی در سال‌های طولانی برای اهداف اسلامی، قداست و وجاهت و وارستگی کم‌نظیر آن جناب و بالاتر، حیثیت بلندپایه‌ای که دنباله این امور به خواست خداوند تعالی برای شما فعلاً حاصل است و احتیاج مبرمی که جمهوری اسلامی و اسلام به مثل جنابعالی دارد، انگیزه علاقه مبرم است. لهذا این حیثیت مقدس باید از هر جنبه محفوظ و مصون باشد. حفظ این حیثیت به جهات عدیده بر شما و همه ماها واجب و احتمال خدشه‌دار شدن آن نیز منجز است برای اهمیت بسیار آن. با این مقدمه باید عرض کنم این حیثیت واجب‌المراعات به احتمال قوی بلکه ظن نزدیک به قطع در معرض خطر است خصوصاً با داشتن مخالفان مؤثر در حوزه قم که ممکن است دنبال بهانه‌ای باشند.  این خطر بسیار مهم از ناحیه انتساب آقای سیدمهدی هاشمی است به شما. من نمی‌خواهم بگویم که ایشان حقیقت مرتکب چیزهایی شدند بلکه می‌خواهم عرض کنم ایشان متهم به جنایات بسیار از قبیل قتل مباشره یا تسبیباً و امثال آن هستند و چنین شخصی ولو مبری باشد ارتباطش موجب شکستن قداست مقام جنابعالی است که بر همه حفظش واجب و مؤکد است. آنچه مسلم است و در آن پافشاری دارم رسیدگی به وضعیت و موارد اتهام اوست، رسیدگی به خانه تیمی و انباشتن اسلحه آن هم با پول ملت به اسم کمک به سازمان‌های به اصطلاح آزادیبخش. اصولاً یک همچو اعمالی بدون دخالت دولت جرم است و ایشان صلاحیت این امر را ولو واقعاً برای این سازمان‌ها باشد، ندارد و دخالت در حکومت است. جواب به این امر قطعی است و آنچه از شما می‌خواهم در رتبه اول پیشنهاد مستقیم شما به دخالت وزارت اطلاعات و رسیدگی به این امر است و اگر برای شما محذور دارد به طوری که تکلیف شرعی از شما ساقط است، سکوت است. حتی در محافل خصوصی دفاع از یک همچو شخصی که خطر برای حیثیت شماست و احتمال فساد و خونریزی بی‌گناهان است سم قاتل است. باید تمام فعالیت‌ها که به اسم کمک به سازمان‌های به اصطلاح آزادیبخش است قطع شود و تمام کسانی که در این امور دخالت داشته‌اند محاکمه شوند و آنچه مسلم است و مایه تأسف، حُسن‌ظن جنابعالی به اعمال و افعال و گفته‌ها و نوشته‌هاست که به مجرد وصول، شما ترتیب اثر می‌دهید و در مجمع عمومی صحبت می‌کنید و به قوه قضائیه و ... سفارش می‌دهید و من از شما که دوست صمیمی سابق و حال من هستید و مورد علاقه ملت، تقاضا می‌کنم که با اشخاص صالح آشنا به امور کشور مشورت کنید، پس از آن ترتیب اثر بدهید تا خدای نخواسته لطمه به حیثیت شما که برگشت به حیثیت جمهوری است، نخورد. آزادی بی‌رویه چند صد نفر منافق به دستور هیاتی که با رقت قلب و حسن‌ظن‌شان واقع شد آمار انفجارها، ترورها و دزدی‌ها را بالا برده است؛ ترحم بر پلنگ تیزدندان ستمکاری بود بر گوسفندان. من تأکید می‌کنم که شما دامن خود را از ارتباط به سیدمهدی پاک کنید که این راه بهتر است و الا هیچ عکس‌العملی در رسیدگی به امر او از خود نشان ندهید که رسیدگی به امر جنایات مورد اتهام، حتمی است. سلامت و توفیق جنابعالی را خواستارم. 12 مهرماه 65 روح‌الله الموسوی الخمینی» .

مهدی هاشمی در بازجویی (صفحه 33) نوشته است: 

سند شماره 7: 

«روز آخری که قصد داشتم خود را به وزارت اطلاعات معرفی کنم، آقا مرا احضار فرمودند و گفتند حضرت امام نامه‌ای برای من نوشته‌اند و قسمتی از آن را که درباره من بود، خواندند. بعد اضافه کردند که من هم یک نامه برای امام نوشتم و آن قسمتی که درباره من بود را برایم خواندند بعداً گفتند: «امام با نامه خودشان خواب را از چشم من گرفته‌اند، من هم نامه‌ای نوشتم که خواب را از چشم امام بگیرد». 

ادامه دارد ...