عملکرد دولت حسن روحانی در قبال برنامه ششم اعتراض نمایندگان مجلس را به دنبال داشته است. پس از تعللی یک ساله در ارسال لایحه برنامه ششم و سپس ارسال یک برنامه چند صفحه‌ای شامل برخی احکام برنامه ششم به مجلس بدون امضای حسن روحانی، قانون برنامه ششم توسعه با تلاش‌های مصرانه مجلس و توصیه مقامات ارشد نظام به رئیس دولت، تدوین و در مجلس تصویب شد. حسن روحانی اما آن را ابلاغ نکرد. قانونی که باید از ابتدای سال 95 به عنوان قانون بالادستی توسط رئیس‌جمهور ابلاغ می‌شد، فروردین‌ماه 96 و در پی عدم ابلاغ توسط حسن روحانی، توسط رئیس مجلس ابلاغ شد. 3 ماه از زمان ابلاغ این قانون توسط رئیس مجلس گذشته است اما آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های اجرایی آن نیز از سوی رئیس‌جمهور ابلاغ نمی‌شود. این رفتار بی‌قاعده با اعتراض گسترده نمایندگان مجلس مواجه شده است. اگرچه برخی در مجلس برخلاف رفتاری که برای متقاعد کردن دولت دهم برای اجرای قوانین انجام می‌دادند، اکنون اقدام چشمگیری برای متقاعد کردن روحانی به تمکین قانون انجام نمی‌دهند اما نمایندگانی هستند که مقابل این بی‌قانونی ایستاده‌اند تا نشان دهند سوگند نمایندگی خود را به زد‌وبندهای سیاسی آلوده نکرده‌اند. این نمایندگان می‌گویند ابزارهایی مانند سوال از رئیس‌جمهور در اختیار دارند تا بتوانند رئیس دولت را متقاعد کنند دست از این بی‌قانونی بردارد. از سوی دیگر این نمایندگان به موضوع رای اعتماد به کابینه و همچنین بودجه سال 97 نیز اشاره کرده و می‌گویند از این طریق نیز استفاده خواهند کرد تا دولت را سر جای قانونی‌اش بنشانند. احمد امیرآبادی، نماینده مردم قم و عضو هیات‌رئیسه مجلس شورای اسلامی با اشاره به عدم ابلاغ قانون ششم توسعه از سوی حسن روحانی با بیان اینکه روحانی از ابتدا تمایلی به قانون برنامه ششم نداشت، گفت: متاسفانه رئیس‌جمهور برنامه ششم توسعه را ابلاغ نکرد، البته آنها بخش‌هایی از برنامه ششم توسعه را شروع به اجرا کردند که البته جنبه انتخاباتی داشت از جمله پرداخت مستمری کمیته‌ امدادی‌ها. نماینده مردم قم در مجلس شورای اسلامی درباره اینکه برخی معتقدند با این روند هویت مجلس زیر سوال می‌رود و چه اقداماتی باید برای برخورد با این رفتار فراقانونی صورت گیرد، به فارس گفت: مجلس در 3 جا می‌تواند بحث نظارتی خود را در قبال دولت اعمال کند، یکی بحث تک‌تک وزراست که وقتی از مجلس رای اعتماد می‌گیرند باید قول دهند برنامه ششم را اجرا می‌کنند و اگر این کار را انجام ندهند مجلس به دنبال استیضاح و راه‌های نظارتی خود خواهد رفت. امیرآبادی تصریح کرد: راهکار دوم بودجه سال 97 است که در بودجه‌ای که به مجلس ارائه می‌شود مجلس حتما در این باره اعمال نظارت خواهد کرد و اگر بر اساس برنامه ششم نباشد می‌تواند بودجه را برگرداند. عضو هیات رئیسه مجلس شورای اسلامی سومین راهکار برخورد با این رفتار فراقانونی دولت را سوال از رئیس‌جمهور عنوان کرد و یادآور شد: اگر رئیس‌جمهور برنامه ششم را اجرا نکند مجلس از رئیس‌جمهور سوال خواهد کرد، چرا که برنامه ششم برای نمایندگان بسیار مهم و متعلق به همین مجلس است، لذا مجلس شورای اسلامی نسبت به این برنامه حساس است. وی با تاکید بر اینکه ما دوستانه از دولت می‌خواهیم روندی را در دولت آینده طی کند که تعامل بین 2 قوه باقی بماند، گفت: عدم ابلاغ و اجرای برنامه ششم به قشرهای مختلفی از مردم از جمله فرهنگیان، بازنشستگان، کارمندان و بخش‌های مختلف تولید، کشاورزی و... لطمه می‌زند و همه این موارد در برنامه ششم در نظر گرفته شده و دولت باید برنامه ششم را اجرا کند. در کنار اظهارات امیرآبادی، اکبر رنجبرزاده دیگر عضو هیات رئیسه مجلس هم درباره یکی از تدابیر نمایندگان برای برخورد با دولت و اجرای قانون برنامه ششم توسعه گفت: طبق تصمیمات اخیر اتخاذ شده مجلس، قرار است کمیسیون‌های تخصصی براساس وظایف نظارتی خود گزارشی از تدوین آیین‌نامه‌ها، دستورالعمل‌ها و اجرای قانون تهیه کنند و در نهایت این گزارش در صحن علنی قرائت و به رئیس‌جمهور ابلاغ شود. محمدرضا پورابراهیمی، رئیس کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی هم درباره وضعیت ابلاغ قانون برنامه ششم توسعه از سوی دولت گفت: متأسفانه قانون برنامه ششم در برخی بخش‌ها همچنان ابلاغ نشده است. اساس بحث در زمینه برنامه ششم و نخستین اشکال در این رابطه از آنجا شروع می‌شود که دولت قانون برنامه را ابلاغ نکرد و رئیس مجلس آن را ابلاغ کرد. پورابراهیمی در ادامه به میزان گفت: استنباط ما این است که آنچه برای برنامه ششم اتفاق افتاده می‌تواند برای سایر احکام هم وجود داشته باشد و این جای نگرانی دارد البته مجلس محکم روی مواضع وحرف خود ایستاده است. رئیس کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی تاکید کرد: دوستان باید بدانند ما نمی‌توانیم برای تک‌تک احکام  از آنها سوال و با دفتر دولت نامه‌نگاری کنیم لذا انتظار ما از دولت این است که مر قانون را اجرا کند در غیر این صورت  کوتاهی دولت، با پیگیری قاطعانه نمایندگان مواجه خواهد شد.
برخی فعالان سیاسی نیز درباره این رفتار غیرقانونی حسن روحانی، از رئیس مجلس گلایه می‌کنند. لطف‌الله فروزنده، سخنگوی جمعیت ایثارگران انقلاب اسلامی درباره رفتار حسن روحانی در قبال قانون برنامه ششم توسعه گفت: باید از مجلس گله کرد، چرا که مجلسی که نتواند از قانون خود دفاع کند چه جوابی دارد. ما از آقای لاریجانی که مجلس را اداره کرده و قدرت نفوذ دارد گلایه داریم. حتی فراکسیون امید هم باید بداند اگر دولت قانون را اجرا نکرده و بی‌اعتنا به مجلس باشد، هویت مجلس از بین خواهد رفت و این یعنی هویت تک‌تک نمایندگان از بین رفته است.