یک روز پس از اظهارات حجت‌الاسلام محسنی‌اژه‌ای، سخنگوی قوه‌قضائیه درباره روند رسیدگی به ماجرای سرقت علمی در رساله دکترای حسن روحانی، 50 انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه‌های سراسر کشور در نامه‌ای به آیت الله کلانتری، از او خواستند این ماجرا را از طریق محاکم قضایی دنبال کند. به گزارش «وطن امروز»، در ماجرای اتهامات وارد شده به رساله دکترای حسن روحانی، اسنادی منتشر شده که نشان می‌دهد بخشی از رساله دکترای او عینا از یکی از کتاب‌های آیت‌الله کلانتری، عضو مجلس خبرگان رهبری کپی‌برداری شده است. البته برخی مطالب درباره کپی‌برداری رساله روحانی از برخی منابع خارجی نیز مطرح شده است که هنوز شکایتی از آن ناحیه مطرح نشده است. با این حال اما با توجه به اینکه آیت‌الله کلانتری نیز این کپی‌برداری بدون اجازه از کتاب خود را تایید کرده است، اکنون برخی محافل دانشجویی در حال پیگیری این موضوع هستند تا در راستای حراست از جایگاه علمی و دانشگاهی، ماجرای اتهام
سرقت علمی در دادگاه رسیدگی شود. با توجه به اظهارات سخنگوی قوه‌قضائیه، این موضوع باید در  دادگاه ویژه روحانیت رسیدگی شود. حالا 50 انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه‌های سراسر کشور از آیت‌الله کلانتری خواسته‌اند ماجرای اتهام سرقت علمی در رساله دکترای روحانی در محکمه رسیدگی شود.  50 انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه‌های کشور طی نامه‌ای از آیت‌الله کلانتری، نماینده مردم فارس در مجلس خبرگان خواستند درباره بحث رساله دکترای رئیس‌جمهور در راستای حراست از جایگاه رفیع علم و حیثیت جمهوری اسلامی با حضور در محاکم صالحه شکایت خود را تقدیم کند. در ابتدای این نامه آمده است: کمی پیش از انتخابات ریاست‌جمهوری جمعی از دانشجویان و صاحبنظران مدعی وجود تقلب علمی در رساله دکترای آقای روحانی شدند. اگرچه در ابتدا شائبه سیاسی - انتخاباتی بودن این ادعا وجود داشت اما اتحادیه انجمن‌های اسلامی دانشجویان مستقل دانشگاه‌های سراسرکشور با تشکیل کمیته‌ای ویژه بررسی مستندات این ادعا را آغاز نمود. از این رو با وصول مستندات فراوان از وجود سرقت علمی در رساله دکترای آقای حسن روحانی، نماینده این اتحادیه در دیدار رمضانی با رهبر معظم انقلاب اسلامی لزوم پیگیری موضوع در راستای حراست از جایگاه رفیع علم را مطرح نمود. در ادامه آمده است: هم‌اکنون وجود کپی‌برداری‌های غیرمجاز از اساتید مختلف ایرانی و غیرایرانی در بخش‌های گسترده‌ای از این رساله دکترا قطعی است. حداقل میزان سرقت علمی کلمه به کلمه از نوع بدون ارجاع در کل این رساله به‌طور میانگین بیش از 60 درصد بوده که میزان آن در برخی فصول به بالای 90 درصد می‌رسد. در میان قربانیان این سرقت علمی، نام‌های بین‌المللی آشنایی مانند پروفسور وائل حلاق، پروفسور هاشم کمالی، علامه شهید مرتضی مطهری، ویلیام مونت‌گومری و ضیاءالدین سردار به چشم می‌خورد.
 شوربختانه، طبق نتایج حاصله تاکنون، قربانی اصلی این سرقت علمی عظیم، شما هستید و آقای حسن روحانی، بیش از 90 درصد فصل 4 رساله‌ خود (بالغ بر 16 هزار و 700 کلمه که حدود 5/16 درصد کل رساله را تشکیل می‌دهد) را از کتاب شما با عنوان «حکم ثانوی در تشریع اسلامی» (نتیجه‌ تحقیقی پایان یافته در سال 1376 و منتشر شده در سال 1378 و حائز جوایز پژوهشی متعدد) سرقت کلمه به کلمه کرده به صورتی که در هیچ جای این رساله، یادکردی از اثر شما به میان نیامده است. تشکل‌های دانشجویی ادامه دادند: نسخه‌ رساله‌ دکترای آقای حسن روحانی، تحت نام حسن فریدون و با شماره و مهر مرکز اطلاعات و تهیه مدارک ایران با نسخه‌ موجود در دانشگاه کلدونین گلاسگو مطابقت قطعی دارد. اگرچه این سرقت علمی عظیم، قربانیان متعددی دارد، ولی قربانی بودن شما بعد دیگری به این سرقت علمی داده و حساسیت‌های بیشتری را به ضرورت پیگیری آن افزوده است. در ادامه آمده است: سال‌هاست یکی از مشکلات اساسی دانشگاه‌ها عدم تطابق خروجی پایان‌نامه‌ها و رساله‌ها با نیاز‌های کشور و نیز وجود تقلب و کپی‌برداری غیرمجاز در آنهاست. چگونه می‌توان با وجود شائبه اقدام مشابه مسؤولان عالیرتبه نظام به اصلاح این رویه غلط امیدوار بود؟ آیا با مسکوت ماندن این موضوع و عدم رسیدگی قانونی به آن راه برای گسترده‌تر شدن تخلفات در سطح جامعه علمی کشور باز نخواهد شد؟ خصوصا با توجه به عضویت همزمان حضرتعالی و آقای روحانی در مجلس خبرگان رهبری، پاسخ دادن به سوالات و ابهامات پیرامون این سرقت علمی اجتناب‌ناپذیر است. از سوی دیگر وقتی شخصی با دست‌اندازی به داشته‌های علمی دیگری موفق به کسب مقامات عالی‌رتبه نظام شود زمینه برای تکرار آن فراهم خواهد شد. در پایان تاکید شد: نیک مستحضرید که سخنگوی محترم قوه‌قضائیه، جناب آقای محسنی‌اژه‌ای در نشست مطبوعاتی خود در تاریخ 25 تیرماه 96 در پاسخ به پرسشی مربوط به این سرقت علمی، بررسی آن را در صلاحیت دادگاه ویژه روحانیت و منوط به وجود شاکی خصوصی دانسته‌اند. از این رو از شما استاد محترم و محقق فرزانه تقاضا می‌کنیم در راستای حراست از جایگاه رفیع علم و حیثیت جمهوری اسلامی با حضور در محاکم صالحه شکایت خود را تقدیم نمایید.