رهبر معظم انقلاب در دیدار اعضای هیأت دولت توصیه‌های مهمی را خطاب به رئیس‌جمهور و دولتمردان بیان کردند. در بین توصیه‌های ایشان یکی از نکات مهم، تأکید بر لزوم همکاری و هماهنگی بیشتر بین اعضای دولت و کار تیمی دولتی‌هاست. به نظر می‌رسد دلیل اصلی‌ای که موجب شد رهبر انقلاب در همین ابتدای کار دولت دوم آقای روحانی بر مسأله هماهنگی و همکاری بین اعضای دولت تاکید کنند به عملکرد و در واقع به تجربه دولت یازدهم در این زمینه مربوط می‌شود.  این مسأله‌ای است که حتی یکی از وزرای دولت یازدهم هم در پایان کارش به آن اذعان کرد. «علی طیب‌نیا» در مراسم تکریم خود و معارفه «مسعود کرباسیان» در سمت وزارت اقتصاد که چندی قبل برگزار شد، گفت: «ما با چالش‌های عمده‌ای روبه‌رو هستیم که عبور موفق از این چالش‌ها نیاز به هماهنگی دارد. ما نیازمند سازوکار برای ایجاد هماهنگی هستیم. همانطور که گفتم دولت یازدهم و رئیس‌جمهوری گام‌هایی را برداشتند ولی هنوز با یک نظام حکمرانی هماهنگ شده فاصله داریم. در ٤ سال گذشته در مواردی به دلیل همین کاستی‌ها فرصت‌ها را از دست دادیم و از فرصت‌های راهگشا استفاده نشد. مثلا در سال 92 فرصت مناسبی برای اصلاح وضعیت هزینه‌های دولت و هدفمندی یارانه‌ها وجود داشت ولی فرصت را از دست دادیم».  هرچند حسن روحانی در برهه‌های مختلف بر انسجام بین اعضای دولت تأکید کرده بود اما در طول 4 سال دولت یازدهم عملا شاهد درگیری‌ها و بگومگوهای متعدد اعضای دولت بودیم؛ بگومگوهایی که در مواردی رسانه‌ای شد و حتی به آنتن زنده صداوسیما هم رسید.  «عباس آخوندی» از جمله وزرای پرحاشیه دولت یازدهم بود که در دولت دوازدهم نیز حضور دارد. وی که برخوردهای به دور اخلاق با خبرنگاران و حتی با مردم عادی را در کارنامه خود دارد، یکی از افرادی است که در دولت یازدهم بگومگوهایش با دیگر اعضای دولت رسانه‌ای شده بود. زمانی که آخوندی طرح مسکن‌مهر را «مزخرف» خوانده بود، این سخنانش با واکنش «اکبر ترکان» همراه شد و وی در واکنش به آن گفت: «این حرف‌ها برای مردم مسکن نمی‌شود. باید پروژه مسکن‌مهر را به سرانجام برسانیم». افزون بر این، اکبر ترکان یک‌بار دیگر نیز به سخنان آخوندی واکنش نشان داده و با انتقاد از دستور آخوندی مبنی بر ممنوعیت شرکت دوشغله‌ها در انتخابات نظام مهندسی گفته بود: «من فقط یک شغل دارم». وزیر راه‌وشهرسازی در ارتباط با واردات واگن از خارج با نعمت‌زاده نیز وارد بگومگو شده بود. وزیر صنعت در واکنش به بحث واردات واگن از خارج، تهدید کرده بود: «روی ریل می‌ایستم و از ورود این واگن‌ها به کشور جلوگیری می‌کنم». چند هفته بعد از این مواضع نعمت‌زاده، آخوندی به رئیس‌جمهور نامه نوشت و ضمن غیرقانونی خواندن اقدام وزارت صنعت در منع واردات واگن‌های باری، خواستار دستور آزادسازی واردات واگن‌ها شد. یکی از موارد اختلاف‌ها بین وزرای دولت اول روحانی به بگومگوها بین وزیر بهداشت و وزیر رفاه مربوط می‌شود. اختلاف این دو وزیر در دولت یازدهم تا حدی بود که حتی در جریان معرفی اعضای کابینه دوازدهم برخی رسانه‌ها مطرح کردند قاضی‌زاده‌هاشمی حضورش در دولت دوازدهم را منوط به عدم حضور ربیعی کرده است. وزیر بهداشت در روزهای آغازین دی‌ماه سال 95، وزارت رفاه را مورد حمله قرار داد و اظهار داشت: «12 سال پیش سلامت مردم را دست بنگاه اقتصادی دادیم. وزارت رفاه چه چیز برایش مهم است؟ برای او حقوق و سرمایه‌گذاری مهم است و بعد هم می‌گوید حقوق باید به دست کارگران و بازنشستگان برسد، زیرا پزشکان وضعیت مالی خوبی دارند». سخنانی که البته از سوی وزیر رفاه بی‌پاسخ نماند و «علی ربیعی» در واکنش به اظهارات وزیر بهداشت گفت: «این حرف درست نیست. روزی که من به وزارتخانه کار آمدم بودجه تامین اجتماعی 8  هزار میلیارد تومان بود و امروز به 18 هزار میلیارد رسیده که این رقم بسیار قابل‌توجه است». وی همچنین اظهار داشت: «پول درمان کجا می‌رود؟ برخی می‌گویند پول درمان را سرمایه‌گذاری کردیم؛ که باید بگویم حتی ما پول سرمایه‌گذاری را به بخش درمان پرداخت کردیم». یکی دیگر از وزرایی که در دولت یازدهم بارها شاهد درگیری‌های لفظی او بودیم، «محمدرضا نعمت‌زاده» بود. دی‌ماه 95 «بیژن نامدارزنگنه» از تریبون مجلس علیه نعمت‌زاده موضع‌گیری کرد! او با انتقاد از دخالت‌های وزیر صنعت در حوزه مسائل پتروشیمی و با تأکید بر اینکه نعمت‌زاده مسؤولیتی در حوزه پتروشیمی ندارد، گفت: آیا خدا را خوش می‌آید 16 میلیارد دلار از دهان مردم بگیریم و به جیب یک عده بریزیم؟! وی با بیان اینکه بنده مسؤول بخش پتروشیمی هستم و وزیر صنایع قانونا مسؤولیتی در این حوزه ندارد، افزود: اما اینکه آقای نعمت‌زاده زمانی مدیر پتروشیمی بوده و علاقه‌مند است در این زمینه اظهارنظر کند، بحث دیگری است. نعمت‌زاده همچنین در برهه‌ای با اکبر ترکان، مشاور اقتصادی رئیس‌جمهور و دبیر شورای هماهنگی مناطق آزاد  تجاری- صنعتی و رئیس سازمان نظام مهندسی وارد بگومگو شده بود. وزیر صنعت، تیرماه 95 در مراسم روز صنعت با انتقاد از «واردات‌محور» شدن مناطق آزاد گفته بود: «مناطق آزاد یکی از گلوگاه‌های واردات و قاچاق است. اینکه مردم کالایی را به عنوان سوغاتی از این مناطق وارد کنند، مسأله‌ای نیست اما وقتی برخی افراد نیسان را پر می‌کنند و تریلی‌های مملو از کالا را روانه سرزمین اصلی می‌کنند، دیگر روشن است که هدف، واردات و به عبارت دیگر قاچاق کالاست. هر روز از صفحات روزنامه‌ها تبلیغات خرید املاک تجاری در مناطق آزاد دیده می‌شود که نشان می‌دهد خبری از تولید در آن مناطق نیست». جملات نعمت‌زاده عصبانیت شدید ترکان را به دنبال داشت و او روی آنتن زنده تلویزیون، نعمت‌زاده را مورد حمله قرار داد. ترکان در برنامه «متن/ حاشیه» در واکنش به وزیر صنعت گفت: «نعمت‌زاده مواظب حرف زدنش باشد اگرنه از کوره در می‌روم و چیزهایی می‌گویم. بنده خجالت می‌کشم یکسری مسائل را درباره ایشان به زبان آورم».  وزیر صنعت دولت یازدهم زمانی نیز با «ولی‌الله سیف» رئیس کل بانک مرکزی وارد بحث شده بود. محمدرضا نعمت‌زاده اسفند 95 در چهاردهمین همایش تعالی سازمانی با بیان اینکه بانک‌ها در ایران فلج هستند، اظهار کرد: «در همه جای دنیا بانک‌ها بر اساس خدمات ارائه شده سود می‌گیرند اما ما می‌خواهیم از طریق نزول‌خواری و دریافت بهره کار را پیش ببریم و به همین دلیل نیز کارمان برکت ندارد». یک روز بعد از اظهارات نعمت‌زاده، سیف واکنش تندی به این سخنان نشان داد و گفت: از ایشان انتظار دارم به وظایف اصلی خودشان بپردازند و از بیان چنین اظهاراتی که عمدتا قدرناشناسی نسبت به تلاش‌های گذشته بانک‌ها از آن استنباط می‌شود، بپرهیزند. رئیس بانک مرکزی یک بار هم از سوی اکبر ترکان- عضو پرحاشیه دولت یازدهم- مورد هجمه قرار گرفت. زمانی که ترکان پیرامون عدم تاسیس بانک‌های خارجی در مناطق آزاد گفته بود: آیین‌نامه تاسیس بانک‌های آفشور در مناطق آزاد با پیگیری‌های بسیار زیاد و برگزاری نشست‌های کارشناسی با بانک مرکزی تصویب و ابلاغ و پس از آن موجی از درخواست‌ها برای تاسیس این بانک‌ها در مناطق آزاد ایجاد شد اما جریان‌های پولی و ارزی مستقل در مناطق آزاد به دلیل سختگیری‌های بانک مرکزی و افزایش سرمایه بانک‌های خارجی و آفشور عملا شکل نگرفت و متقاضیان ایجاد بانک‌های خارجی عقب‌نشینی کردند. این در حالی است که وزیر اقتصاد دولت یازدهم نیز از حمله ترکان بی‌نصیب نماند. دبیر شورای هماهنگی مناطق آزاد  تجاری- صنعتی دی‌ماه 95 در برنامه گفت‌وگوی ویژه خبری گفته بود: با احترام به وزیر محترم امور اقتصادی و دارایی باید بگویم آیا از این به بعد وزارتخانه می‌تواند بر کار سایر دستگاه‌هایی که در منطقه آزاد فعالیت می‌کنند و هم‌عرض همان وزارتخانه هستند نظارت کند؟ وزارت اقتصاد به سایر دستگاه‌ها مشرف نیست بلکه فردی که در یک رتبه بالاتر یعنی منصوب رئیس‌جمهور است می‌تواند بر کار سایرین مدیریت و نظارت داشته باشد. علاوه بر آنچه بیان شد، در دولت یازدهم در برهه‌هایی شاهد آن بودیم که خود رئیس‌جمهور نیز به یکی از طرفین بگومگوها با اعضای کابینه تبدیل می‌شد. به عنوان مثال می‌توان به مباحثی که بین روحانی و صالحی در رابطه با برجام پیش آمده بود، اشاره کرد.  روزهای پایانی سال 94 «علی‌اکبر صالحی» رئیس سازمان انرژی اتمی در گفت‌وگو با وبگاه «العربی الجدید» با انتقاد از کوتاهی طرف غربی در اجرایی کردن تعهدات خود گفته بود: «تهران به آنچه باید، متعهد است اما تأخیری در طرف مقابل هست که مسؤولیتش هم با خودش است». وی در ادامه «رفع تحریم به موجب توافق»‌ را از مصادیق این تأخیر برشمرده و گفته بود: «تا الان برخی بانک‌های بزرگ اروپایی تحریم‌های‌شان را به‌طور کامل پایان نداده‌اند، چرا که قبلا تعهد داده‌اند که با ایران مراوده تجاری نداشته باشند». این سخنان صالحی اما برآشفتگی رئیس‌جمهور را به دنبال داشت و حسن روحانی چند روز بعد در نشست خبری در واکنش به این مواضع صالحی گفت: «صالحی، وزیر امور خارجه، وزیر اقتصاد یا رئیس بانک مرکزی نیست».  سخنانی که دلخوری رئیس سازمان انرژی اتمی را موجب شد و وی در پاسخ به سوالی درباره بدعهدی‌های آمریکا در اجرای برجام در واکنش به اظهارات روحانی گفت: «می‌بینیم که طرف مقابل برجام چه کاری انجام می‌دهد، حالا ببخشید من نباید وارد این موضوع شوم چون ممکن است یک عزیزی ناراحت شود». وی گفت: «در برجام آنها متعهد شدند کاری نکنند که با روح برجام در تضاد باشد اما به یکباره قانون ویزا را در کنگره وضع کردند و من این را می‌توانم بگویم و دوستی نمی‌تواند به من بگوید شما وزیر اقتصاد، رئیس بانک مرکزی و وزیر امور خارجه نیستی؛ حداقل ۴۰ سال استاد دانشگاه هستم که این را می‌توانم بگویم». یقینا صرف انرژی اعضای اصلی دولت به اختلاف‌های داخلی و دامن زدن به آن، بیش از هر چیز آنها را از انجام وظایف اصلی و حل و فصل مشکلات کشور دور می‌کند. این در حالی است که در شرایط فعلی شاهد مشکلات قابل توجهی در کشور هستیم و حسن روحانی نیز با وعده حل‌ و فصل این مشکلات و تأکید بر عزم راسخ‌تر نسبت به گذشته جهت رفع این معضلات توانست برای بار دوم در رأس دولت قرار بگیرد. افزون بر این، حتی اگر بتوان با برخی از مسائلی که در دولت یازدهم وجود داشت با اغماض برخورد کرد، در دولت دوازدهم حتی امکان چنین اغماضی هم وجود ندارد، چرا که دیگر مدت‌هاست زمان آزمایش و خطا برای دولتمردان معتدل گذشته است.