بی‌توجهی مقامات اقلیم کردستان به توصیه‌‌های دوستانه مقامات سیاسی و نظامی ایران درباره طرح همه‌پرسی استقلال کردستان باعث شد جمهوری اسلامی ایران در آستانه برگزاری این همه‌پرسی، هشدارهای لازم را به مسعود بارزانی بدهد و اعلام کند در صورت برگزاری همه‌پرسی، تمام گذرگاه‌‌های مرزی با ایران به روی اقلیم کردستان بسته خواهد شد. علاوه بر این، تهران برای مقابله با حضور و فعالیت ضدانقلاب ایرانی مستقر در اقلیم کردستان، با شیوه‌‌هایی کاملا متفاوت نسبت به گذشته برخورد خواهد کرد. به گزارش «وطن‌امروز»، هفته گذشته پارلمان اقلیم کردستان عراق در نشستی به برگزاری همه‌پرسی استقلال این اقلیم رای داد و مسعود بارزانی، رئیس اقلیم کردستان عراق نیز از برگزاری همه‌پرسی در زمان مقرر خبر داد. همه‌پرسی استقلال کردستان عراق قرار است
25 سپتامبر/ 3 مهرماه، برگزار شود. دولت عراق، ایران و ترکیه تاکنون بارها با تشریح پیامدهای خطرناک چنین تصمیمی، از اقلیم کردستان خواسته‌‌اند از برگزاری این همه‌پرسی صرف‌نظر کند اما تاکید بارزانی بر برگزاری همه‌پرسی باعث شد
دبیر شورایعالی امنیت ملی در فاصله یک هفته‌ تا برگزاری همه‌پرسی، هشدارهای لازم را در این زمینه به بارزانی بدهد و اعلام کند شرایط برای اقلیم کردستان پیچیده خواهد شد. علی شمخانی، دبیر شورایعالی امنیت ملی در گفت‌وگو با خبرگزاری صداوسیما درباره موضع ایران در قبال برگزاری همه‌پرسی در اقلیم کردستان عراق گفت: جمهوری اسلامی ایران به عنوان دوست و همپیمان برادران کرد که همواره و در سخت‌ترین شرایط در کنار آنها بوده است، برگزاری رفراندوم را تامین‌کننده منافع اقلیم کردستان ارزیابی نمی‌کند و با آن مخالف است. شمخانی با اشاره به نقش تعیین‌کننده، موثر و قابل توجه کردها در دولت عراق و ضرورت تداوم بهره‌‌گیری از این ظرفیت در مسیر تقویت ساختارهای امنیتی، اقتصادی و سیاسی در اقلیم کردستان افزود: رویکرد مخالف کشورهای همسایه عراق با برگزاری رفراندوم در اقلیم، شرایط پیچیده و دشواری را برای کردستان پس از رفراندوم ایجاد خواهد کرد. دبیر شورایعالی امنیت ملی با تبیین اقدامات و فعالیت‌های سیاسی و دیپلماتیک جمهوری اسلامی ایران از طریق گفت‌وگوی نزدیک با مسؤولان اقلیم کردستان، دولت عراق و همسایگان این کشور افزود: ایران به طور قطع، صرفاً دولت واحد، یکپارچه و فدرال عراق را به رسمیت می‌شناسد. نماینده مقام معظم رهبری با اشاره به موضع غیر قابل تغییر جمهوری اسلامی ایران درباره ضرورت حفظ تمامیت ارضی و وحدت سرزمینی عراق افزود: هرگونه خدشه به این اصل راهبردی، موجب بازبینی و تغییر جدی در روند همکاری موجود میان ایران و اقلیم کردستان عراق خواهد شد. وی مشروعیت معابر و گذرگاه‌های مرزی جمهوری اسلامی ایران با مناطق اقلیم کردستان عراق را صرفاً به‌دلیل وجود اقلیم به عنوان بخشی از عراق یکپارچه عنوان کرد و اظهار داشت: توافقات مرزی صرفاً با محوریت دولت مرکزی عراق پابرجا بوده و جدایی اقلیم کردستان از دولت مرکزی عراق به معنای مسدود شدن همه معابر و گذرگاه‌های مشترک مرزی خواهد بود. شمخانی در بخش دیگری از اظهارات خود با اشاره به وجود توافقات نظامی و امنیتی میان ایران و اقلیم کردستان عراق خاطرنشان کرد: جدایی اقلیم کردستان از خاک عراق به مفهوم پایان یافتن تمام این توافقات خواهد بود و پس از آن ایران در چارچوب تامین امنیت مرزهای مشترک در رویکرد خود برای مقابله با حضور و فعالیت ضدانقلاب ایرانی که در مناطقی از کردستان عراق تردد دارند به صورت جدی تجدیدنظر کرده و با شیوه‌های کاملا متفاوت نسبت به گذشته رفتار خواهد کرد.
ردپای موساد و سیا در استقلال کردستان
از ابتدای طرح همه‌پرسی اقلیم کردستان، رژیم صهیونیستی به حمایت از جدایی مناطق کردنشین از حکومت مرکزی عراق پرداخت. در این زمینه امیر خجسته، عضو کمیسیون شوراها و امور داخلی مجلس شورای اسلامی طرح جدایی اقلیم کردستان را جایگزینی بحرانی جدید در منطقه پس از داعش می‌داند و از نقش افسران موساد و سیا در این طرح خبر می‌دهد. او در گفت‌وگو با تسنیم، با ابراز تاسف از برگزاری همه‌پرسی اظهار داشت: بدون شک این مسأله به تحریک استکبار جهانی در حال انجام است و بنا بر اطلاعات موثق، افسران اطلاعاتی موساد و ایالات متحده در تلاش و تکاپو برای ایجاد این بحران هستند  آنها هیچ‌گاه دلسوز و خیراندیش مردم منطقه نبوده‌اند، زیرا همگان معتقدند استقلال و جدایی کردستان به هیچ‌وجه به نفع مردم منطقه نخواهد بود.