حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی صبح روز یکشنبه در دیدار دست‌اندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی در آستانه چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگره‌ای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به جایگاه تأثیرگذار مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام(ره) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام‌الله علیها و گرد آمدن مبارزین در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانه‌ای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند. رهبر انقلاب اسلامی درگذشت مرموز و بهت‌آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال ۵۶ را نیز، زمینه‌ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه مواجهه امام(ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی و ساده‌زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزند شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذره‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی بشدت علاقه‌مند و عاشق امام بود و کوچک‌ترین تعرض به شخصیت امام را بر نمی‌تابید.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت‌الاسلام والمسلمین رشاد، رئیس شورای سیاست‌گذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی و آقای محمدعلی انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامه‌های کنگره بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجام‌شده را بیان کردند.