حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت عالم متفکر حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محی‌الدین حائری‌شیرازی را تسلیت گفتند. به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
با تاسف و تأثر خبر درگذشت عالم متفکر حضرت حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محی‌الدین حائری‌شیرازی رحمه‌الله علیه را دریافت کردم. ایشان از جمله عالمان دینی برجسته و موفقی بودند که عمر با برکت را یکسره در خدمت تربیت نفوس و تعالی بخشیدن به روح و دل و فکر و عمل مخاطبان خود قرار دادند. چه پیش از انقلاب در شیراز و قم و چه پس از پیروزی انقلاب در جایگاه امامت جمعه و پایگاه‌های برجسته دیگر، ذهن و اندیشه فعال و کارآمد این روحانی با اخلاص و اهل معرفت و سلوک، همواره نقشی اثرگذار در ترویج معارف اسلامی و قرآنی و انقلابی داشته و به پرورش نفوس پرداخته است. اینجانب فقدان تأثرانگیز این عالم ربانی را به بازماندگان مکرم و شاگردان و ارادتمندان ایشان و به حوزه علمیه و عموم مردم عزیز و روحانیون محترم استان فارس تسلیت عرض می‌کنم و علو درجات ایشان را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای/ ۳۰ آذر 96
حضور گسترده مردم در مراسم تشییع
پیکر آیت‌الله محی‌الدین حائری‌شیرازی از اساتید اخلاق حوزه علمیه قم با حضور گسترده علما، اساتید، طلاب، مسؤولان و اقشار مختلف مردم تشییع و به خاک سپرده شد. به گزارش خبرگزاری‌ها، مراسم تشییع پیکر آیت‌الله حائری شیرازی صبح روز پنجشنبه در میان حزن و اندوه فراوان علما، حوزویان و دیگر اقشار مردم برگزار شد. حضور چشمگیر مردم، علما و مقامات باعث شد مراسم تشییع این عالم متفکر به صورت شایسته و درخور برگزار شود. آیت‌الله محمدصادق (محی‌الدین) حائری شیرازی روز چهارشنبه پس از تحمل یک دوره بیماری، دار فانی را وداع گفت.
بر اساس این گزارش، پیکر آیت‌الله حائری‌شیرازی پس از اقامه نماز از سوی حضرت آیت‌الله سیدموسی شبیری‌زنجانی، در رواق شهید مطهری حرم مطهر حضرت معصومه(س) آرام گرفت. به گزارش رسا، پیکر آیت‌الله حائری‌شیرازی پیش از خاکسپاری، از مسجد امام حسن عسکری(ع) قم تا حرم حضرت معصومه(س) با حضور علما، مراجع تقلید، مسؤولان و اقشار مختلف مردم تشییع و گرد ضریح مطهر آن حضرت طواف داده شد. در مراسم تشییع پیکر آن مرحوم، آیات و حجج‌اسلام والمسلمین محمدی‌گلپایگانی مسؤول دفتر مقام معظم رهبری، سیداحمد خاتمی، مهدی هادوی‌تهرانی، سیدهاشم حسینی‌بوشهری و سیدمحمد سعیدی تولیت حرم مطهر حضرت معصومه(س) و احمد امیرآبادی‌فراهانی نماینده مردم قم در مجلس شورای اسلامی، مسؤولان کشوری و لشکری، استاندار، شهردار و دیگر مسؤولان قم حضور داشتند.
بعدازظهر پنجشنبه نیز مراسم بزرگداشت ارتحال آیت‌الله حائری‌شیرازی، از سوی رهبر معظم انقلاب در مسجد اعظم قم برگزار شد. مراسمی که با حضور گسترده مردم، علما و مقامات همراه بود. در این مراسم بزرگداشت حضرات آیات ناصر مکارم‌شیرازی، جعفر سبحانی، حسین نوری‌همدانی، سیدموسی شبیری‌زنجانی، عبدالله جوادی‌آملی، سیدمحمدعلی علوی‌گرگانی و نمایندگان بیوت و دفاتر دیگر مراجع تقلید حضور داشتند. همچنین آیات سیدمحسن خرازی، سیداحمـد خاتمی، علیرضا اعرافی، حسن ممدوحی، عباس کعبی، محسن اراکی، سیدمحمد سعیدی، ابراهیم امینی، علوی بروجردی و هـادوی‌تهرانی و حجـج‌اسلام والمسلمین محمـدی‌گلپایگانی، حسینی‌خراسانی، ربانی، ملکا و مصلحی از دیگر حاضران در این جلسه بودند. حاضران در این مراسم ترحیم با قرائت قرآن کریم و ذکر فاتحه یاد و خاطره مرحوم آیت‌الله حائری‌شیرازی را گرامی داشتند و برای این عالم مجاهد علو درجات و غفران و رحمت الهی را از خداوند متعال خواستار شدند. در این مراسم بزرگداشت، حجت‌الاسلام والمسلمین علی نظری‌منفرد استاد سطح عالی حوزه علمیه قم به ایراد سخن پرداخت و با اشاره به خدمات و مجاهدت‌های مرحوم آیت‌الله حائری‌شیرازی، آن مرحوم را عالمی مجاهد و خستگی‌ناپذیر توصیف کرد. استاد سطح عالی حوزه علمیه قم مرحوم آیت‌الله حائری‌شیرازی را از نوابغ حوزه دانست و این شخصیت مجاهد را عالمی عامل دانست که در راه خدمت به مردم و اسلام از هیچ تلاشی دریغ نکرد و همواره دغدغه خدمت به اسلام و مسلمین را داشت.