استقلالی‌ها امیدوار بودند با شفر به کورس قهرمانی باز گردند و اگر این فصل قهرمان هم نشدند حداقل نایب قهرمانی فصل پیش را هم از دست ندهند.  با این وجود، وضعیت استقلال در حال حاضر خیلی خوب پیش نمی‌رود.  شوک مثبتی که با حضور شفر در بدنه استقلال شکل گرفته بود به مرور زمان کمرنگ شده و اکنون همان مشکلات قدیم خودنمایی می‌کند.  مشکلات حاشیه‌ای بازیکنان و عدم اتحادی که بین بعضی از آنها احساس می‌شود هم به پررنگ‌تر شدن این مشکلات و به حاشیه رفتن تیم کمک می کند. 
در عین حال، استقلال در 3 بازی اخیر خود 3 بار متوقف شده و تنها یک گل زده داشته است تا نتواند در وضعیت پرتراکم بالای جدول صعودی داشته باشد.  این در حالی است که در 5 هفته آینده هم استقلال بازی‌های بسیار دشواری را پیش روی خود می‌بیند که امتیاز گرفتن از آنها بسیار دشوار است به طوری که برای کسب سهمیه آسیایی هم شاید باید به جام حذفی دل ببندد.  استقلال در 5 هفته آینده باید به مصاف پارس جنوبی، ذوب‌آهن، سپیدرود، فولاد و پرسپولیس برود که از این جمع 5 تیمی 4 تیم اکنون بالاتر از استقلال قرار دارند و امتیاز گرفتن از هر کدام از آنها دشواری‌های خاص خود را دارد. این در حالی است که سپیدرود هم این روزها بهتر شده و علی کریمی هم به عنوان یک پرسپولیسی سابق قطعا انگیزه زیادی برای شکست استقلال دارد. با این شرایط باید منتظر ماند و دید آیا تیم شفر می‌تواند وضعیت بهتری در لیگ پیدا کند یا حتی باید همین جایگاه ششمی را هم به تیم‌هایی مانند پیکان و گسترش فولادی بدهد که با حداقل اختلاف امتیاز به رده‌های بالاتر جدول چشم دوخته‌اند.
استقلال نمی‌تواند با مهاجم پرتغالی قرارداد امضا کند؟
در شرایطی که از زمان ورود مهاجم خارجی مورد نظر استقلال به ایران این شایعه شکل گرفت که به دلیل فسخ قرارداد دیرهنگام این مهاجم پرتغالی با تیم سابقش، امضای قرارداد با این بازیکن می‌تواند برای استقلال دردسرساز شود اما معاون ورزشی باشگاه استقلال چنین مساله‌ای را تکذیب کرد. این مسؤول با تاکید بر اینکه مهاجم جدید مشکلی برای پیوستن به استقلال ندارد، گفت‌‌: زمانی که خواهان جذب یازالده گومز شدیم، موارد مربوطه را چک کردیم و متوجه شدیم این بازیکن یک روز قبل از پایان نقل و انتقالات قراردادش را فسخ کرده و مشکلی ندارد. به این ترتیب در صورت مثبت بودن تست پزشکی این بازیکن، مشکلی وجود ندارد و می‌توانیم او را جذب کنیم.
واکنش باشگاه استقلال به ماجرای جنجالی دژاگه
معاون ورزشی باشگاه استقلال با تکذیب اخبار مربوط به اشکان دژاگه گفت: مدیر برنامه‌های این بازیکن به آبی‌های پایتخت گفته این بازیکن به دنبال بازی کردن در اروپاست و تمایلی به بازی در ایران ندارد. سیدپندار توفیقی در گفت‌وگو با ایسنا، در پاسخ به این سوال که آیا ماجرای مطرح‌شده درباره اشکان دژاگه و اینکه می‌گویند باشگاه استقلال به دلیل خالکوبی‌های این بازیکن مخالف حضورش در جمع آبی‌های پایتخت بوده است، اظهار کرد: این یک خبر کذب است. در لیستی که شفر به ما داد نام دژاگه وجود نداشت. با این حال ما خودمان از ابتدای فصل و حتی نیم‌فصل از طریق مدیربرنامه‌های این بازیکن به دنبال او بودیم ولی آقای فاضلی، مدیربرنامه این بازیکن به ما اعلام کرده است اشکان دژاگه به دنبال بازی کردن در اروپاست. حالا اینکه یکی از روزنامه‌ها این خبر را از کجا آورده من نمی‌دانم. او درباره خرید جدید برای استقلال گفت‌: آقای شفر یک بازیساز می‌خواهد و قرار است گزینه مدنظرش را به ما اعلام کند. هر وقت این اتفاق بیفتد آن بازیکن را هم جذب می‌کنیم. معاون ورزشی باشگاه استقلال در پاسخ به این سوال که نظرش راجع‌ به اینکه عده‌ای معتقدند استقلال با افت و خیز نتیجه‌ می‌گیرد، چیست؟ گفت‌: تعارف نداریم. اگر توپ‌های ما گل می‌شد کسی نمی‌گفت استقلال با افت و خیز نتیجه‌ می‌گیرد. استقلال شرایط مناسبی دارد و امیدواریم بهتر هم شود.  وی در پاسخ به این پرسش که وضعیت مالی باشگاه استقلال ظاهرا بهتر شده است، بیان‌ کرد: به‌ هر حال ما در حال‌ تلاش هستیم. بازیکنان فعلی ۵۰ درصد قراردادشان را گرفته‌اند و ۸۰ درصد پول فصل قبل را هم داده‌ایم. بیشتر از ۱۰ میلیارد تومان بدهی قبلی را هم در همین چند ماه پرداخت کرده‌ایم ولی قبول کنید حجم بدهی‌ها خیلی زیاد است.
توفیقی در پاسخ به این سوال که گفته می‌شود بدهی باشگاه استقلال ۱۰۷ میلیارد تومان است، گفت‌: عدد دقیق آن را نمی‌دانم و بهتر است از ذی‌حساب باشگاه بپرسید ولی باز هم می‌گویم حجم بدهی‌های ما خیلی زیاد است.
معاون ورزشی استقلال در پایان و در پاسخ به این سوال که آیا هنوز خطر حذف استقلال از رقابت‌های آسیایی وجود دارد یا خیر؟ گفت‌: تا الان که با شما صحبت می‌کنم نه ولی اگر دلالان محترم بگذارند و دوستان هم یادشان باشد در چه باشگاهی بزرگ شده‌اند ان‌شاء‌الله مشکلی ما را تهدید نمی‌کند.