ایران با رژیم بعث در جنگ بود و بخشی از خاک ایران و خرمشهر در تجاوز و اشغال عراق بود. همزمان مجاهدین در خرداد 60 علیه انقلاب و مردم وارد فاز مسلحانه شدند. امام خمینى(ره) خرداد 60، بنی‌صدر را از فرماندهى کل قوا خلع کردند و مجلس هم راى به عدم کفایت سیاسى او داد. سرانجام وى به اتفاق مسعود رجوى با خلبان پیشین شاه به فرانسه متوارى شد و در پى آن نیز سازمان منافقین موجى از ترور و انفجار را به امید براندازى جمهورى اسلامى در سراسر کشور به راه انداخت. بنى‌صدر و رجوى در پاریس با همراهى تعدادى از گروه‌هاى ضد انقلاب گروهى به نام شوراى ملى مقاومت را تشکیل دادند. رجوى در سال دوم عمر شوراى خودساخته، درباره تعیین دوره سرنگونى جمهورى اسلامى پاسخ داد: «تا پایان سال آینده نمى‌توانم به این سوال جواب بدهم، چون مشغول ارزیابى نیروهاى خود هستیم و در میان نیروهای‌مان حلقه مفقوده‌اى داریم که مشغول یافتن و وصل آن به سازمان هستیم».
رجوى از آغاز سکونت در فرانسه کوشید از طریق پیام‌ها و مصاحبه‌هایش به دولتمردان عراق بفهماند در کنار آنهاست. به همین جهت تا جایى پیش رفت که اروندرود را متعلق به عراق معرفى کرد و به جاى اروندرود «واژه شط‌العرب» را هماهنگ با تبلیغات رژیم بعث استفاده کرد. پس از اینکه او توانست بستری مناسب برای ارتباط با رژیم بعث فراهم کند، با طارق عزیز در پاریس دیدار و گفت‌وگو کرد. طارق عزیز در این دیدار ابراز کرد: «امیدوارم در آینده نزدیک دوست عزیزم مسعود رجوى را در پست ریاست جمهورى یا نخست‌وزیرى ایران ملاقات کنم!»
به فاصله مدت کوتاهی از این دیدار، زمینه حضور منافقین در عراق فراهم شد و پایگاه‌هاى منافقین که تعداد آنها ۱۷ پایگاه اعلام شده بود، در دل خاک عراق و در نزدیکى مناطق مرزى این کشور با ایران تاسیس شد. اصلى‌ترین پایگاه آنها به نام «اشرف» در ۱۰۰ کیلومترى شمال غربى بغداد واقع شده بود. اعزام گروه‌هایى براى انجام عملیات‌هاى ترور و خرابکارى بویژه ترور رزمندگان و فرماندهان نظامى در داخل ایران، جاسوسى از تحرکات نظامى ایران، انجام تبلیغات مسموم از طریق رادیوى اختصاصى این گروه در عراق و نیز شایعه‌سازى براى تحت‌الشعاع قرار دادن حمایت‌هاى مردمى از جبهه‌ها، بخشی از اقدامات منافقین علیه مردم ایران در سال‌های جنگ تحمیلی بود. نیروهاى وابسته به منافقین حضور گسترده‌اى در کنار نیروهاى عراقى داشتند و شنود مکالمات بیسیمى و تلفنى نیروهاى ایرانى بیشتر از سوى نیروهاى این سازمان انجام می‌شد. منافقین همچنین در سرکوب شیعیان و کردهاى عراق از سوى رژیم بعث نقش مهمى داشتند. در اوایل سال ۱۳۶۷ نیروهاى سازمان با پشتیبانى ارتش عراق عملیاتى را با نام «آفتاب» در منطقه شوش انجام دادند که با متحمل شدن تلفات فراوانى به عقب‌نشینى مجبور شدند.
پس از آن منافقین با بازسازى قواى خود در قالب ۲۰ تیپ (هر تیپ به استعداد یک گردان منظم حدود ۱۵۰ نفرى) روز سوم مرداد ۱۳۶۷ از سمت اسلام‌آباد غرب و کرند به ایران حمله و داخل خاک ایران پیشروى کردند. آنان به خیال واهى خود قصد داشتند بر اساس یک برنامه زمان‌بندى شده ۳۳ ساعته در 5 مرحله از شهرهاى سرپل ذهاب، اسلام‌آباد، همدان و قزوین عبور کنند و خود را به تهران برسانند. دولت عراق در این عملیات با ادواتى از قبیل ۱۲۰ دستگاه تانک، ۴۰۰ دستگاه نفربر، ۹۰ قبضه خمپاره‌انداز ۸۰ میلیمترى، ۳۰ قبضه توپ ۱۲۲ میلیمترى، ۱۵۰ قبضه خمپاره ۴۰۰ میلیمترى، هزار قبضه تیربار کلاشنیکف، ۳۰ قبضه توپ ۱۰۶ میلیمترى و هزار دستگاه کامیون و خودرو آنان را یارى می‌کرد. همزمان با این عملیات، هواپیماهاى عراقى پایگاه‌هاى شکارى «نوژه» همدان و حتى دزفول و همچنین پادگان تیپ ۲ سقز و پایگاه هوانیروز کرمانشاه را بمباران کردند. در واکنش به این تحرکات منافقین، روز پنجشنبه ۶ مرداد ۱۳۶۷ عملیات «مرصاد» با رمز «یا على بن ابیطالب(ع)» از سوى نیروهاى ایرانى آغاز شد. در این عملیات 3 گردان از نیروهاى بسیج و سپاه با دور زدن نیروهاى منافقین شهر اسلام‌آباد را آزاد کردند. بلافاصله پس از آزادسازى شهر اسلام‌آباد، یگان‌هاى سپاه پیشروى را به سمت کرند آغاز کردند. در نهایت با کشته شدن حدود ۱۶۰۰ تا 2 هزار تن و اسارت و زخمى شدن تعداد زیادى از منافقین در روز جمعه ۷ مرداد ۱۳۶۷ اعضاى این گروهک تروریستى هر آنچه داشتند بر زمین نهاده و به داخل خاک عراق متوارى شدند. شهید صیادشیرازی بعد از عملیات را اینطور روایت می‌کند: «عملیات که تمام شد، در جاده کرمانشاه- اسلام‌آباد غرب هزاران کشته از آنان به جا مانده بود. اجساد پسران و دخترانی که با ملت خود بسیار ناجوانمردانه رفتار کرده بودند. کسانی که روز تنهایی میهن به یاری اردوی خصم شتافته بودند. در ماشین‌های‌شان پر بود از فیلم‌های تبلیغاتی و مارش پیروزی تا از رادیو و تلویزیون ایران پخش کنند».