اما برخورد هیات نظارت بر مطبوعات با روزنامه‌‌های «وطن‌امروز» و کیهان و سکوت در مقابل اقدامات خلاف امنیت ملی برخی روزنامه‌‌های اصلاح‌طلب و حامی دولت با واکنش برخی چهره‌‌های رسانه‌‌‌ای و سیاسی مواجه شد. بیژن نوباوه‌وطن، عضو سابق کمیسیون فرهنگی مجلس و مدیرمسؤول روزنامه عصر ایرانیان در گفت‌وگو با شبکه اطلاع‌رسانی راه دانا درباره برخورد‌‌های دوگانه هیات نظارت بر مطبوعات و بی‌توجهی به رسانه‌‌های اختلاف‌افکن و دروغ‌پرداز در موضوع ایران و عراق در کنار تذکر به رسانه‌‌‌هایی مانند «وطن‌امروز» و کیهان درباره نقد FATF اظهار داشت: قطعاً اختلاف‌افکنی میان 2 ملت ایران و عراق موردی است که اقدام علیه امنیت ملی تلقی می‌شود. وی گفت: برخوردهای دوگانه هیات نظارت بر مطبوعات موضوع جدیدی نیست؛ هر دوره‌ای که می‌گذرد و تفکر خاصی بر هیات نظارت بر مطبوعات حاکم می‌شود شاهد چنین رفتارهای دوگانه‌ای از سوی این هیات هستیم؛ گاهی به مقدسات و شرع هم توهین می‌شود اما این هیات در مقابل آنها سکوت می‌کند. نماینده سابق مجلس گفت: برخورد با برخی روزنامه‌ها مانند «وطن‌امروز» و کیهان سلیقه‌ای بوده و قطعاً در راستای حفظ منافع ملی و امنیت کشور نیست، چرا که اگر هدف هیات نظارت بر مطبوعات برخورد با اقدامات علیه امنیت ملی بود حداقل با روزنامه‌‌های شهروند، شرق و... هم برخورد می‌کرد. محمدصادق کوشکی، کارشناس علوم سیاسی نیز درباره دادگاهی شدن روزنامه‌‌های کیهان و «وطن‌امروز» گفت: همین که «وطن‌امروز» و کیهان به دادگاه احضار شده‌‌اند نشان‌دهنده میزان صداقت دولت در نقدپذیری است. دولت حتی گزارش‌‌های توصیفی را انتقاد حساب می‌کند و این نشان میزان صداقت دولت است. کوشکی گفت: دلیل اینکه کسی با روزنامه‌‌های حامی دولت مانند روزنامه شرق برخورد نمی‌کند این است که کسی از آنها شکایت نمی‌کند؛ دستگاه‌‌های مربوط نسبت به مطبوعات اصلاح‌طلب خیلی مهربان هستند، یعنی وقتی روزنامه ابتکار می‌‌‌‌‌‌‌‌آید در کاریکاتورش به منتقدان FATF اهانت زشتی می‌کند، دستگاه مربوط باید بیاید و اجازه این کار را ندهد چون روزنامه حق اهانت ندارد ولی این کار را نمی‌کند یا وقتی روزنامه یا سایت اصلاح‌طلبی می‌‌‌‌‌‌‌‌آید و حمله تروریستی اهواز را نشانه خشونت نیروهای مسلح ما می‌داند و دلیل حمله مسلحانه اهواز را ارجاع می‌دهد به اینکه نیروهای مسلح ما خشن هستند و از تروریست‌ها دفاع می‌کند، دستگاه‌‌های مربوط در این مساله دقت نمی‌کنند یا با رافت برخورد می‌کنند و آن سایت یا کاریکاتوریست را مورد پرسش قرار نمی‌دهند که چرا از تروریست‌ها دفاع کرده‌اند.