بعد از اعلام نظر رسمی و رای دیوان محاسبات مبنی بر عدم تخلف در اعطای بورسیه‌ها در دولت دهم، بار دیگر سیاسی‌کاری‌های انجام شده نسبت به نخبگان دانشگاهی که منجر به هتک حیثیت جامعه علمی کشور شد مورد بازخوانی رسانه‌ها و چهره‌های سیاسی قرار گرفته است. برخی نمایندگان مجلس در این باره گفته‌اند اکنون باید عاملان دروغ‌پردازی درباره دانشجویان بورسیه که در دولت یازدهم شروع شد محاکمه شوند. چهره‌های دانشگاهی زیادی نیز در اظهار نظرهای مختلف تاکید کرده‌اند دولت نباید قشر دانشجو و نخبه کشور را قربانی اختلافات سیاسی خود با دولت پیشین می‌کرد. در همین رابطه دبیر ستاد حقوق بشر قوه قضائیه گفته است مسأله بورسیه‌ها حادثه تلخی برای بچه‌های ما بود که این موضوع به مسائل سیاسی آمیخته شد و این دانشجویان قربانی یکسری مسائل سیاسی شدند.  محمدجواد لاریجانی که میهمان برنامه «بدون توقف» بود در پاسخ به این سوال که 5 سال است زندگی 3 هزار نفر از دانشجویان مومن و انقلابی بورسیه مختل شده ولی دولت هیچ اقدامی نمی‌کند و سال گذشته هم به  ستاد حقوق بشر قوه قضائیه نامه‌‌ای نوشته شد ولی پاسخی دریافت نشد، گفت: «مسأله بورسیه‌ها حادثه تلخی برای بچه‌های ما بود که این موضوع به مسائل سیاسی آمیخته شد و این دانشجویان قربانی یکسری مسائل سیاسی شدند». نکته قابل تامل اینکه ماجرای بورسیه‌ها تنها در سطح وزارت علوم دولت روحانی مطرح نبود و شخص رئیس‌جمهور نیز در اقدام عجیبی نسبت به این موضوع ورود کرد. به اعتقاد برخی کارشناسان، ورود روحانی به ماجرای بورسیه‌ها که امروز دروغ بودن آن رسما ثابت شده است از این جهت بوده که رئیس‌جمهور نیز تحت تاثیر دروغ‌پردازها قرار گرفته بود. مسلمی‌نائینی، مدیرکل بورس وزارت علوم دولت دهم 18 آذر در گفت‌وگو با «وطن امروز» در این‌باره گفته بود: متاسفانه رئیس‌جمهور هم تحت‌الشعاع این جو قرار گرفت و حرف‌‌‌هایی زد که واقعا نادرست بود. اینکه بیایند با یک عده جوان این کارها را بکنند و بعد بگویند آقا وزیر را کنار گذاشته‌اند به‌خاطر اینکه بحث بورسیه‌ها را مطرح کرده بود، نادرست بود. وزیر به دلایل دیگری کنار رفت؛ به دلیل برگرداندن افراد مسأله‌دار به وزارتخانه استیضاح شد. مسلمی‌نائینی همچنین درباره پشت‌پرده این ادعای دروغ بیان کرد: «هدف اصلی این دروغ‌پردازی ممانعت از ورود نیروهای نخبه پاک و انقلابی به بدنه دانشگاه بود؛ این هدف اصلی از این دروغ‌پردازی بود. البته اینکه بگوییم همه اینها حزب‌اللهی بودند، نه! اینطور نبود؛ اصلاح‌طلب هم بین این بورسیه‌ها بود. اما ویژگی همه این دانشجویان این بود که می‌خواستند خدمت کنند. واقعا می‌خواستند خدمت کنند. تعدادی از همین‌ها که فارغ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌التحصیل شدند منبع و منشأ خدمات زیادی شدند و جالب اینکه برخی از همین بورسیه‌ها الان جزو مدیران دولتی هستند!»