پس از استعفای مهدی تاج از ریاست فدراسیون فوتبال، بین وزارت ورزش و برخی اعضای هیأت‌رئیسه این فدراسیون درباره زمان برگزاری انتخابات اختلاف نظر وجود دارد. جلسه اضطراری هیات‌رئیسه فدراسیون فوتبال پس از استعفای مهدی تاج، روز دوشنبه برگزار شد؛ جلسه‌ای که از ساختمان فدراسیون به ساختمان وزارت ورزش و جوانان منتقل و تکلیف فدراسیون پس از استعفای تاج مشخص شد. یکی از مهم‌ترین این تصمیمات سرپرستی حیدر بهاروند بود که از این پس و در غیاب نایب رئیس اول (به دلیل استعفای علی کفاشیان) به عنوان نایب‌رئیس دوم امور فدراسیون را در دست دارد. مهم‌ترین مأموریت حیدر بهاروند که اکنون نفر اول فدراسیون فوتبال است، برگزاری انتخابات خواهد بود؛ انتخاباتی برای مشخص شدن جانشین مهدی تاج به عنوان رئیس فدراسیون تا فدراسیون از شرایط بغرنج خارج شود. فدراسیونی که اکنون در آستانه یکی از مهم‌ترین رویدادهایش که انتخابی المپیک 2020 توکیو است، رئیس خود را از دست داده اما در چند ماه پیش‌رو بازی‌های مهم دیگری هم در برنامه خواهد داشت؛ مسابقات انتخابی جام‌جهانی 2022 قطر که مسلماً مهم‌ترین رویداد فوتبال ایران در سال 99 خواهد بود. وضعیت نامناسب تیم‌ ملی در جدول گروه C هم این بازی‌ها را حساس‌تر می‌کند و نداشتن سرمربی و بلاتکلیفی تیم ملی، اوضاع را وخیم ‌تر کرده است.

وزارت ورزش بر این عقیده است که انتخابات فدراسیون فوتبال باید پیش از موعد مقرر و تا پایان سال 98 برگزار شود. این موضوعی است که مهدی علی‌نژاد، سرپرست معاونت ورزش قهرمانی و حرفه‌ای وزارت ورزش و جوانان نیز به آن اشاره کرده و درباره زمان احتمالی برگزاری انتخابات فدراسیون فوتبال گفته است: «هیات‌رئیسه فدراسیون فوتبال باید در این‌باره تصمیم‌گیری کند و فکر می‌کنم ظرف چند روز آینده زمان برگزاری انتخابات را مشخص کنند». محمود اسلامیان، عضو هیات‌رئیسه فدراسیون فوتبال نیز از تأکید وزیر ورزش بر برگزاری هر چه زودتر انتخابات صحبت کرده اما در عین حال گفته با توجه به مشکلات پیش‌رو بعید است انتخابات به این زودی برگزار شود. واقعیت این است که وزارت ورزش تأکید دارد بهاروند پس از قرار گرفتن در رأس فدراسیون، مقدمات برگزاری انتخابات را فراهم کند. این در حالی است که برخی اعضای هیأت‌رئیسه فدراسیون فوتبال مخالف این موضوع هستند و تمایل دارند انتخابات در همان تاریخ 18 اردیبهشت 99 برگزار شود. با این شرایط اکنون اختلاف نظر بر سر برگزاری انتخابات پیش از سال 98 یا در همان اردیبهشت 99 است و باید دید در نهایت کدام طرف می‌تواند حرف خود را به کرسی بنشاند. پرونده فسخ قرارداد مارک ویلموتس، انتخاب سرمربی برای تیم ملی، پشتیبانی از تیم ‌ملی در انتخابی جام‌جهانی 2022 قطر، مراودات مالی فدراسیون فوتبال با فیفا و مسائل مهم دیگر همه در گرو انتخاب رئیس فدراسیون فوتبال است و به نظر نمی‌رسد به تعویق افتادن انتخابات ثمری برای این فدراسیون داشته باشد. چه‌بسا شاید هر روزی که در انتخاب رئیس تعللی صورت بگیرد، ماجرای ویلموتس و فدراسیون فوتبال پیچیده‌تر شود و فدراسیون در شرایط بدتری قرار بگیرد.