عملکرد سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها در سال مالی منتهی به ۳۰ اسفندماه ۱۳۹۹ مورد رسیدگی دیوان محاسبات کشور قرار گرفت. 

بر اساس این گزارش، از مجموع منابع مصوب تبصره ۱۴ قانون بودجه سال ۱۳۹۹ (منابع سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها) حدود ۱۷۸ هزار میلیارد تومان معادل ۷۱ درصد محقق شده که از این مبلغ، حدود 3/47 هزار میلیارد تومان به شرکت‌های مشمول اختصاص یافته است. 

بررسی‌ها نشان می‌دهد طی سال ۱۳۹۹ جمعا حدود ۳۰ درصد از منابع سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها (پس از کسر سهم شرکت‌های مشمول) به منظور پرداخت یارانه نقدی به طور مستقیم به حساب مشمولان (بالغ بر ۷۸ میلیون نفر) واریز شده که معادل ۹۸ درصد جمعیت آخرین سرشماری صورت گرفته است. 

نکته‌ قابل توجه اینکه به علت عدم تحقق ۱۰۰ درصدی منابع سازمان هدفمندی یارانه‌ها، ۸۷ درصد از سهم تولید و اشتغال و ۲۴ درصد یارانه نان و خرید تضمینی گندم محقق نشده است.  بر اساس گزارش دیوان محاسبات کشور، در سال ۱۳۹۹ مبلغ حدودا 5/32 هزار میلیارد تومان تحت عنوان بسته حمایت معیشتی ناشی از افزایش قیمت بنزین به حساب مستقیم حدود ۶۰ میلیون نفر واریز شده؛ در حالی که مبلغ وصولی از محل افزایش قیمت بنزین مبلغ حدود 9/28 هزار میلیارد تومان بوده و مابه‌التفاوت مبلغ پرداختی با مبلغ وصول شده از محل هدفمندی یارانه‌ها پرداخت شده که مغایر حکم تبصره ۱۴ است.  یافته‌های دیگر این گزارش حاکی است در راستای عمل به مصوبه ستاد ملی مقابله با کرونا مبنی بر پرداخت یارانه کمک معیشتی کرونا به ۴۰ میلیون نفر، از ۳ بانک تجارت، ملت و صادرات بابت ۴ ماه پایانی سال ۱۳۹۹ مبلغ 5/14 ‌هزار میلیارد تومان به حساب سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها واریز شده و در مقابل، بخشی از سهام دولت در شرکت‌های بورسی به بانک‌های مذکور واگذار شده است.  بخش دیگر گزارش دیوان محاسبات کشور نشان می‌دهد وظیفه قانونی حذف ۳ دهک بالای درآمدی که قرار بود توسط وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی انجام شود، اجرایی نشده است.  همچنین تکلیف قانونی مبنی بر پرداخت ۱۵ روز یک بار سهم قانونی به شرکت‌های ذی‌مدخل توسط سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها رعایت نشده؛ موضوعی که مغایر حکم تبصره ۱۴ است.