اجرایی شدن سیستم نسخه‌های الکترونیک هرچند مزایای خاص خودش را دارد اما در گام اول باید اطلاعات محرمانه بیماران را محفوظ نگه دارد. رئیس هیات‌مدیره نظام پزشکی تهران بزرگ در این باره گفت: متأسفانه در اجرای نسخه الکترونیک، محرمانگی اطلاعات به اندازه کافی دیده نشده و به ‌صورت غیرقانونی اطلاعات‌فروشی و پلتفرم‌فروشی اتفاق افتاده است. بخش‌های واسطه‌ای متعددی در این حوزه ورود کرده‌اند و اطلاعات پزشکان و مهم‌تر از آن اطلاعات بیماران و نسخ بیماران را در اختیار دارند. بنا به اعلام فارس، سیدموید علویان درباره مشکلات اجرای نسخه‌ الکترونیک در کشور گفت: امروز این موضوع به یک چالش مهم در حوزه سلامت تبدیل شده است. در قانون بودجه سال ۱۴۰۰ جزء ۶ بند «ک» تبصره ۱۷، سازمان‌های بیمه‌گر منع شده‌اند که خارج از طرح پرونده الکترونیک، خدمات سلامت را خریداری کنند که در عمل این اتفاق نیفتاده است. ما به قانون اشراف داریم و آنچه از سوی مدیران بیمه‌ها بیان می‌شود نه واقعیت دارد و نه منطبق بر قانون است.  وی افزود: سازمان‌های بیمه‌گر باید حافظ منافع مردم باشند اما حالا با اجرای ناقص این برنامه نارضایتی بیماران و ارائه‌دهندگان خدمت افزایش یافته است. کیفیت خدمات و ویزیت‌ها هم کاهش داشته و طبیعی است در این میان مردم بیشترین آسیب را می‌بینند. با این شیوه، پوشش بیمه‌ای خدمات در بسیاری از مراکز ارائه‌دهنده بهداشتی و درمانی حذف شده و بسیاری از آزمایشگاه‌ها و داروخانه‌ها به دلیل مشکلات متعدد از ارائه خدمات در قالب بیمه خودداری می‌کنند، بنابراین وظیفه اصلی بیمه‌ها برای حفظ منافع مردم و بیمه‌شدگان عملا انجام نمی‌شود. 

علویان ادامه داد: از بخش‌های نظارتی، بازرسی و امنیتی کشور انتظار می‌رود هرچه زودتر به این حوزه ورود کنند و ‌موضوع امنیت اطلاعات محرمانه بیماران و بیمه‌شدگان را بسیار جدی بگیرند.