یکی از اصلی‌ترین مشکلات گوشی‌های آیفون برای کاربران ایرانی، محدود بودن برخی امکانات و قابلیت‌های این گوشی موبایل برای ایرانی‌هاست؛ در واقع شرکت اپل با تبعیت از تحریم‌های ظالمانه ایالات متحده آمریکا، استفاده از محصولاتش را برای ایرانیان بشدت دشوار کرده است. امروز قطعا هر کدام از کاربران ios (سیستم عامل گوشی‌های آیفون) در ایران با محدودیت‌هایی روبه‌رو هستند که اختلال‌های دانلود یا محدودیت دانلود برای ایرانی‌ها جزو متداول‌ترین این مشکلات است.  جالب آنکه با وجود برخی محدودیت‌های آزاردهنده، همچنان برخی هموطنان‌مان مشتری دو‌آتشه این نوع گوشی‌ها هستند. محدودیت‌هایی از جمله حذف اپلیکیشن‌های ایرانی از «اپ استور» توسط اپل، پیچیدگی‌های ساخت «اپل آیدی»، هزینه‌های گزاف خرید «گیفت کارت» یا به‌ طور کلی نداشتن امکان دانلود رایگان برنامه‌های پولی اپ استور، موانع سخت مربوط ‌به نقل و انتقالات ارزی، تحریم‌های موجود و صدها مشکلات ریز و درشت دیگر از این جمله است. 

یکی دیگر از مشکلات آیفون در ایران، خرید نرم‌افزار است. برای اینکه بتوانید نرم‌افزاری را بخرید و آن را روی گوشی خود نصب کنید، باید حساب کاربری شما با آدرسی جز ایران ثبت شده باشد. همچنین برای خرید نرم‌افزار، اپل پول ایران را هم از شما قبول نمی‌کند و بتازگی اپل برای آپدیت کردن برنامه‌های رایگان هم مشکلاتی را برای کاربران ایرانی به وجود آورده است. بنابراین شما برای استفاده از نرم‌‌افزارهای اپ استور در حالت عادی هیچ راهی نخواهید داشت و باید حتما از روش‌ها و ترفندهایی برای دور زدن اپل استفاده کنید تا متوجه نشود شما یک ایرانی هستید. از طرفی به دلیل وجود تحریم ایرانیان، برای دانلود کردن برخی برنامه‌ها و اپلیکیشن‌ها با مشکلاتی مواجه خواهید شد، بنابراین برای اینکه بتوانید برخی مشکلات را دور بزنید حتما باید از فیلترشکن یا نرم‌افزارهای تغییردهنده آی‌پی استفاده کنید. 

از مشکلات جدید آیفون در ایران که به دلیل تحریم‌ها ایجاد شده است، پاک کردن برخی اپلیکیشن‌های ایرانی از اپ استور است. بنابراین شما بسیاری از برنامه‌های ایرانی نظیر اسنپ، موبایل بانک‌ها و... را نمی‌توانید استفاده کنید و برای استفاده از این برنامه‌ها باید سراغ برنامه‌های جایگزین اپ استور مانند سیب اپ بروید که ایرانی است و برنامه‌های ایرانی را ساپورت می‌کند. البته مشخص نیست تا چه زمانی این برنامه‌های جایگزین به شما کمک کند و ممکن است هر لحظه اپل برنامه‌های جایگزین ایرانی را هم تحریم کند. 

این در حالی است که گوشی‌های اپل به صورت معمول، از گران‌قیمت‌ترین گوشی‌های بازار به حساب آمده و زمانی که شما نتوانید از امکانات این آیفون استفاده کنید، این موضوع برای شما آزاردهنده خواهد بود. یکی دیگر از محدودیت‌های گوشی‌های آیفون در ایران مربوط به خدمات پس از فروش و گارانتی است. در ایران، اپل هیچ نمایندگی رسمی ندارد و در صورت بروز مشکل برای گوشی، باید آن را به خارج از کشور بفرستید تا بتوانید از گارانتی و خدمات پس از فروش آن استفاده کنید. در بسیاری از مواقع شرکت اپل در صورت بروز مشکل همگانی، گوشی‌های خود را به صورت رایگان تعمیر می‌کند اما ایران که فاقد نمایندگی است، از این امکانات محروم است. در خاورمیانه نیز فقط کشور امارات است که دارای نمایندگی رسمی خدمات و گارانتی اپل است.