زمانی که شیخ ‌فضل‌الله به دستور آیت‌الله‌العظمی میرزا حسن شیرازی به ایران آمد، استعمار انگلیس با عقد قراردادهایی از قبیل سیم تلگراف، راه شوسه، راه‌آهن‌سازی، بانک شاهی و امتیاز دارسی به دنبال آن بود تا بیشترین بهره از منابع و منافع ایران را عاید خود کند. شیخ  ‌پس از بررسی اوضاع و احوال کشور در صدد مقابله با نفوذ فرهنگی بیگانه برآمد. اقدامات وی مصادف با فعالیت‌های ملکم‌خان ناظم‌الدوله بود که پایه‌گذار فراماسونری در ایران بود. با این حال شیخ ‌فضل‌الله نوری دریافته بود که نفوذ فرهنگی استعمار ارکان دین و استقلال اقتصادی، سیاسی و فرهنگی را تهدید خواهد کرد، لذا در فعالیت‌های خود مردم را به دوری از مظاهر کفر و پیروی بیگانگان فرا می‌خواند. حضور فعالانه در جنبش تحریم تنباکو از جمله اقدامات شیخ ‌فضل‌الله در راستای مبارزه با استعمار به حساب می‌آید. در جریان جنبش مشروطه نیز شیخ ‌فضل‌الله نوری سخنی جز پیشبرد مشروطه در چارچوب دین نداشت.

دفاع از استبداد، دنیاگرایی، منفعت‌طلبی، تحجر، مجرمیت سیاسی و... از جمله اتهاماتی است که جریان غربگرای مشروطه متوجه شیخ ‌فضل‌الله نوری می‌کند اما اندیشه و عمل سیاسی شیخ ‌شهید عطف به اعتقادات مذهبی‌ و شریعتمداری وی در سطحی محدود ملحوظ نظر قرار گرفته و این جملگی در حالی است که تمام مواضع شیخ ‌ و اندیشه‌پردازی‌های او معطوف به نگاه حداکثری‌اش به دین بود و انتظارات او از مشروطه که در قالب «مشروطه مشروعه» پیگیری شد، گونه‌ای انتظار حداکثری از دین را گزارش می‌کند.

اساسا شیخ فضل‌الله، مشروطه را حق طبیعى و مسلم ملتى مى‌دانست که قرن‌ها تحت سیطره حکام مستبد بودند.

 اما او با مشروطه چه هدفی را دنبال می‌کرد؟ آرمان مطلوب شیخ‌فضل‌الله تشکیل عدالتخانه‌ای در چارچوب شرع بود و او هیچگاه از این آرمان جدا نشد. شیخ هر قدر نسبت به مشروطه نگران بود، در حمایت از عدالت‌خانه قاطع و استوار مى‌نمود.

از همین رو اولین گام مؤثر شیخ در مقابله با افراطى‌گرى‌هاى طیف غربگراى مشروطه‌خواه، طرح شعار معروف «مشروطه مشروعه» بود. منظور شیخ از طرح این شعار، تطبیق قوانین و مصوبات مجلس با موازین دینى بود. در گام بعدى، شیخ با بى‌اثر دیدن مبارزات مسالمت‌آمیز، دست به تحریم مشروطه زد و کوشید با مبارزه از نوع منفى، نهضت را به اصل اولیه خود نزدیک کند. او مى‌خواست مشروطه را از بى‌قیدى، به مشروعه و مجلس را از افراطى‌گرى به عملکرد عقلانى رهنمون سازد و جلوى اشاعه بیش از پیش هرج و مرج را بگیرد.

شیخ‌فضل‌الله از آن جهت با مشروطه مورد نظر غربگرایان ‌به ستیز برمی‌خیزد که ارائه‌کنندگان و طراحان این اندیشه را وامداران دنیای غرب می‌داند و به لحاظ آبشخور فکری، ایشان را مادی‌گرا و سرانجام دستاورد مشروطه‌خواهی و قانون‌طلبی ‌آنها را خروج جامعه مسلمان از دایره اسلام می‌داند.

بنا بر نوشته کتاب کارنامه شیخ ‌فضل‌الله، به اعتقاد شیخ شهید و هم‌‌فکرانش، نسخه‌ پارلمانتاریسم مطلقه غربى - اگر درست و دقیق هم اجرا مى‌شد - باز با مزاج و طبع خاص جامعه آن روز ایران مساعد نبود و استقرار آن در این کشور حاصلى جز بسط دامنه آشوب، فروپاشى قدرت مرکزى و نهایتا هموار شدن راه سلطه بیگانه نداشت.

در نگاه شیخ ‌فضل‌الله مفاهیمی چون مشروطه، مجلس، قانون، آزادی، مساوات و... به‌رغم آنکه موضوعاتی پسندیده و شایسته‌ پیگیری و تحقق بودند، جملگی باید بر مدار اصول و قوانین اسلام تعریف و متحقق می‌شدند. بر همین اساس هم بود که شیخ ‌شهید اصرار به مشروطه مشروعه داشت. در نتیجه، همین تفکرات دینی شیخ ‌فضل‌الله بود که باعث شد جریان غربگرای مشروطه‌خواه، او را زندانی و پس از محاکمه نمایشی، در سیزدهم رجب اعدام کند.

* دستگیری و اعدام شیخ فضل‌الله نوری

بنا بر گزارش مرکز اسناد انقلاب اسلامی، با قطعیت یافتن حکم دستگیری شیخ به بهانه همکاری با استبداد و عناد با مشروطیت، عده‌ای قریب به 80- 70 نفر از مجاهدان مسلح ارمنی به فرماندهی یوسف‌خان ارمنی به خانه مجتهد بزرگ تهران یورش بردند و ضمن محاصره آنجا، از دیوارها به داخل خانه رفتند. به گفته نادعلی پیشکار شیخ: «آقا در کتابخانه بودند و حال نداشتند؛ وقتی صدای حمله مجاهدین را شنید، فرمود چه خبر است؟ در این وقت رئیس مجاهدین جلو آمد و گفت: آقا بفرمایید با هم برویم. آقا به در و بام نگاه کرد و فرمود این همه تفنگچی برای گرفتن من یک نفر؟! سپس در میان شیون و زاری و ناله اهل خانه، یوسف‌خان دست ایشان را گرفت و کشان‌کشان بیرون آورد و توی درشکه انداخت. فرمان حرکت داد، سواران مجاهدین دور درشکه را گرفتند و یکسره شیخ را به اداره نظمیه در میدان توپخانه بردند...».

به گزارش محمدعلی شوشتری از شاهدان عینی ماجرا و نماینده مجلس شورای ملی، محاکمه‌ای از مرحوم شیخ به عمل نیامد. در جلسه‌ای ابراهیم زنجانی چند سوال از مرحوم شیخ کرد که مورد استهزا و تمسخر وی قرار گرفت و بلافاصله زنجانی حکم دار مرحوم نوری را داد.

شیخ: بسم‌الله الرحمن الرحیم. بفرمایید ببینم با محمدعلی میرزا چه کردید؟

زنجانی: این به شما مربوط نیست.

شیخ: محمدعلی میرزا شاه بود و رأس استبداد. در ظاهر هم که مشروطه مخالف استبداد است. چطور است که به او امان داده‌اید از ایران خارج شود و تمام قتل و غارت‌های او را بی‌ملاحظه، ندیده گرفتید؟ مقرری هم تعیین کرده‌اید؛ سالانه 100 هزار تومان برای او بفرستید، آیا این همان حرفی نیست که ما از اول می‌زدیم؟ مشروطه‌ای که در سفارت انگلیس به عمل بیاید عاقبتی جز این ندارد.

زنجانی: فرصت کم است، از خودتان دفاع کنید؟

شیخ فضل‌الله: و اما با عین‌الدوله چه کردید؟ به خاطر معاونت در کشتار و ظلم بی‌حد مردم، شما که می‌دانید چه کسی باعث شد مردم ایران در گوشه و کنار دختران خود را بفروشند!

زنجانی: وصیت خود را بگویید؛ به شما مربوط نیست که ما با دیگران چه کرده‌ایم.

شیخ فضل‌الله: بهتر است به عین‌الدوله یک پست وزارت بدهید؛ از امثال او خوب برمی‌آید! اما با لیاخوف چه کردید؟ دیگر مجلس را که من به توپ نبستم، مردم تهران را که من نکشتم، با او چه کردید؟ شنیده‌ام او هم به حضور سپهدار و سردار اسعد رسیده، شمشیر خود را باز کرده و تسلیم به زمین انداخته و سردار اسعد مجدداً شمشیر را به کمر او بسته! این را چه می‌گویید؟

زنجانی: او به وظیفه سربازی خود عمل کرده است.

شیخ: پس تنها به وظیفه اسلامی ‌عمل کردن جرم است! غرض من این است که بگویم مشروطه‌ای که با پناه بردن به اجنبی‌ پیش برود، پیروزی‌اش را هم مستبدین جشن می‌گیرند. اگر شما مرا خواهان استبداد می‌دانید که می‌دانیم نمی‌دانند و در دل‌تان به این امر واقفید، چرا با من لااقل همان رفتاری را نمی‌کنید که با محمدعلی میرزا و عین‌الدوله و لیاخوف کردید؟ اما می‌دانید که از من خواسته شده بود به سفارت روسیه و عثمانی پناه ببرم و جانم در امان باشد و باز هم می‌دانید که من نپذیرفتم. خودتان هم گفتید که من از اول با مشروطه همراه بودم اما بعداً جدا شدم و دلیل جدایی را هم می‌دانید.

زنجانی: دیگر بس است، او را به میدان توپخانه ببرید. وصیتی نداری؟

شیخ: نماز ظهرم را خوانده‌ام. نماز عصر مانده است.

زنجانی: این مردم کارهای مهم‌تر از نماز تو دارند. بیهوده نباید آنها را معطل گذاشت.

نهایتا پس از حکم ابراهیم زنجانی مبنی بر اعدام شیخ فضل‌الله، شیخ شهید را در مقابل چشمان ساکت جمعیت حاضر در میدان توپخانه، دار می‌زنند. به دار آویخته شدن شیخ شهید که نشان از عمل انحراف در مشروطه داشت، عواقب جبران‌ناپذیری را برای مردم ایران رقم زد.

اعدام شیخ اثرات خیلی بدی در پی داشت. بخشی از متدینان که با مشروطه همراهی می‌کردند، با اعدام شیخ دچار تردید شدند. در حوزه نجف این تردید خیلی جدی‌تر شده و منجر به مرزبندی‌های جدی و سختی بین مراجع و علما شد. اعدام شیخ فضل‌الله نوری در بین نیروهای مذهبی نیز بشدت انفعال ایجاد کرد. بویژه اینکه در عصر همان روزی که شیخ فضل‌الله را به شهادت رساندند، فرزند اسدالله خرقانی با چاپ یک مطلبی در نشریه حبل‌المتین به سایر علما هشدار داد که شما هم اگر بخواهید این کار را، یعنی مخالفت با ما(جریان غرب‌گرای مشروطه) را دنبال کنید، به همین سرنوشت دچار می‌شوید. مرحوم آیت‌الله سیدعبدالله بهبهانی نیز به سرنوشت شیخ شهید دچار شد. همچنین بنا بر روایتی، مرحوم آخوند خراسانی نیز همچون شیخ فضل‌الله نوری به دست جریان غربگرا از میان برداشته شد. پس از شهادت شیخ فضل‌الله نوری، جریان دینی و جامعه متدین دچار یک انفعال و سرخوردگی شد که مخالفت با مشروطه را در پی داشت. از طرفی اعدام شیخ فضل‌الله نوری باعث شد جریان سکولار و افراطیون غربگرا در ریختن خون علما و در تهدید علما جدی‌تر شوند. به عنوان مثال در تبریز اعلامیه‌هایی با جوهر قرمز منتشر شد و در آن اعلام شد دوره شرع کهنه محمدی به سر رسیده است و اگر علما بخواهند بر اجرای شریعت اسلامی اصرار کنند، ما تک‌تک‌شان را به دار می‌کشیم. این موارد عاقبتی بود که شیخ فضل‌الله ثانیه‌هایی پیش از شهادت به آن اشاره کرد و گفت امروز از سر من عمامه برداشتند، فردا از سر همه شما عمامه بر می‌دارند.

در همین رابطه رهبر انقلاب اسلامی در بیاناتی که سال 1384 داشتند، درباره این موضوع فرمودند: «ملتی که در شهر تهران ایستادند و تماشا کردند که‌ مجتهد بزرگی مثل شیخ فضل‌الله نوری را بالای دار بکشند و دم نزدند؛ دیدند که او را با اینکه جزو بانیان و بنیانگذاران و رهبران مشروطه بود، به جرم اینکه با جریان انگلیسی و غربگرای مشروطیت همراهی نکرد، ضد مشروطه قلمداد کردند- که هنوز هم یک عده قلمزن‌ها و گوینده‌ها و نویسنده‌های ما همین حرف دروغ بی‌مبنای بی‌منطق را نشخوار و تکرار می‌کنند - 50 سال بعد چوبش را خوردند: در همین شهر تهران مجلس موسسانی تشکیل شد و در آنجا انتقال سلطنت و حکومت به رضا شاه را تصویب کردند. آنها یک عده آدم خاص نبودند؛ این یک گناه ملی و عمومی بود».

امام خمینی نیز در ارتباط با اعدام شیخ فضل‌الله نوری می‌فرمایند: «در دوران مشروطه... یک عده‌ای که نمی‌خواستند در این کشور اسلام قوه داشته باشد... جوسازی کردند به طوری که مثل مرحوم آقا شیخ فضل‌الله که آن وقت یک آدم شاخصی در ایران بود و مورد قبول بود همچو جوسازی کردند که در میدان علنی ایشان را به ‌دار زدند و پای آن هم کف زدند و این نقشه‌ای بود برای اینکه اسلام را منعزل کنند و کردند. و از آن به بعد دیگر نتوانست مشروطه یک مشروطه‌ای باشد که علمای نجف می‌خواستند، حتی قضیه مرحوم آقا شیخ فضل‌الله را در نجف هم یک جور بدی منعکس کردند، که آنجا هم صدایی از آن در نیامد».

بررسی، تحلیل و تبیین علل و عوامل مظلومیت و شهادت شیخ فضل‌الله نوری باید مورد دقت و تفحص قرار گیرد چون شیخ یک فرد نیست، حتی صرفا یک عالم، فقیه و مجتهد نیست، بلکه ایشان «یک جریان فکری سیاسی اسلامی» است که در تقابل با سوسیالیست‌ها‌، نهیلیست‌ها، ناسیونالیست‌ها، بابیان، بهائیان و در نهایت استعمار و عوامل آن قرار داشت. اتحاد جریان‌های سکولاریسم در مشروطیت علیه شیخ در حقیقت علیه کلیت دین، مرجعیت و روحانیت بود.