چنانکه علامه طباطبایی در شرح اصول فلسفه ابتدا بدایه‌الحکمه و آنگاه نهایه را به تحریر درآورده تا نشان دهد حکمت، روندی خطی است که نمی‌توان از هر جایی بی‌مقدمه وارد آن شد. 

سوال مهمی که در همه پژوهش‌های «تطبیقی» پیش می‌آید این است: واقعا چرا باید ارتباط فیلسوفی از غرب با فلسفه اسلامی که از هیچ تحولی در آن آگاه نیست، موضوع یک پژوهش دانشگاهی باشد؟ بیان ارتباط کانت با شیخ‌الرئیس یا هایدگر با کل فلسفه اسلامی بنا است چه افق جدیدی را باز کند؟ یا به کدامین پرسش ما جواب دهد؟ در اغلب این تحقیقات، مساله صرفا این است که یکی را ملاک قضاوت بر دیگری می‌گیرند. مثلا گویی کانت یا ابن‌سینا جامع حقیقتند و هر دیگری را باید با این خزینه سنجید. در برخی موارد بوی نامطبوع غرب‌زدگی پنهانی به مشام می‌رسد. نویسنده ظاهرا دنبال نشان دادن هوش و فراست فلسفی یک فیلسوف مسلمان و ایرانی است اما این کار را با معیار کانت و هگل انجام می‌دهد؛ مثلا سعی می‌کند نشان دهد مقولات ثانی و اولی در فلان فیلسوف مسلمان هم‌قرین مساله مقولات نزد کانت است. گویی که کانت در قله‌های معرفت ایستاده و حالا اگر ما نشان دهیم که سهروردی و دیگری چیزی قرین نظرات او گفته، فیلسوف خودمان را هم تا اندازه او بزرگ کرده‌ایم. کسی نمی‌پرسد گیریم اینها هر دو اصلا یک جور فکر کرده‌اند؛ ثم ماذا؟ مگر فلسفه، جایی بیرن از تاریخ و نسبت با هستی رخ می‌دهد که این تطابق را همین جور سرسری اثبات کرده و آن را جشن بگیریم؟ اگر کانت و فلان فیلسوف ما به مساله واحدی اندیشیده‌اند، چرا پس تمدن اسلامی - ایرانی به مسیری رفته و غرب به مسیر دیگری؟ گذشته از این، آیا می‌توان گفت فیلسوفان در تقدیرهای تاریخی متفاوت، به مسائل واحدی فکر می‌کرده‌اند؟ یعنی آیا ممکن است هگل در ینا و در آن تقدیر تاریخی که از پس مونادانگاری انسان برآمده به همان چیزی فکر کند که ملاصدرا در قم بدان می‌اندیشیده؟ فلسفه پاسخ است. آنچه فلسفه را به خود می‌خواند، تاریخ و هستی است. 

2- اگر در فلسفه به مثابه پاسخ، تطبیق ممکن باشد، باید به معنای دقیق کلمه تاریخی باشد. یعنی اینکه باید بدانیم تطبیق فلسفی بیانگر خط اتصال گذشته - آینده است. ما چگونه می‌توانیم از موضع فلسفه اسلامی - ایرانی با هایدگر مواجه شویم؟ یکی این است که مساله کلاسیک وجود و ماهیت را پیش رو گذاشته و با معیار هایدگر به جنگ آن رویم یا آن مساله را ملاکی برای خواندن هایدگر گردانیم. آیا وقتی خود هایدگر در مقاطع متفاوتی تکلیفش را نه‌تنها با ارسطو بلکه با همین تمایز وجود و ماهیت مشخص کرده، جایی برای مداقه می‌ماند؟ حتی اگر خود او هم نمی‌گفت که تمایز میان وجود و ماهیت، عمیقا کاری متافیزیکی و از توالی ظهور فکر یونانی پساهراکلیتی است، ما خود می‌توانستیم دریابیم که تمایز وجود و ماهیت دیر یا زود سر از نوعی سوژه‌باوری در می‌آورد. تازه در اینجا مساله هایدگر و فلسفه اسلامی قدری موضوعیت دارد، چون دست کم خودش در درس‌گفتارهای مسائل بنیادین پدیدارشناسی و پایان فلسفه به آن اجمالا پرداخته ولی مساله این است که تمایز وجود و ماهیت را بخش مهمی از وضعیت متافیزیک غربی شمرده. با این تفاسیر تکلیف ما نیز در روایت هایدگر از تاریخ فلسفه معلوم می‌شود: اگر تمایز وجود و ماهیت از مبانی شکل‌گیری سوژه مدرن شده، پس تکلیف امثال ابن سینا که احتمالا منشأ شکل‌گیری این تمایز در میان مسیحیان بوده‌اند نیز معلوم است.

3- هدف این نیست که بگویم چون ما در روایت هایدگر بخشی از مشکل هستیم، پس تاریخ فلسفه خود را رها کنیم. بحث این است که تطبیق کاری پژوهشی است اما نه‌میان فیلسوفان، بلکه میان افق‌ها. متفکر نه تنها در افق می‌اندیشد و بدان پاسخ می‌دهد، بلکه اگر بزرگ باشد می‌تواند در کلام و تفکرش، خالق افق‌های باز بدیعی باشد. خود هایدگر این شأن را در  درآمد به متافیزیک به متفکر داده و به نظر همین می‌تواند راهی برای فهم تطبیقی او با ما نیز باشد. پرسش ما نباید این باشد که آیا فلسفه اسلامی با هایدگر قرین است یا بعید. سوال اصلی این است که آیا فلسفه اسلامی ‌- ایرانی امکانات گشایش افقی نو برای انسان معاصر را دارد یا نه؟ مساله بر سر تاریخ مفاهیم شکل‌دهنده فلسفه اسلامی نیست؛ مساله آینده است؛ آیا فلسفه اسلامی راهی به جانب آینده می‌گشاید؟ آیا می‌توان امکانات رهایی آن را در صورت وجود فعال کرد و جهانی نو طرح انداخت؟ اینها پرسش‌هایی هایدگری هستند و دقیقا همین قسم پرسیدن است که به فعالیت تطبیق فلسفی میان ما و متفکری که پایان امکانات غرب را اعلام کرده، معنا می‌دهد و چه بسا آن را ضروری می‌کند. اگر کسی مدعی است که فلسفه اسلامی - ایرانی در قرائتی خاص هنوز بدیع و بیرون از افق متافیزیک باقی مانده، باید نشان دهد دقیقا همین وجه از فلسفه ما است که می‌تواند رهایی‌بخش شود. اگر بخواهیم با فلسفه اسلامی و نظام مقولاتی آن جهان امروز را توضیح دهیم، تقریبا نمی‌توانیم. مگر اینکه بگوییم این همان کاری است که هایدگر آن را به تفصیل و دقت بیان کرده و توالی منطقی آن را نشان داده است.

4- اما آیا در تخیل یک آینده هم ناتوانیم؟ آن هم آینده‌ای که هایدگر نیز این اواخر درموردش به سکوت و تحفظ بسنده کرده بود؟ مساله اینجاست؛ آیا فلسفه اسلامی می‌تواند مبادرت به تخیل آینده کرده و مدعی شود فلسفه تاریخ آن هنوز قدرت‌هایی برای خلق وضعیت جدید دارد؟ به نظر می‌آید ما نمی‌توانیم دیگر عمل تطبیق را با نظر به توضیح وضعیت امروز جهان انجام دهیم (که البته همین را هم که فعالیت پژوهشی پیچیده‌تری است اغلب نمی‌کنیم). این جهان ماحصل روند منطقی تقدیر غربی است که البته ما هم در حاشیه جهان مقدر به آن شده‌ایم، لذا توضیحش نیز از درون همان تقدیر میسر می‌شود اما آینده برای آن تقدیر فروبسته است. به اعتبار هایدگر، دیگر تاریخ غربی، چیزی از درون تقدیرش برای نو کردن جهان ندارد، نیروی نفی از حرکت ایستاده و غرب به پایان یا غایت خود رسیده است. تطبیق ما با غرب باید ناظر به آینده باشد؛ ما هنوز واجد نیروی نفی هستیم و همین به ما امکان تخیل داده است. سوال مهم‌تر؛ آیا فلسفه اسلامی همین نظام مسائل است با چند قاعده خاص و قرائت دیگری از آن ممکن نیست؟ قرائتی که بتواند تخیل جهان را در سامان دیگری تخیل کند؟