بحث «دروغ یک میلیارد دلار» که در اوج مبارزات انتخاباتی سال 88 باعث ایجاد ذهنیت‌های منفی درباره دولت شد، یکی از عواملی بود که باعث گلایه‌های رئیس‌جمهور در دیدار اعضای کمیسیون90 مجلس شد. محمود احمدی‌نژاد طی جلسه‌ای با اعضای هیات‌رئیسه کمیسیون اصل 90 مجلس، ضمن گلایه به برخی سخنان درباره رابطه دولت با قوه مقننه به انتقاد از برخی عملکردهای مجلسی پرداخت که سال گذشته در بحث جابه‌جایی یک میلیارد دلار کارنامه مبهمی از خود برجا گذاشت. دکتر احمدی‌نژاد در این دیدار که به گفته فارس، هفته گذشته به دعوت هیات‌رئیسه کمیسیون برگزار شد، با اشاره به عدم پیگیری کمیسیون اصل 90 درباره خبر تکذیب شده جابه‌جایی یک میلیارد دلار، تاکید کرد: «اگر کسی اتهام جابه‌جایی یک میلیارد دلار را ثابت می‌کرد راضی بودم دست و گردن مرا قطع کنند».

گلایه رئیس‌جمهور درحالی مطرح می‌شود که کمیسیون اصل 90 - که مسؤول رسیدگی به شکایات اشخاص علیه مسؤولان است- از زمان طرح بحث جا به جایی خلاف قانون یک میلیارد دلار در آستانه انتخابات دهم ریاست‌جمهوری که ضربه‌ای را به دولت نهم وارد کرد، تا بعد از اینکه اتهام تکذیب شد، در این زمینه احقاق حق نکرد. رئیس‌جمهور در ادامه اظهاراتش گفت: بنده به عنوان یک دوست از آقای لاریجانی توقع نداشتم که او بر موضوع جا‌به جایی یک میلیارد دلار صحه بگذارد. حتی زمانی که این موضوع ثابت شد، دیوان محاسبات کل کشور اتهام را درج نکرد؛ آیا در آنجا حق فرد و حق دولت مطرح نبود؟ چرا کمیسیون اصل 90 به این موضوع رسیدگی نکرد؟ طرح بحث جابه‌جایی یک میلیارد دلار درحالی در برهه حساس نزدیک به 22 خرداد از سوی دیوان محاسبات مطرح شد که مخالفان دولت با دستاویز قرار دادن این بحث، عدم پاکدستی دولت را در راستای تخریب و اتهام‌زنی‌های بی‌شمار به دولت القا می‌کردند و حتی پس از آنکه ثابت شد این اتهام، کذب محض بوده، دیوان محاسبات و مجلس از تبرئه دولت از این اتهام نه تنها سر باز زدند که حتی بر تداوم این دروغ تاکید کردند.

احمدی‌نژاد در این جلسه تصریح کرد: بنده آمادگی داشتم هر کسی و در هر محکمه‌ای اگر این موضوع را به اثبات می‌رساند که ما خلافی مرتکب شده‌ایم، دست و گردنم را قطع می‌کردند. رئیس‌جمهور در این جلسه همچنین گفت: بنده همین الان نیز به کمیسیون اصل 90 اعلام می‌کنم برای چندمین‌بار این موضوع یک میلیارد دلار را بررسی کنید و اگر به اندک جا‌به‌جایی خلاف قانون در این رابطه رسیدید، دست یا گردن من را قطع کنید اما اگر دیدید این اتهام، مظلومانه به من وارد شده، حق من بود که حداقل کذب بودن این اتهام را اعلام کنید اما تا به امروز کسی این موضوع را اعلام نکرده است.

در بهمن‌ماه سال 1387 دیوان محاسبات گزارش داد که درآمد مازاد سال ۱۳۸۵ حدود ۲۵ میلیارد دلار بوده که یک میلیارد آن به حساب خزانه واریز نشده است. موضوع جنجالی یک میلیارد دلار در گزارش تفریغ بودجه 1385 اما به‌رغم توضیحات دولت به دیوان محاسبات با سکوت مسؤولان‌ دیوان محاسبات و عدم اعلام برائت دولت از موضوع مواجه شده است. درحالی که طبق بررسی‌ها موضوع اختلاف حساب یک‌میلیارد دلاری بین شرکت‌های تابعه وزارت نفت و بانک مرکزی و خزانه که اعلام شده بود، کاملا شفاف شده و تمام شده است.

بحث تاخیر در عدم ابلاغ 2 قانون توسط رئیس‌جمهور از دیگر بخش‌های مورد سوال از رئیس‌جمهور بود.

قانون «2میلیارد تومان تسهیلات برای قطار شهری» و نیز «قانون حمایت از تولید مسکن» 2 مورد قانون ابلاغ نشده از سوی دولت بوده که هیات‌‌رئیسه کمیسیون اصل 90 آن را عنوان کرده‌اند و رئیس‌جمهور
در توضیحات خود برای عدم ابلاغ این 2 قانون گفت که بر اساس قوانین بالا‌دستی و شرایط توافق شده در موضوعات اجرایی، امکان ابلاغ این 2 قانون نبوده است و خود مجلس نیز به عنوان مرکز تصويب قانون به این نتیجه رسیده که اشتباه کرده بنابراین مجلس نیز به دنبال راه اصلاح می‌گشت. قانون تسهیلات 2 میلیاردی قطار شهری دارای تبعات و خطرات بسیار نامناسبی بوده و قانون حمایت از تولید مسکن نیز در صورت ابلاغ مشکلات فراوانی را به وجود می‌آورده که از جمله در قیمت مسکن و زمین اثر می‌گذاشته است. همچنین سوء‌استفاده در صدور سند زمین‌های روستایی را نیز در پی داشته است. مجلس در طول عمر 2 ساله خود البته بدون توجه به قوانین بالا‌دستی موارد فراوانی از قوانین را به تصویب رسانده که همه آنها با مشکل مواجه است که از آن جمله می‌توان به تصویب بیش از 130 قانون مغایر با شرع و قانون اساسی اشاره کرد. رئیس‌جمهور در این باره گفت: این راه ناصواب و نامناسبی است که مجلس بگوید ما قانون خلاف شرع و خلاف قانون اساسی تصویب می‌کنیم و مجمع تشخیص مصلحت نظام تکلیف آن را روشن می‌کند؛ مگر مجمع تشخیص مصلحت نظام، مافوق شرع و قانون اساسی است؟ و چرا یک مرکز بالا‌دستی دیگری فراتر از قانون اساسی و شرع مقدس در کشور تصمیم‌گیرنده نیست؟ فلسفه وجودی مجمع برای تنگناها و موارد خاص قانونگذاری بود اما هم‌اکنون تبدیل به روش جاری شده است.

بدین ترتیب تذکر احمدی‌نژاد به عدم احاله قانونگذاری به مجمع تشخیص مصلحت درشرایطی صورت می‌گیرد که در بحث وضع قانون تنها مصوبات مجلس شورای اسلامی دارای صلاحیت تقنینی است و هیچ نهاد و ارگان دیگری به موجب قانون اساسی حق وضع قانون را ندارد.

احمدی‌نژاد در بخش دیگری از سخنان خود به نمایندگان مجلس انتقادی را وارد کرد: «بخش عمده‌ای از وقت موثر وزرا گرفتار پاسخگویی به استیضاح و سوال نمایندگان در مجلس می‌شود» که این سوالات اکثرا در موضوعی که از تریبون اعلام می‌شود، نیست و صرفا مطالباتی در رابطه با مسؤولان حوزه انتخابیه آن نماینده است اما چون به آن مطالبات عمل نمی‌شود، نماینده گوشه‌ای از ماموریت اجرایی یک وزیر را مورد بهانه قرار داده و سوال می‌کند. رئیس‌جمهور با ابراز تعجب در این باره که کمترین لغزش یک مقام اجرایی زیر ذره‌بین مراکز نظارتی متعددی از جمله قوه مقننه قرار می‌گیرد، گفت: اگر صدها برابر بزرگ‌تر، تخلفی از یک نماینده مجلس صورت گیرد هیچکس حق تعرض به نماینده مجلس را ندارد، آن هم نماینده‌ای که ممکن است با 6 هزار رای نماینده شده باشد. به گفته رئیس‌جمهوری کسی که با 6 هزار رای نماینده شده خود را مصون و مبرا و نماینده مردم می‌داند اما خود این فرد، رئیس‌جمهور را با بیش از 24 میلیون رای نماینده ملت نمی‌داند! در پایان این جلسه اعضای هیات‌رئیسه کمیسیون اصل 90 پذیرفتند که قانون اساسی نیز طبق تفسیر شورای نگهبان، چنین حقی را به نماینده مجلس نداده که در همه امور دخالت کند و وارد شود اما باید گفت که این موضوع از تخلفاتی است که مجلس مرتکب می‌شود و دولت مظلومانه در حال تحمل آن است.