همزمان با تجمع مردمی در مقابل مجلس شورای اسلامی و درخواست گروه‌های مختلف دانشجویی از نمایندگان مجلس برای تجدید نظر در مصوبه قبلی خود درباره دانشگاه آزاد، حجت‌الاسلام محسنی‌‌اژه‌ای، دادستان کل کشور نیز رأی دادگاه درباره دانشگاه آزاد را خلاف موازین شرعی تشخیص داد و رئیس قوه‌قضائیه با درخواست دادستان کل کشور مبنی بر اعمال ماده (18) اصلاحی تشکیل دادگاه‌های عمومی و انقلاب درباره دستور موقت شعبه 29 دادگاه عمومی (حقوقی) درباره پرونده دانشگاه آزاد اسلامی موافقت کرد.

متن کامل نامه دادستان کل کشور به رئیس قوه‌قضائیه به شرح زیر است:

حضرت آیت‌الله صادق آملی‌لاریجانی

ریاست معظم قوه‌قضائیه

سلام علیکم

با احترام، بدینوسیله به استحضار می‌رساند دادنامه شماره 8909970228900182 مورخ 17/3/89 صادره از شعبه 29 دادگاه عمومی(حقوقی) تهران مبنی بر صدور دستور موقت دایر بر توقف اجرای همه مواد مندرج در اساسنامه مصوب جلسات 597، 651، 654، 656 و 660 شورایعالی انقلاب فرهنگی که در تاریخ 29/3/89 مورد تایید رئیس کل دادگاه‌های عمومی و انقلاب تهران قرار گرفته ملاحظه شد. نظر به اینکه مصوبات شورایعالی انقلاب فرهنگی در دایره وظایف و اختیارات آن شورا از بدو تاسیس در زمان امام راحل(رضوان‌الله تعالی علیه) و در ادامه آن در دوران زعامت مقام معظم رهبری (حفظه‌الله تعالی) به استناد امر ولی فقیه در حکم قانون بوده و آثار قانونی بر آن مترتب می‌باشد. علیهذا دستور موقت صادره به‌گونه‌ای که شامل تمام مواد اساسنامه باشد خلاف موازین شرعی بوده و پیشنهاد اعمال مقررات ماده (18) اصلاحی قانون تشکیل دادگاه‌های عمومی و انقلاب نسبت به رای مذکور می‌شود. بدیهی است براساس اصول 156 و 159 قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران این امر نافی تظلم خواهی افراد حقیقی و حقوقی از محاکم دادگستری در موارد ادعای خروج از دایره وظایف و اختیارات، نمی‌باشد.

شایان ذکر است رئیس قوه‌قضائیه نیز با این درخواست دادستان کل کشور موافقت کرده و این رای دادگاه را خلاف موازین شرعی اعلام کرد.