در فصل 14-2013 بایرن مونیخ از 56 بازی رسمی، ‌6 بازی را به حریفان واگذار کرده و از لحاظ آماری این تیم 6/78 درصد از بازی‌های خود را با پیروزی پشت‌سر گذاشته است. در زمان چهار سال حضور پپ گوآردیولا در بارسلونا، کاتالان‌ها در 4/72 درصد از کل بازی‌های خود به پیروزی رسیده بودند. اولین شکست بایرن مونیخ در رقابت‌های این فصل در ماه جولای 2013 و در بازی سوپرکاپ آلمان مقابل دورتموند به‌دست آمد. این شکست در حالی در ابتدای فصل نصیب مونیخی‌ها شد که بسیاری از مهره‌های تاثیرگذار این تیم به دلیل مصدومیت این دیدار را از دست داده بودند و تنها 6 بازیکنی که در فینال لیگ قهرمانان همان سال حضور داشتند،‌ در این دیدار مقابل دورتموند به میدان رفتند. این شکست با توجه به اینکه تیم به‌تازگی دوران آماده‌سازی خود را به پایان رسانده بود و بیشتر بازیکنان اصلی بایرن مونیخ در آن حضور نداشتند و پپ گوآردیولا شناخت چندانی از تیم و شرایط جدید نداشته است، نمی‌‌تواند نکته‌ای منفی در عملکرد پپ گوآردیولا به حساب آید. دومین شکست در دسامبر 2014 و در لیگ قهرمانان اروپا در بازی برگشت مقابل منچسترسیتی در حالی رقم خورد که مونیخی‌ها از قبل از آن صعود خود از مرحله گروهی این رقابت‌ها را مسجل کرده بودند. در 20 دقیقه ابتدایی بازی بایرن مونیخ با دو گل از حریف خود پیش افتاد، اما در نهایت به دلیل جدی نگرفتن بازی از سوی بازیکنان و بی‌دقتی آنها، نتیجه دیدار کاملا به نفع منچسترسیتی عوض شد. شکست‌های سوم و چهارم بایرن‌مونیخ در ماه آوریل و بلافاصله بعد از مسجل‌شدن قهرمانی بایرن در بوندس‌لیگا، اتفاق افتادند. بعد از قهرمانی زودهنگام در بوندس‌لیگا، به نظر فشار از روی بایرن مونیخ برداشته شد و این تیم ابتدا به آگسبورگ و سپس به دورتموند باخت و سبب شد تا شرایط این تیم مونیخی کمی بحرانی شود‌ اما باخت‌های آخر بایرن مونیخ که به نوعی در مهم‌ترین بازی‌های فصل رقم خوردند، به دو بازی رفت و برگشت از مرحله نیمه‌نهایی رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپا، مقابل رئال‌مادرید مربوط می‌شوند. بازی رفت در برنابئو با تحرک بالای شاگردان گوآردیولا آغاز شد و با اینکه آنها بر بازی تسلط داشتند اما مقابل دروازه رئال‌مادرید بی‌تاثیر بودند و نتوانستند موقعیت گل خاصی پدید آورند و بازی را یک گل به حریف واگذار کردند، اما فاجعه اصلی در بازی برگشت روی داد که مونیخی‌ها در آلیانس آره‌نا با چهار گل مغلوب قهرمان رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپا شدند. درباره دلایل این شکست به اندازه کافی صحبت شده است و بحث‌های فراوانی صورت گرفته که شاید از مهم‌ترین آنها بتوان به اشتباهات فردی مدافعان، عدم وجود برنامه دوم در تیم و اصرار بیش از حد بر حفظ توپ نام برد. بایرن‌مونیخ در طول رقابت‌های این فصل 150 گل به ثمر رساند و توانست میانگین قابل قبول 67/2 گل در هر بازی را به ثبت رساند اما در دو بازی مهم نیمه‌نهایی لیگ قهرمانان، این تیم موفق به ثمر رساندن گلی نشد که شاید یکی از دلایل آن عدم وجود برنامه دیگری برای رسیدن به دروازه حریف بوده است. 6 شکست در طول یک فصل حتی با وجود دو شکست بسیار سنگین و فاجعه‌بار انتهای فصل، نشان از عملکرد فوق‌العاده پپ‌گوآردیولا در اولین سال حضورش در بایرن مونیخ دارد. او به همراه بایرن مونیخ در 6 تورنمنت مختلف حضور داشت و توانست در 4 تورنمنت به عنوان قهرمانی دست یابد و شاید در اروپا تنها رئال مادرید با قهرمانی در جام حذفی اسپانیا و لیگ قهرمانان اروپا احساسی بهتر از این تیم آلمانی داشته باشد. علاوه براین بایرن مونیخ این فصل در کنار بنفیکا لیسبون تنها تیمی است که در لیگ‌های معتبر اروپایی موفق به فتح همزمان لیگ و جام حذفی شده است. در مجموع عملکرد بایرن مونیخ در بوندس‌لیگا و جام حذفی را می‌توان مثبت ارزیابی کرد با وجود اینکه در هفته‌های پایانی بوندس‌لیگا این تیم می‌توانست بهتر و موثرتر ظاهر شود اما اگر از این مربی اسپانیایی در ابتدای فصل درباره به‌دست آمدن چنین نتیجه‌ای در انتهای فصل پرسیده می‌شد، او بدون‌شک موافقت خود را با آن اعلام می‌کرد. مهم‌ترین هدف پپ گوآردیولا در این فصل قهرمانی در بوندس‌لیگا بود که به آن در ماه مارس رسید و توانست سریع‌ترین قهرمانی در تاریخ بوندس‌لیگا را رقم بزند. بعد از آن او جام حذفی آلمان موسوم به DFB Pokal را نیز با برد مقابل شاگردان یورگن کلوب برای مونیخی‌ها به ارمغان آورد. در این بازی که بیشتر شبیه به جنگی تاکتیکی بین گوآردیولا و کلوب بود، این مربی اسپانیایی بود توانست سرانجام با ایده‌های تاکتیکی خود، جام را بالای سر ببرد و نشان داد می‌تواند با تغییر سیستم بازی، بایرن‌مونیخ
به گل برسد.
انتقاداتی از عملکرد گوآردیولا
البته به عملکرد پپ گوآردیولا بی‌تردید انتقاداتی نیز وارد است،‌ هنگامی که بایرن مونیخ بعد از برد مقابل هرتا برلین به قهرمانی زودهنگام در بوندس‌لیگا رسید، پپ گوآردیولا اعلام کرد بوندس‌لیگا برای ما تمام شده است و ما دیگر این رقابت‌ها را جدی نمی‌گیریم. این صحبت‌ها به نظر به بازیکنان بایرن‌مونیخ نیز منتقل شد و بعد از این دیدار بود که بایرن مونیخ در سه بازی متوالی مقابل هوفنهایم،‌آگسبورگ و دورتموند موفق به پیروزی نشد. نکته دیگری که در عملکرد پپ گوآردیولا قابل انتقاد است، بهره‌گیری مداوم او از سیستم چرخشی بود به طوری که این سرمربی در 12 هفته ابتدایی بوندس‌لیگا، از 12 ترکیب متفاوت در ترکیب اصلی تیم خود استفاده کرد. این موضوع حتی با انتقاداتی از سوی برخی ستارگان بایرن مونیخ نظیر فرانک ریبری نیز مواجه شد که یکی از علل افت عملکرد خود را این موضوع دانسته بود.تاکید بیش از حد بر بازی بدون مهاجم کلاسیک از دیگر تصمیمات پرحاشیه و بحث‌برانگیز گوآردیولا در این فصل بوده است که البته در بازی‌هایی که او از چنین سیستمی استفاده می‌کرد، معمولا بایرن مونیخ در امر گلزنی با مشکل مواجه می‌شد.
چالش‌های پیش‌روی گوآردیولا
به هر حال فصل به اتمام رسیده است و چالش‌های جدیدی در فصل آینده در انتظار پپ گوآردیولا خواهند بود. توقعات و انتظارات هواداران بایرن مونیخ بالاتر رفته و شاید کسب نتایج مشابه فصل گذشته نتواند رضایت هواداران این تیم را جلب کند. پپ گوآردیولا بی‌تردید با کادر بازیکنان خود نیز مشکلاتی خواهد داشت، ماریو ماندژوکیچ با او دچار اختلافاتی شده است و با توجه به اضافه‌شدن روبرت لواندوفسکی به بایرن مونیخ، قطعا این مهاجم کروات بیشتر حاشیه‌ساز خواهد شد. البته پیشنهادات وسوسه کننده سایر تیم‌ها به برخی از بازیکنان بایرن مونیخ نیز ممکن است برای گوآردیولا در فصل بعد مشکل‌ساز شود. بایرن بیشترین بازیکن را در جام جهانی برزیل دارد‌ که با توجه به فشرده بودن و حساسیت بالای این مسابقات امکان مصدومیت بازیکنان در آن بالا است، ‌صرفنظر از این موضوع بازیکنان ملی‌پوش بایرن مونیخ با خستگی ناشی از این رقابت‌ها به اردوی آماده‌سازی پیش فصل این تیم وارد خواهند شد و این موضوع می‌تواند باعث عدم نتیجه‌گیری مناسب بایرن‌مونیخ، حداقل در ابتدای فصل آتی شود که این موضوع نیز خود از چالش‌های پپ گوآردیولا در فصل جدید خواهد بود. از دیگر موضوعات احتمالی بحث‌برانگیز و مشکل‌ساز تاکید پپ گوآردیولا به ادامه فلسفه خود در ارائه فوتبالی مبتنی بر مالکیت توپ است که با توجه به انتقادات بیش از حد در مطبوعات آلمان از این شیوه بازی، ممکن است پذیرش ادامه این فلسفه از سوی سران باشگاه، هواداران و حتی بازیکنان بایرن مونیخ به‌راحتی صورت نپذیرد. برای موفقیت بایرن‌مونیخ در فصل آینده بی‌تردید پپ گوآردیولا و ماتیاس سامر از هم‌اکنون در حال برنامه‌ریزی و رایزنی هستند و احتمالا یکی از اولویت‌های آنها فعال‌شدن در بازار نقل و انتقالات برای جذب یک مدافع میانی قابل اعتماد است. به هر حال شاید دومین فصل حضور پپ‌گوآردیولا در بایرن مونیخ، از اولین فصل حضورش در پرافتخارترین تیم آلمانی، دشوارتر باشد و باید منتظر ماند و دید در اوایل ماه ژوئن سال 2015، او چه دستاوردی برای بایرن‌مونیخ خواهد داشت.